More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1263 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
266 aa  530  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.65 
 
 
265 aa  397  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.840186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.59 
 
 
294 aa  356  2.9999999999999997e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1466  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  59.5 
 
 
300 aa  286  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507128  normal  0.124115 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.09 
 
 
300 aa  286  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.760179  normal  0.495505 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.03 
 
 
312 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282781  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.85 
 
 
298 aa  279  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.731426  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4842  putative ABC transporter inner membrane protein  57.65 
 
 
291 aa  277  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.860771  normal  0.0587965 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.02 
 
 
298 aa  270  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.05 
 
 
265 aa  265  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.91 
 
 
298 aa  261  8e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.2 
 
 
265 aa  259  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.420576  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4341  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  59.73 
 
 
298 aa  259  4e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.801561  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1408  ABC transporter, permease protein  61.23 
 
 
366 aa  258  7e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.907459  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0497  ABC transporter, permease protein  61.23 
 
 
362 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0656  ABC transporter, permease protein  61.23 
 
 
362 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1211  ABC transporter, permease protein  61.23 
 
 
362 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1415  ABC transporter, permease protein  60.79 
 
 
366 aa  257  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1541  ABC transporter, permease protein  61.23 
 
 
347 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.73 
 
 
300 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.73 
 
 
300 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177447  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.73 
 
 
300 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2833  ABC transporter, permease protein  60.79 
 
 
410 aa  256  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0920075  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4044  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54 
 
 
261 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0830657  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.98 
 
 
261 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104135  normal  0.640499 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.81 
 
 
262 aa  252  5.000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147455  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1793  ABC transporter permease  56.78 
 
 
265 aa  251  7e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.849444  normal  0.0352963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.57 
 
 
268 aa  251  8.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939917  normal  0.176342 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5852  molybdenum ABC transporter permease  54.47 
 
 
261 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.581419  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.18 
 
 
261 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0488  ABC transporter, permease protein  58.3 
 
 
264 aa  249  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4693  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.72 
 
 
264 aa  249  3e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3075  ABC transporter, permease protein  63.21 
 
 
243 aa  248  6e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
253 aa  130  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00110867  normal  0.885774 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.85 
 
 
304 aa  104  2e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
272 aa  97.1  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.210545  normal  0.706839 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.26 
 
 
264 aa  95.9  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
262 aa  95.5  9e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 
262 aa  94  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
264 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
264 aa  92.4  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.45 
 
 
264 aa  92.4  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.45 
 
 
264 aa  92.4  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.71 
 
 
264 aa  92.4  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.71 
 
 
264 aa  92  9e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  30.65 
 
 
264 aa  91.3  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  27.02 
 
 
284 aa  90.9  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.64 
 
 
254 aa  90.5  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.943674  normal  0.650517 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  31.84 
 
 
288 aa  88.6  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.52 
 
 
268 aa  88.2  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  25.45 
 
 
260 aa  88.2  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.05 
 
 
265 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102499  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.49 
 
 
272 aa  87.4  2e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.24 
 
 
266 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  29.28 
 
 
280 aa  86.3  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.24 
 
 
266 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  28.24 
 
 
266 aa  86.3  4e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.78 
 
 
266 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.78 
 
 
266 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.78 
 
 
266 aa  86.3  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.78 
 
 
266 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.78 
 
 
266 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.78 
 
 
266 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0385  NifC-like ABC-type porter  31.1 
 
 
266 aa  85.1  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
261 aa  85.1  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.591991 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
299 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.612103 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.77 
 
 
268 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.86 
 
 
264 aa  84.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.15 
 
 
262 aa  85.1  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  28.57 
 
 
267 aa  84  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  29.03 
 
 
266 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1784  putative ABC transport system, membrane protein  28.31 
 
 
282 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0352  ABC transporter, permease protein  28.31 
 
 
282 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.734925  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0446  ABC transporter, permease protein  27.98 
 
 
282 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.09 
 
 
259 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1111  ABC transporter, permease protein  27.95 
 
 
282 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2084  ABC transporter, permease protein  27.95 
 
 
282 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.217938  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1822  putative ABC transporter, permease protein  27.95 
 
 
282 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131569  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  28.86 
 
 
287 aa  82.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0820  ABC transporter, permease protein  27.95 
 
 
282 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.73 
 
 
259 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  30.29 
 
 
260 aa  82.4  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1445  NifC-like ABC-type porter  32.14 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.452382  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.68 
 
 
267 aa  82.4  0.000000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.03 
 
 
265 aa  82  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.225733  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2156  ABC transporter, inner membrane subunit  31.03 
 
 
265 aa  82  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.07 
 
 
269 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.11 
 
 
269 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  29.24 
 
 
264 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.11 
 
 
268 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1527  NifC-like ABC-type porter  32.14 
 
 
266 aa  81.6  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00122012 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.11 
 
 
268 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.24 
 
 
264 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  28.02 
 
 
256 aa  80.5  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  30.18 
 
 
266 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  29.29 
 
 
289 aa  80.5  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  27.8 
 
 
265 aa  80.5  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.86 
 
 
269 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.22 
 
 
259 aa  80.5  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  28.95 
 
 
256 aa  80.1  0.00000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>