79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1982 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1982  putative DNA transformation protein TfoX  100 
 
 		 195 aa  401  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1325  hypothetical protein  66.15 
 
 		 195 aa  281  3.0000000000000004e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134682  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01580  hypothetical protein  62.05 
 
 		 196 aa  257  7e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003942  DNA transformation protein TfoX  59.89 
 
 		 187 aa  234  4e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2547  regulator of competence-specific genes  41.34 
 
 		 206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000620558  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2856  regulator of competence-specific genes  40.78 
 
 		 206 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000863171  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2539  DNA transformation protein tfoX  38.55 
 
 		 211 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000195264  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2628  regulator of competence-specific genes  38.55 
 
 		 211 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000928932  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3201  hypothetical protein  38.55 
 
 		 211 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000064968  hitchhiker  0.00612838 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1211  regulator of competence-specific genes  36.11 
 
 		 209 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000136601  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2696  regulator of competence-specific genes  36.27 
 
 		 208 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000067417  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1756  regulator of competence-specific genes  35.39 
 
 		 219 aa  115  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000590312  hitchhiker  0.0000249336 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0723  hypothetical protein  32.79 
 
 		 202 aa  112  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02628  hypothetical protein  32.79 
 
 		 195 aa  111  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003753  DNA transformation protein TfoX  30.05 
 
 		 195 aa  109  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1068  TfoX family protein  32.4 
 
 		 209 aa  95.5  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144107  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2637  regulator of competence-specific genes  32.4 
 
 		 209 aa  94  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00582565  hitchhiker  0.000000482749 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1075  TfoX family protein  32.4 
 
 		 209 aa  94  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000055454  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2159  TfoX family protein  32.4 
 
 		 209 aa  94  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000143241  normal  0.451422 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00970  hypothetical protein  32.4 
 
 		 209 aa  94  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000688807  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2684  regulator of competence-specific genes  32.4 
 
 		 209 aa  94  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124441  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00963  hypothetical protein  32.4 
 
 		 209 aa  94  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000316322  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1471  regulator of competence-specific genes  30.73 
 
 		 208 aa  93.2  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000187987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1124  TfoX family protein  32.4 
 
 		 209 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000094765  normal  0.380229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1113  TfoX family protein  30.17 
 
 		 201 aa  92  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00655233  hitchhiker  0.000555107 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1181  TfoX family protein  30.17 
 
 		 201 aa  92  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.249194  normal  0.494674 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1135  TfoX family protein  30.17 
 
 		 201 aa  92  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0564701  normal  0.981873 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1030  TfoX family protein  30.17 
 
 		 201 aa  92  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000638519  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1147  TfoX family protein  30.17 
 
 		 201 aa  92  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.303148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3473  regulator of competence-specific genes  28.5 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2248  TfoX domain-containing protein  37.29 
 
 		 118 aa  69.3  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0809165  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0216  TfoX, N-terminal  32.38 
 
 		 120 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1715  DNA transformation protein  25.89 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000335694  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0114  TfoX domain-containing protein  33.33 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0317949 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2987  TfoX-like  38.71 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0478922 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0173  TfoX-like protein  30.84 
 
 		 120 aa  60.5  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.301491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3292  regulator of competence-specific genes-like protein  30.43 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.254917  normal  0.429483 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1480  TfoX domain-containing protein  28.12 
 
 		 105 aa  59.3  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322278  hitchhiker  0.00610766 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3972  hypothetical protein  30.58 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.129557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2753  TfoX domain protein  34.41 
 
 		 168 aa  58.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150667  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2425  hypothetical protein  31.18 
 
 		 114 aa  57.8  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.244936  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1864  TfoX-like protein  34.18 
 
 		 108 aa  57.4  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.726376  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0090  hypothetical protein  35.71 
 
 		 152 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0165  TfoX domain-containing protein  31 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4493  hypothetical protein  34.15 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2526  TfoX-like  29.9 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00440124  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0262  TfoX domain-containing protein  33.33 
 
 		 140 aa  53.9  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.249575  normal  0.24244 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1915  TfoX domain protein  33.75 
 
 		 106 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.950644 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2122  TfoX domain protein  33.75 
 
 		 105 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00485097 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0251  TfoX domain protein  29.9 
 
 		 203 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1931  TfoX domain protein  37.18 
 
 		 84 aa  52.8  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3336  TfoX domain protein  32.04 
 
 		 152 aa  52.8  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3659  TfoX domain protein  32.04 
 
 		 155 aa  53.1  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0262  TfoX domain protein  32.22 
 
 		 206 aa  52.4  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578078  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0240  TfoX-like  28.87 
 
 		 192 aa  52  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2355  TfoX family protein  35.48 
 
 		 114 aa  51.6  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000106232  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4760  TfoX domain-containing protein  29.47 
 
 		 124 aa  51.2  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0022197 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3369  TonB-like  32.5 
 
 		 92 aa  50.8  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0479291 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1698  TfoX domain protein  25 
 
 		 128 aa  47.4  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.263995  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4795  TfoX-like  33.33 
 
 		 90 aa  47  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150833  unclonable  0.0000206045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0749  TfoX domain-containing protein  32.05 
 
 		 92 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000282068  decreased coverage  0.000000000000743098 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4881  TfoX domain-containing protein  27.27 
 
 		 131 aa  45.4  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.834076 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3705  TfoX domain-containing protein  27.5 
 
 		 133 aa  44.7  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594494  normal  0.816377 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4549  TfoX domain-containing protein  32.05 
 
 		 92 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000271318  decreased coverage  0.00000000740957 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0108  TfoX domain protein  27.55 
 
 		 126 aa  44.3  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4685  hypothetical protein  32.05 
 
 		 92 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000564607  hitchhiker  0.000171484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4683  TfoX domain-containing protein  32.05 
 
 		 92 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000241401  unclonable  1.50639e-16 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0216  TfoX domain-containing protein  31.71 
 
 		 111 aa  43.9  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.286393  normal  0.086439 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2250  TfoX domain protein  29.49 
 
 		 90 aa  42.7  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0665  TfoX-like  28.97 
 
 		 171 aa  42.7  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.917152  normal  0.475374 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6951  TfoX-like protein  27.63 
 
 		 107 aa  43.1  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.430219  normal  0.473379 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0302  hypothetical protein  34.25 
 
 		 84 aa  42.7  0.004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.516262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2346  TfoX family regulatory protein  37.5 
 
 		 92 aa  42.7  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.77091 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5419  hypothetical protein  32.89 
 
 		 90 aa  42.4  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00856887  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1030  TfoX domain protein  31.88 
 
 		 110 aa  42.4  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1058  TfoX domain-containing protein  32.39 
 
 		 111 aa  42  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62250  hypothetical protein  32.89 
 
 		 90 aa  42  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000397585  normal  0.289473 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0312  hypothetical protein  27.03 
 
 		 101 aa  41.2  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0999  TfoX domain-containing protein  30.77 
 
 		 90 aa  41.2  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000838454  unclonable  5.09937e-19 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>