101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0128 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0128  putative cytochrome C  100 
 
 		 352 aa  736    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0408235  normal  0.127267 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0408  cytochrome c, class I  59.76 
 
 		 313 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  56.72 
 
 		 304 aa  324  1e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3191  cytochrome c class I  58.02 
 
 		 304 aa  324  1e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3822  cytochrome c family protein  59.22 
 
 		 304 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1948  cytochrome c, class I  59.22 
 
 		 304 aa  323  4e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.510162  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0193  cytochrome c, class I  56.76 
 
 		 327 aa  318  9e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4606  cytochrome c, class I  57.77 
 
 		 309 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000163718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2757  hypothetical protein  57.92 
 
 		 291 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0570414  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0786  cytochrome c, class I  58.66 
 
 		 310 aa  312  3.9999999999999997e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021722  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32540  hypothetical protein  57.47 
 
 		 293 aa  309  4e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.277482 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1476  cytochrome c class I  54.8 
 
 		 317 aa  295  8e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1309  diheme-containing SoxA-like protein  47.25 
 
 		 346 aa  291  1e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4236  cytochrome c class I  51.62 
 
 		 343 aa  291  1e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185461  normal  0.468789 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2378  cytochrome c, class I  50.97 
 
 		 282 aa  276  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000643985  hitchhiker  0.0000202689 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0524  cytochrome c, class I  43.5 
 
 		 353 aa  271  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4047  cytochrome c family protein  45.17 
 
 		 351 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003030  cytochrome c family protein  45.36 
 
 		 350 aa  270  4e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0544  cytochrome c class I  44.79 
 
 		 355 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0573  cytochrome c class I  44.79 
 
 		 355 aa  265  7e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3431  cytochrome c, class I  44.79 
 
 		 351 aa  265  1e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.237323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0520  cytochrome c, class I  44.79 
 
 		 351 aa  264  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3545  cytochrome c family protein  43 
 
 		 372 aa  263  2e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3606  cytochrome c family protein  45.05 
 
 		 352 aa  264  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0624  cytochrome c, class I  44.44 
 
 		 355 aa  263  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000503789  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0568  cytochrome c class I  44.37 
 
 		 355 aa  263  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0527  cytochrome c family protein  44.14 
 
 		 352 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1184  cytochrome c, class I  47.56 
 
 		 337 aa  232  9e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  46.22 
 
 		 272 aa  216  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0327  cytochrome c class I  42.98 
 
 		 269 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  45.13 
 
 		 327 aa  203  3e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  45.13 
 
 		 327 aa  200  3e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4873  cytochrome c class I  38.78 
 
 		 306 aa  194  3e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0259  cytochrome c class I  41.42 
 
 		 331 aa  192  8e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6947  cytochrome c class I  39.63 
 
 		 358 aa  192  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0353  cytochrome c family protein  40.16 
 
 		 357 aa  185  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0320  cytochrome c family protein  40.16 
 
 		 369 aa  185  1.0000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  42.06 
 
 		 669 aa  184  3e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  41.3 
 
 		 675 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  40.24 
 
 		 721 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  40.24 
 
 		 721 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  40.24 
 
 		 694 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  40.73 
 
 		 675 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  40.09 
 
 		 708 aa  175  8e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  40.52 
 
 		 728 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2825  cytochrome c, class I  39.41 
 
 		 329 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.137044  hitchhiker  0.000380249 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.17 
 
 		 726 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.28 
 
 		 689 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  40.17 
 
 		 329 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  40.43 
 
 		 773 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  39.92 
 
 		 698 aa  172  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2599  cytochrome c family protein  37.61 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.349522  normal  0.253602 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1441  putative cytochrome c  35.84 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.668743  normal  0.951652 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.34 
 
 		 699 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  42.08 
 
 		 691 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2608  cytochrome c class I  36.72 
 
 		 361 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  38.3 
 
 		 712 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1092  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 333 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1496  cytochrome c class I  37.97 
 
 		 308 aa  152  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.377921  normal  0.883223 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0690  cytochrome c class I  35.74 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2105  cytochrome c, class I  32.92 
 
 		 315 aa  138  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1278  cytochrome c, class I  36.28 
 
 		 407 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0536255  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2583  cytochrome c class I  35.84 
 
 		 407 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.333903  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2387  hypothetical protein  34.23 
 
 		 671 aa  128  1.0000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0416918 
 
 
-
 
NC_003296  RS03090  putative cytochrome C signal peptide protein  31.54 
 
 		 363 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.649207  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2490  cytochrome c class I  34.41 
 
 		 343 aa  125  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103358 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1188  cytochrome c, class I  52.17 
 
 		 139 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0051  cytochrome c family protein  31.91 
 
 		 347 aa  112  9e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0036  cytochrome c family protein  31.91 
 
 		 347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.170219  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0075  cytochrome c family protein  31.91 
 
 		 347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.667536  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4179  cytochrome c, class I  25.39 
 
 		 347 aa  102  9e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.402721  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2708  cytochrome c, class I  28.08 
 
 		 343 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.993605  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0653  cytochrome c  50 
 
 		 130 aa  94.7  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.963006  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0885  cytochrome C  34.11 
 
 		 181 aa  90.1  6e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0884  cytochrome c family protein, degenerate  48.1 
 
 		 125 aa  79.7  0.00000000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1187  cytochrome C  43.84 
 
 		 79 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4159  putative sulfur oxidation protein (SoxA); cytochrome c precursor  27.78 
 
 		 288 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2754  Cytochrome c-like protein  26.32 
 
 		 300 aa  52.4  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0564833  hitchhiker  0.0019216 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0263  diheme cytochrome SoxA  35.43 
 
 		 256 aa  51.6  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000154217  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1563  cytochrome c-like protein  30 
 
 		 145 aa  50.4  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  35.05 
 
 		 468 aa  47.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1906  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  29.55 
 
 		 294 aa  47.4  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.556317  normal  0.0839186 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3714  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  29.55 
 
 		 294 aa  47.4  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.873772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3637  iron permease FTR1  29.95 
 
 		 664 aa  46.6  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.489611 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1240  iron permease FTR1  31.86 
 
 		 644 aa  45.4  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0482  iron permease FTR1  30.91 
 
 		 649 aa  45.8  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0844  hypothetical protein  26.45 
 
 		 190 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0625  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.02 
 
 		 461 aa  44.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  0.273824 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0853  hypothetical protein  26.8 
 
 		 277 aa  45.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00963426  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2157  hypothetical protein  37.23 
 
 		 171 aa  44.7  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.580825  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.95 
 
 		 447 aa  44.3  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0573  cytochrome c, class I  31.11 
 
 		 196 aa  43.9  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0439994  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3453  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  30.17 
 
 		 259 aa  43.9  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3416  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  27.88 
 
 		 325 aa  43.5  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  33.64 
 
 		 647 aa  43.5  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  33.64 
 
 		 636 aa  43.1  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 647 aa  43.1  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1827  cytochrome c class I  23.47 
 
 		 280 aa  43.1  0.008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0313  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  24.46 
 
 		 239 aa  42.7  0.009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450378  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0292  hypothetical protein  27.62 
 
 		 204 aa  42.7  0.009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0554303  hitchhiker  0.00107443 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>