More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_10990 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  100 
 
 
330 aa  646    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  67.8 
 
 
311 aa  394  1e-108  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  67.8 
 
 
311 aa  394  1e-108  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  67.8 
 
 
311 aa  394  1e-108  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  66.05 
 
 
315 aa  383  1e-105  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3022  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  63.3 
 
 
319 aa  357  1.9999999999999998e-97  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.380289  normal  0.480541 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3301  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  61.66 
 
 
317 aa  353  2e-96  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0872906  normal  0.454353 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  51.85 
 
 
332 aa  320  3e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5038  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  62.73 
 
 
316 aa  318  9e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  59.2 
 
 
343 aa  311  1e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4527  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  60.06 
 
 
314 aa  296  2e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201756 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4106  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  59.2 
 
 
316 aa  295  1e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.14297  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2436  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  56.71 
 
 
319 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.014581  normal  0.339712 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.07 
 
 
320 aa  261  1e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.15 
 
 
321 aa  245  8e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  41.93 
 
 
403 aa  242  6e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  46.91 
 
 
403 aa  241  9e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  43.44 
 
 
402 aa  241  2e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.18 
 
 
324 aa  238  6.999999999999999e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  41.95 
 
 
402 aa  238  8e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  44.62 
 
 
405 aa  236  4e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4119  threonine dehydratase catabolic  48.73 
 
 
319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.270071  normal  0.0644551 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.73 
 
 
338 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  44.77 
 
 
395 aa  234  1.0000000000000001e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  43.53 
 
 
329 aa  233  3e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.17 
 
 
330 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  48.46 
 
 
403 aa  229  3e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.17 
 
 
339 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  46.62 
 
 
329 aa  226  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.43 
 
 
320 aa  226  5.0000000000000005e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  47.22 
 
 
403 aa  226  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  43.07 
 
 
324 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  39.02 
 
 
403 aa  224  2e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  43.07 
 
 
324 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.08 
 
 
328 aa  223  3e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  43.07 
 
 
324 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  44.79 
 
 
415 aa  223  4e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  43.07 
 
 
326 aa  222  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.34 
 
 
323 aa  222  7e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  47.53 
 
 
402 aa  222  8e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  45.79 
 
 
324 aa  221  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.99 
 
 
318 aa  221  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  43.29 
 
 
327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  43.29 
 
 
327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  43.29 
 
 
327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.57 
 
 
325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  43.29 
 
 
327 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  43.29 
 
 
327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  38.7 
 
 
404 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  43.29 
 
 
327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  43.29 
 
 
327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  43.85 
 
 
324 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  43.85 
 
 
324 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  42.59 
 
 
403 aa  219  3.9999999999999997e-56  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  41.64 
 
 
324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  42.46 
 
 
327 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  42.33 
 
 
325 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  42.33 
 
 
325 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  43.86 
 
 
402 aa  219  5e-56  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  47.13 
 
 
402 aa  218  8.999999999999998e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0865  threonine dehydratase  47.71 
 
 
406 aa  218  1e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.708894  normal  0.0742081 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  40.56 
 
 
402 aa  218  1e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.57 
 
 
318 aa  218  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.11 
 
 
324 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  44.83 
 
 
408 aa  218  2e-55  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.5 
 
 
323 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.06 
 
 
328 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  43.34 
 
 
418 aa  216  4e-55  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.84 
 
 
324 aa  215  7e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  41.1 
 
 
401 aa  214  9.999999999999999e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.26 
 
 
333 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  43.26 
 
 
401 aa  214  1.9999999999999998e-54  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.47 
 
 
328 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  38.75 
 
 
403 aa  213  2.9999999999999995e-54  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  42.55 
 
 
320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  41.49 
 
 
322 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.94 
 
 
322 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  42.35 
 
 
504 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2441  threonine dehydratase  38.46 
 
 
406 aa  211  2e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000148333  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  42.02 
 
 
504 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  46.3 
 
 
403 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.42 
 
 
331 aa  209  5e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  40 
 
 
511 aa  209  5e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  38.75 
 
 
403 aa  209  7e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  43 
 
 
506 aa  208  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  43 
 
 
506 aa  208  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  38.6 
 
 
322 aa  207  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  43 
 
 
501 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.14 
 
 
319 aa  207  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.67 
 
 
304 aa  207  2e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0727  threonine dehydratase  46.42 
 
 
411 aa  206  3e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.1 
 
 
332 aa  206  3e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  45.99 
 
 
330 aa  207  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.99 
 
 
325 aa  207  3e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3112  threonine dehydratase  49.07 
 
 
404 aa  207  3e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.467281  hitchhiker  0.00000283159 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.02 
 
 
321 aa  206  5e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  38.12 
 
 
403 aa  206  5e-52  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.18 
 
 
327 aa  205  7e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  41.16 
 
 
320 aa  205  8e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  44.82 
 
 
358 aa  204  1e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>