More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4244 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4244  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
249 aa  486  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2136  gluconate 5-dehydrogenase  53.6 
 
 
256 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510387  normal  0.0477177 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2380  gluconate 5-dehydrogenase  52.8 
 
 
256 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667021  decreased coverage  0.0022048 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2747  gluconate 5-dehydrogenase  50.4 
 
 
253 aa  194  9e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.583516  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0468  gluconate 5-dehydrogenase  49.4 
 
 
251 aa  190  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
257 aa  180  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5878  gluconate 5-dehydrogenase  47.37 
 
 
259 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854497  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
256 aa  171  6.999999999999999e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
255 aa  170  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  39.68 
 
 
256 aa  168  8e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  38.31 
 
 
257 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
256 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  38.82 
 
 
251 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
254 aa  161  7e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.02 
 
 
258 aa  161  9e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  36.55 
 
 
254 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
254 aa  161  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  36.55 
 
 
254 aa  161  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  36.55 
 
 
254 aa  160  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  36.65 
 
 
254 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  36.55 
 
 
254 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.95 
 
 
257 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
272 aa  159  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  37.85 
 
 
252 aa  159  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  35.6 
 
 
254 aa  159  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
261 aa  157  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  40.47 
 
 
251 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 
263 aa  157  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
264 aa  157  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
269 aa  157  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  36.25 
 
 
254 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 
255 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
252 aa  157  2e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
254 aa  156  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  36.25 
 
 
254 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
257 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  36.25 
 
 
254 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  38.06 
 
 
262 aa  156  3e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
257 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  35.86 
 
 
254 aa  155  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
257 aa  155  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
252 aa  156  4e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  35.86 
 
 
254 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  36.11 
 
 
258 aa  155  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.95 
 
 
248 aa  155  8e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  35.86 
 
 
254 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
252 aa  154  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
257 aa  154  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 
254 aa  153  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  38.71 
 
 
255 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
255 aa  153  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
260 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
261 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.385793 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7371  short-chain alcohol dehydrogenase  41.3 
 
 
254 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2299  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.27 
 
 
245 aa  150  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02618  predicted deoxygluconate dehydrogenase  35.6 
 
 
261 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02581  hypothetical protein  35.6 
 
 
261 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2913  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.2 
 
 
261 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.12178  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3075  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.6 
 
 
261 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202466  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  38.25 
 
 
264 aa  149  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  34.94 
 
 
263 aa  149  4e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1233  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
251 aa  149  4e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00223298  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
257 aa  149  4e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2902  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.8 
 
 
261 aa  149  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.773254  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
255 aa  148  6e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
254 aa  148  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0982  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.06 
 
 
249 aa  148  7e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal  0.0572265 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.65 
 
 
255 aa  148  8e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
256 aa  148  9e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.919564  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.25 
 
 
251 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.25 
 
 
251 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 
265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.33 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  39.06 
 
 
259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.11 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.92 
 
 
247 aa  146  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.44 
 
 
246 aa  146  3e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4030  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.2 
 
 
261 aa  146  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.721493  normal  0.432125 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
254 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
261 aa  145  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.84 
 
 
251 aa  145  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1052  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
249 aa  145  6e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.595942 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  40 
 
 
261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.2 
 
 
258 aa  145  7.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  33.73 
 
 
247 aa  145  8.000000000000001e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  34.14 
 
 
250 aa  145  8.000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 
246 aa  145  8.000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.26 
 
 
250 aa  144  1e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 
270 aa  144  1e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
250 aa  144  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.77 
 
 
246 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0917  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
249 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.213986 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>