More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05499 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05499  transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  610  9.999999999999999e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001561  transcriptional regulator LysR family  93.88 
 
 		 296 aa  570  1e-161  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0879  transcriptional regulator, LysR-family  85.27 
 
 		 292 aa  511  1e-144  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2130  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  81.03 
 
 		 296 aa  488  1e-137  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.809904  hitchhiker  0.00950877 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1817  LysR family transcriptional regulator  62.41 
 
 		 296 aa  388  1e-107  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0811  LysR family transcriptional regulator  64.21 
 
 		 296 aa  382  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1242  LysR family transcriptional regulator  58.13 
 
 		 293 aa  349  3e-95  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.120176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3057  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 295 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2695  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4285  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3380  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 301 aa  144  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.53239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 322 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 307 aa  139  7.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 317 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 317 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 317 aa  135  7.000000000000001e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 317 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 317 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 317 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 307 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 317 aa  135  9e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 307 aa  134  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  31.38 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 302 aa  125  9e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.3 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  30.36 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.61 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.02 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0576  transcriptional regulator  30.2 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.93 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2509  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123879  normal  0.290889 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1581  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 325 aa  112  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.772749  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  27.65 
 
 		 308 aa  113  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  27.65 
 
 		 308 aa  113  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 300 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  27.65 
 
 		 308 aa  113  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  27.65 
 
 		 308 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 301 aa  112  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1555  LysR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 325 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.729092  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 328 aa  112  9e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 302 aa  112  9e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.6 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  27.3 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  27.51 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1353  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0634  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0961605  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0832  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1743  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0521  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 296 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  26.16 
 
 		 298 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>