281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3538 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010816  BLD_1962  type I site-specific restriction-modification system R subunit  53.47 
 
 
1095 aa  1127    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4384  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  81.93 
 
 
1061 aa  1821    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3666  Type I site-specific deoxyribonuclease  94.59 
 
 
881 aa  1712    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.616224  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3538  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
1082 aa  2236    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0228194  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01119  type I restriction enzyme, R subunit  70.22 
 
 
1174 aa  1449    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03160  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  56.01 
 
 
1077 aa  1199    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000937778 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1913  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  60.45 
 
 
1039 aa  1251    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0328667 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  94.27 
 
 
1075 aa  2085    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4164  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  88.08 
 
 
1076 aa  1941    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160364 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4084  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  90.73 
 
 
1061 aa  1975    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0559  type I site-specific deoxyribonuclease, restriction subunit  32.57 
 
 
1066 aa  363  1e-98  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.193671  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2474  type I restriction-modification system, R subunit  31.75 
 
 
930 aa  350  1e-94  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.081777  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0747  type I restriction-modification system restriction subunit  28.82 
 
 
996 aa  340  5.9999999999999996e-92  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0180  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.04 
 
 
929 aa  335  2e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.634319  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0185  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.04 
 
 
929 aa  335  2e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2726  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.1 
 
 
1041 aa  320  6e-86  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0448  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  33.15 
 
 
872 aa  320  1e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0363122  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2398  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.81 
 
 
1015 aa  315  1.9999999999999998e-84  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.632036  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0134  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.29 
 
 
1015 aa  311  5e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.363012 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  30.49 
 
 
1294 aa  304  7.000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3955  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.59 
 
 
1042 aa  300  1e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1410  type I restriction enzyme EcoR124II R protein (R.EcoR124II)  30.67 
 
 
1031 aa  298  3e-79  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.643236  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3553  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.75 
 
 
984 aa  294  5e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3473  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.06 
 
 
1037 aa  292  3e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1956  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family protein  31.06 
 
 
1037 aa  290  9e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160894  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3053  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.26 
 
 
1038 aa  290  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3349  type I restriction-modification system R subunit  31.07 
 
 
963 aa  289  2e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.531995  normal  0.015033 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2381  type I restriction-modification system, R subunit  29.84 
 
 
1032 aa  288  4e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2012  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.84 
 
 
1032 aa  288  4e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1853  type I restriction enzyme EcoR124II R protein  30.47 
 
 
989 aa  288  5.999999999999999e-76  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0447  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.45 
 
 
989 aa  285  4.0000000000000003e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.926177  hitchhiker  0.0000000581329 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1841  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.85 
 
 
953 aa  282  2e-74  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0082  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.46 
 
 
1014 aa  282  2e-74  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0348133  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0929  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.76 
 
 
990 aa  283  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.379173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0775  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.28 
 
 
1041 aa  279  3e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1215  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.51 
 
 
990 aa  278  4e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1107  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.4 
 
 
1013 aa  277  7e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4396  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.54 
 
 
1038 aa  276  1.0000000000000001e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.806316  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1501  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.26 
 
 
1034 aa  276  1.0000000000000001e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.573056  normal  0.735582 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.27 
 
 
1016 aa  275  4.0000000000000004e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831432  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.02 
 
 
1033 aa  272  2e-71  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1088  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.68 
 
 
1025 aa  271  4e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0870888  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0502  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.67 
 
 
1015 aa  266  1e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.840857 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5242  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.04 
 
 
974 aa  266  1e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0743  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.83 
 
 
999 aa  261  5.0000000000000005e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.575824  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2179  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.18 
 
 
1007 aa  260  1e-67  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2271  type I restriction-modification system endonuclease  29.25 
 
 
1009 aa  253  1e-65  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.76 
 
 
1023 aa  182  4e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.72 
 
 
1030 aa  169  2.9999999999999998e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.8 
 
 
1031 aa  162  4e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.67 
 
 
1027 aa  160  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0245  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.87 
 
 
1038 aa  156  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.21 
 
 
1024 aa  155  4e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.71 
 
 
1055 aa  155  4e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1775  type I restriction-modification system restriction subunit  25.74 
 
 
1041 aa  153  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.46 
 
 
1027 aa  148  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4621  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.17 
 
 
1028 aa  147  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.250071 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.96 
 
 
1054 aa  142  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0430  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.38 
 
 
1030 aa  140  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2197  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.17 
 
 
1063 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.511328  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01117  type I restriction enzyme, R subunit  85.53 
 
 
81 aa  135  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0366  type I restriction-modification system, R subunit  23.06 
 
 
1039 aa  135  6e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.04 
 
 
995 aa  133  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.38 
 
 
1000 aa  129  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.43 
 
 
1044 aa  129  4.0000000000000003e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.31 
 
 
1040 aa  128  6e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  22.84 
 
 
1000 aa  128  6e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.57 
 
 
1053 aa  128  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  24.07 
 
 
1069 aa  127  9e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.15 
 
 
1068 aa  127  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.23 
 
 
1042 aa  124  7e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.81 
 
 
1061 aa  124  7e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.6 
 
 
1035 aa  124  8e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  23.37 
 
 
967 aa  123  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.24 
 
 
993 aa  123  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.31 
 
 
1087 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  23.37 
 
 
967 aa  122  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  25.52 
 
 
1044 aa  120  9e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1092  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.13 
 
 
965 aa  121  9e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.20335  normal  0.270177 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.24 
 
 
1052 aa  120  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.21 
 
 
1070 aa  119  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.07 
 
 
1067 aa  119  3.9999999999999997e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.92 
 
 
1045 aa  119  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.25 
 
 
982 aa  118  6e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.45 
 
 
1029 aa  117  8.999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.81 
 
 
1042 aa  117  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.19 
 
 
1026 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.9 
 
 
981 aa  115  5e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.04 
 
 
1084 aa  114  7.000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.33 
 
 
1044 aa  114  9e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  24.02 
 
 
1061 aa  114  9e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.41 
 
 
1045 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.61 
 
 
986 aa  113  2.0000000000000002e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.53 
 
 
1029 aa  113  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3549  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.59 
 
 
1092 aa  113  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.254191 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.26 
 
 
1032 aa  113  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.26 
 
 
1074 aa  112  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.2 
 
 
1034 aa  112  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.51 
 
 
1079 aa  112  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  23.52 
 
 
1059 aa  112  5e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>