More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3380 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3380  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  608  1e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.53239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0576  transcriptional regulator  38.83 
 
 		 289 aa  168  8e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001561  transcriptional regulator LysR family  30.71 
 
 		 296 aa  150  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0879  transcriptional regulator, LysR-family  30.36 
 
 		 292 aa  147  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05499  transcriptional regulator  29.39 
 
 		 298 aa  144  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2130  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.5 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.809904  hitchhiker  0.00950877 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4285  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1242  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.120176 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0811  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 296 aa  133  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  30.63 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3057  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 295 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2695  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1817  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  30.18 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.87 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.79 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2509  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123879  normal  0.290889 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 305 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  26.99 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 313 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 298 aa  108  8.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 364 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 307 aa  105  9e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 305 aa  105  9e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  25.63 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.15 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  25.63 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  25.63 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.32 
 
 		 299 aa  103  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.96 
 
 		 299 aa  102  8e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.96 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.96 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.96 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.96 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  29.96 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 313 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>