More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3011 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
303 aa  628  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  59 
 
 
286 aa  363  2e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.52 
 
 
288 aa  289  3e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.49 
 
 
289 aa  288  6e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.49 
 
 
289 aa  288  6e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.02 
 
 
298 aa  279  3e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.55 
 
 
307 aa  271  9e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.47 
 
 
289 aa  257  2e-67  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00961  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.48 
 
 
311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.578879 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.08 
 
 
291 aa  246  4e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0635  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.8 
 
 
295 aa  245  6.999999999999999e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711737  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2034  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
294 aa  240  2e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.09 
 
 
294 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.95 
 
 
285 aa  240  2.9999999999999997e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08561  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.61 
 
 
297 aa  236  3e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001769 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.33 
 
 
286 aa  235  7e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.62 
 
 
287 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.33 
 
 
297 aa  232  5e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.13 
 
 
289 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.57 
 
 
296 aa  229  3e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.58 
 
 
292 aa  229  4e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.33 
 
 
287 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.91 
 
 
296 aa  225  6e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.97 
 
 
301 aa  225  9e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.74 
 
 
287 aa  223  3e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2549  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.51 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.33 
 
 
288 aa  219  5e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.13 
 
 
298 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.32 
 
 
297 aa  218  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.19 
 
 
284 aa  218  1e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.67 
 
 
293 aa  217  2e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.37 
 
 
288 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.4 
 
 
285 aa  216  5e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.22 
 
 
301 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.46 
 
 
288 aa  215  7e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.69 
 
 
297 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.08 
 
 
294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.7 
 
 
314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.59 
 
 
288 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.94 
 
 
285 aa  213  3.9999999999999995e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.2 
 
 
301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.06 
 
 
296 aa  211  1e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.75 
 
 
281 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.6 
 
 
291 aa  210  3e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.27 
 
 
286 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.87 
 
 
301 aa  209  5e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.41 
 
 
294 aa  209  5e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.88 
 
 
307 aa  208  8e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  41.02 
 
 
293 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.27 
 
 
291 aa  207  2e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.68 
 
 
291 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.37 
 
 
300 aa  206  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.6 
 
 
296 aa  206  5e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2761  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.48 
 
 
300 aa  205  7e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.015422  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.12 
 
 
304 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.46 
 
 
278 aa  204  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.33 
 
 
290 aa  204  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.2 
 
 
461 aa  202  4e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.18 
 
 
298 aa  202  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.4 
 
 
280 aa  202  5e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.34 
 
 
298 aa  202  7e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.181567  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.25 
 
 
296 aa  201  9e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.96 
 
 
287 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.66 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.73 
 
 
290 aa  199  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.58 
 
 
281 aa  200  3e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.31 
 
 
294 aa  199  3e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.96 
 
 
292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  37.42 
 
 
305 aa  199  5e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.05 
 
 
306 aa  199  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3705  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.33 
 
 
309 aa  199  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.146847  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.87 
 
 
291 aa  199  6e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.6 
 
 
291 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2124  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.6 
 
 
300 aa  199  6e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.62 
 
 
285 aa  198  7.999999999999999e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.88 
 
 
297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.82 
 
 
295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.5 
 
 
294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.77 
 
 
294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.77 
 
 
294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.37 
 
 
292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.17 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.79 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.5 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.5 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.18 
 
 
295 aa  196  3e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.31 
 
 
276 aa  196  3e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.88 
 
 
299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.45 
 
 
305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  36.33 
 
 
294 aa  196  6e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.6 
 
 
291 aa  195  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.74 
 
 
302 aa  194  1e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.16 
 
 
296 aa  194  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.62 
 
 
302 aa  194  1e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.36 
 
 
280 aa  194  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.95 
 
 
277 aa  193  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.33 
 
 
291 aa  193  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.29 
 
 
296 aa  192  6e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2618  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.76 
 
 
359 aa  192  6e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  35.83 
 
 
299 aa  192  8e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>