86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1389 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4059  nitrous-oxide reductase  67.64 
 
 		 649 aa  905    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00566192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2219  nitrous-oxide reductase  49.62 
 
 		 628 aa  635    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000181055  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3199  nitrous-oxide reductase  78.06 
 
 		 650 aa  1049    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.324425  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4917  nitrous-oxide reductase  68.46 
 
 		 646 aa  908    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0125108 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3400  nitrous-oxide reductase  50.3 
 
 		 628 aa  635    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206231  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1368  nitrous-oxide reductase  68.76 
 
 		 646 aa  912    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.90287 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2325  nitrous-oxide reductase  72.57 
 
 		 690 aa  997    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1483  nitrous-oxide reductase  68.83 
 
 		 644 aa  902    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.150565 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2255  nitrous-oxide reductase  72.46 
 
 		 691 aa  994    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2115  nitrous-oxide reductase  72.31 
 
 		 655 aa  992    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62565  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1389  nitrous-oxide reductase  100 
 
 		 646 aa  1345    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0664  nitrous-oxide reductase  67.85 
 
 		 652 aa  902    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2060  nitrous-oxide reductase  72.39 
 
 		 693 aa  994    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.840269  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1060  nitrous-oxide reductase  68.21 
 
 		 645 aa  915    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.620388  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0995  nitrous-oxide reductase  72.15 
 
 		 660 aa  990    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.599003  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4171  nitrous-oxide reductase  67.64 
 
 		 649 aa  905    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1139  nitrous-oxide reductase  68.57 
 
 		 646 aa  916    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494075 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20200  nitrous-oxide reductase  50.23 
 
 		 636 aa  634  1e-180  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.89249 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1738  nitrous-oxide reductase  49.69 
 
 		 636 aa  630  1e-179  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2564  nitrous-oxide reductase  50.5 
 
 		 628 aa  623  1e-177  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.164032  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1428  nitrous-oxide reductase  52.31 
 
 		 630 aa  622  1e-177  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4732  nitrous-oxide reductase  50.31 
 
 		 617 aa  617  1e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1074  nitrous-oxide reductase  50.66 
 
 		 640 aa  610  1e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.198434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6008  nitrous-oxide reductase  50.66 
 
 		 639 aa  603  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180938  normal  0.0225703 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0428  nitrous-oxide reductase  50.57 
 
 		 649 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3078  nitrous-oxide reductase  51.27 
 
 		 631 aa  599  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3142  nitrous-oxide reductase  50.72 
 
 		 648 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2861  nitrous-oxide reductase  49.92 
 
 		 645 aa  597  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.7379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2351  nitrous-oxide reductase  48.93 
 
 		 645 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4346  nitrous-oxide reductase  50.67 
 
 		 638 aa  587  1e-166  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0394445  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0275  nitrous-oxide reductase  51 
 
 		 639 aa  586  1e-166  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.275953  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0251  nitrous-oxide reductase  50.84 
 
 		 639 aa  583  1.0000000000000001e-165  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4219  nitrous-oxide reductase  48.01 
 
 		 652 aa  558  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.522351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3319  nitrous-oxide reductase  47.49 
 
 		 644 aa  543  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0698213  normal  0.2184 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3194  nitrous-oxide reductase  45.83 
 
 		 647 aa  523  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1165  nitrous-oxide reductase  41.42 
 
 		 699 aa  500  1e-140  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.804263  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0209  Nitrous-oxide reductase  37.4 
 
 		 632 aa  368  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1803  nitrous-oxide reductase  36.69 
 
 		 648 aa  357  3.9999999999999996e-97  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.625051  normal  0.62653 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1461  Nitrous-oxide reductase  37.54 
 
 		 620 aa  350  5e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1556  Nitrous-oxide reductase  37.38 
 
 		 620 aa  349  8e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.298548  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2402  nitrous-oxide reductase  37.15 
 
 		 620 aa  346  8.999999999999999e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00162507  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0244  nitrous-oxide reductase  38.34 
 
 		 647 aa  342  1e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.677359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2012  Nitrous-oxide reductase  33.08 
 
 		 663 aa  310  8e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0693  Nitrous-oxide reductase  34.05 
 
 		 658 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.112553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0010  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  33.58 
 
 		 863 aa  290  4e-77  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0271061  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0440  nitrous-oxide reductase  33.74 
 
 		 864 aa  290  8e-77  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.136119  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1729  methyl-accepting chemotaxis protein  33.38 
 
 		 862 aa  286  1.0000000000000001e-75  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.371209  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1770  nitrous-oxide reductase NosZ  32.96 
 
 		 864 aa  281  2e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1298  nitrous-oxide reductase  33.44 
 
 		 865 aa  280  4e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000502464  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1571  cytochrome c oxidase, subunit II  33.92 
 
 		 760 aa  280  5e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.915615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1575  cytochrome c oxidase, subunit II  33.92 
 
 		 760 aa  280  5e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1928  nitrous-oxide reductase  32.13 
 
 		 673 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0464  cytochrome c oxidase subunit II  30.7 
 
 		 266 aa  58.9  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2385  cytochrome c oxidase subunit II  31.68 
 
 		 156 aa  54.7  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1574  cytochrome c oxidase subunit II  34.09 
 
 		 168 aa  54.3  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.226069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2967  cytochrome c oxidase subunit II  35.23 
 
 		 162 aa  52.4  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000376263 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  31.71 
 
 		 367 aa  51.2  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1565  cytochrome c oxidase subunit II  31.73 
 
 		 155 aa  50.4  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  30.49 
 
 		 370 aa  50.4  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06421  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  34.18 
 
 		 274 aa  48.5  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0878998 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  31.19 
 
 		 359 aa  48.5  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0933  cytochrome c oxidase, subunit II  31.52 
 
 		 168 aa  48.5  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1899  cytochrome c oxidase subunit II  26.73 
 
 		 156 aa  48.1  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.71816  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  27.68 
 
 		 321 aa  47.4  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  33.72 
 
 		 355 aa  47  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  28.7 
 
 		 351 aa  47  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3573  cytochrome c oxidase subunit II  31.65 
 
 		 360 aa  46.2  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1826  cytochrome c oxidase subunit II  31.82 
 
 		 160 aa  45.8  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00813215  normal  0.126007 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  30.26 
 
 		 389 aa  46.2  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  27.27 
 
 		 342 aa  46.2  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  27.62 
 
 		 350 aa  46.2  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  28.18 
 
 		 362 aa  45.8  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0024  cytochrome c oxidase, subunit II  28.44 
 
 		 362 aa  45.4  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  28.18 
 
 		 362 aa  45.4  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2021  cytochrome c oxidase subunit II  31.82 
 
 		 160 aa  45.4  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.388315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  27.85 
 
 		 316 aa  45.1  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  27.73 
 
 		 352 aa  44.7  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 372 aa  44.3  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2313  cytochrome c oxidase, subunit II  29.63 
 
 		 244 aa  44.3  0.007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.210732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  26.67 
 
 		 350 aa  44.3  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  26.67 
 
 		 350 aa  44.3  0.008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  28.05 
 
 		 314 aa  44.3  0.008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  33.33 
 
 		 372 aa  43.9  0.009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  31.76 
 
 		 352 aa  43.9  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  29.87 
 
 		 316 aa  43.9  0.01  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 381 aa  43.9  0.01  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>