More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3652 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
269 aa  537  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.368434  normal  0.604753 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
261 aa  172  6.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  39.68 
 
 
259 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
256 aa  171  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
282 aa  171  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
259 aa  168  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  39.29 
 
 
256 aa  167  2e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
251 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
257 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.48 
 
 
248 aa  165  9e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
246 aa  161  8.000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 
244 aa  161  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
250 aa  160  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
256 aa  159  4e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.24 
 
 
246 aa  159  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.24 
 
 
246 aa  159  5e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
261 aa  158  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  35.71 
 
 
261 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
251 aa  157  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.53 
 
 
246 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
281 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223454  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
252 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
287 aa  155  5.0000000000000005e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38962  normal  0.0399907 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.8 
 
 
246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3264  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.74 
 
 
246 aa  155  6e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.25 
 
 
248 aa  155  8e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
245 aa  155  9e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0520  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.61 
 
 
262 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.34 
 
 
246 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.34 
 
 
246 aa  154  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.34 
 
 
246 aa  154  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.34 
 
 
246 aa  154  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
263 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.84 
 
 
257 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 
256 aa  153  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
252 aa  154  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
261 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
252 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0950  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 
256 aa  153  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.477872  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.8 
 
 
246 aa  154  2e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
265 aa  154  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 
256 aa  153  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  36.72 
 
 
249 aa  153  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.94 
 
 
246 aa  152  4e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.94 
 
 
246 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
245 aa  152  5e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
269 aa  152  5e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  37.8 
 
 
247 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
254 aa  152  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
262 aa  151  8.999999999999999e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4222  putative Levodione reductase  37.2 
 
 
257 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  37.4 
 
 
247 aa  151  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
261 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.15 
 
 
246 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
253 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
260 aa  150  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
282 aa  149  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0692729  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
248 aa  150  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000355798  normal  0.0941785 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
251 aa  149  5e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
255 aa  149  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.644863  normal  0.553808 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
255 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3076  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
285 aa  149  7e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.35072  normal  0.362703 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
261 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0908  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.61 
 
 
257 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.117831  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.06 
 
 
245 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
274 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0641  short chain dehydrogenase  38 
 
 
249 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  37.74 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0816082  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  36.44 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.69 
 
 
262 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
255 aa  147  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.36 
 
 
255 aa  146  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 
276 aa  146  3e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
254 aa  146  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.01 
 
 
264 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1738  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.01 
 
 
264 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
256 aa  146  3e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
255 aa  146  3e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.01 
 
 
264 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.390803 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
275 aa  147  3e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.240969  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.95 
 
 
247 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 
251 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
257 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
251 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
257 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0474  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.3 
 
 
254 aa  146  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
257 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
250 aa  145  6e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  37.85 
 
 
254 aa  145  6e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.89 
 
 
246 aa  145  6e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  34.82 
 
 
259 aa  145  6e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0890  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 
254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>