84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1611 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1611  extensin family protein  100 
 
 		 390 aa  796    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689957  normal  0.22002 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2463  Extensin family protein  48.76 
 
 		 438 aa  363  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2180  Extensin family protein  49.12 
 
 		 436 aa  350  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  0.64676 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1656  extensin family protein  63.78 
 
 		 309 aa  265  8e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.281321  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1459  hypothetical protein  63.08 
 
 		 299 aa  261  2e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.970328  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1509  hypothetical protein  63.08 
 
 		 303 aa  261  2e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2121  extensin-like  55.98 
 
 		 273 aa  224  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2814  Extensin family protein  38.76 
 
 		 338 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.52695  normal  0.0111316 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3080  Extensin family protein  37.64 
 
 		 316 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2297  extensin family protein  34.24 
 
 		 280 aa  135  8e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.261426 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1728  extensin family protein  35.56 
 
 		 401 aa  123  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.833285 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2474  extensin family protein  35.53 
 
 		 361 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.662773  normal  0.0514896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0445  Extensin family protein  34.27 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264041  normal  0.366578 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2178  extensin-like  38.22 
 
 		 393 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2211  extensin family protein  32.88 
 
 		 287 aa  120  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2120  extensin-like  34.66 
 
 		 249 aa  119  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2285  hypothetical protein  37.33 
 
 		 285 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.272094  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0412  extensin family protein  34.08 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.531643 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0482  Extensin family protein  34.64 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3270  hypothetical protein  32.43 
 
 		 319 aa  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0961  extensin family protein  36.67 
 
 		 287 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0112544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2944  hypothetical protein  35.64 
 
 		 271 aa  114  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0362453 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3408  extensin-like  34.93 
 
 		 415 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0393857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1978  extensin-like protein  36.3 
 
 		 402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2935  extensin family protein  35.16 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3312  extensin family protein  35.47 
 
 		 353 aa  112  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.209178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4933  Extensin family protein  35.14 
 
 		 359 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.895839  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4063  Extensin family protein  35.86 
 
 		 413 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4292  extensin-like  35.36 
 
 		 325 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.780692  normal  0.0200352 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0760  extensin-like  35.38 
 
 		 375 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.800348  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3714  Extensin family protein  35.17 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0977597 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1268  extensin-like  32.6 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.272059  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2456  hypothetical protein  34.25 
 
 		 403 aa  107  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.926406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2458  extensin-like protein  34.76 
 
 		 372 aa  107  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.480313  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1036  hypothetical protein  35.76 
 
 		 318 aa  106  7e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.507512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2885  extensin-like  37.68 
 
 		 401 aa  104  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1166  extensin-like protein  32.6 
 
 		 343 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27994 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0017  Extensin family protein  32.4 
 
 		 248 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.638179  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6195  hypothetical protein  36.15 
 
 		 391 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0618  extensin-like protein  38.41 
 
 		 293 aa  102  8e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.568145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2099  extensin-like  35.29 
 
 		 288 aa  100  6e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0618  extensin-like protein  33.93 
 
 		 233 aa  99.8  8e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0950  extensin family protein  35.57 
 
 		 335 aa  99  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00924534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1300  Extensin family protein  34.9 
 
 		 327 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0538654  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2107  extensin family protein  28.89 
 
 		 278 aa  96.3  7e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.271433 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0012  extensin family protein  32.4 
 
 		 265 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0871  extensin family protein  35.54 
 
 		 238 aa  93.2  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122985  normal  0.245287 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3988  Extensin family protein  31.02 
 
 		 278 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1529  extensin family protein  28.8 
 
 		 264 aa  90.9  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0853  Extensin family protein  36.24 
 
 		 325 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3302  Extensin family protein  34.09 
 
 		 250 aa  89.4  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000699012 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0848  extensin family protein  29.26 
 
 		 250 aa  89.4  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846285  normal  0.166605 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0664  extensin-like protein  36.72 
 
 		 244 aa  88.6  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0161658  normal  0.321651 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0878  Extensin family protein  35.57 
 
 		 329 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.17078 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0917  extensin family protein  35.57 
 
 		 329 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1513  hypothetical protein  30.95 
 
 		 229 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2264  extensin family protein  34.9 
 
 		 331 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.51352 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4106  extensin family protein  28.99 
 
 		 224 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1329  extensin family protein  32.41 
 
 		 244 aa  86.3  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000197088 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2397  extensin family protein  30.32 
 
 		 362 aa  84.7  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1661  extensin-like  30.43 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.694438  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1511  extensin family protein  28.99 
 
 		 229 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.497355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1323  extensin-like, C-terminal  30.36 
 
 		 229 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0505628 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4211  extensin family protein  28.4 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.535482 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1116  extensin family protein  26.51 
 
 		 229 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.822748 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2770  extensin-like  29.41 
 
 		 220 aa  78.2  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1075  extensin-like protein  27.69 
 
 		 230 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39250  hypothetical protein  28.97 
 
 		 222 aa  75.9  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.926206  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0828  hypothetical protein  27.74 
 
 		 323 aa  75.9  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0822  hypothetical protein  27.74 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3354  extensin family protein  27.56 
 
 		 233 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2133  Extensin family protein  27.59 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1458  hypothetical protein  28.57 
 
 		 231 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1846  Extensin family protein  28.28 
 
 		 231 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2632  Extensin family protein  30.6 
 
 		 221 aa  68.6  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16750  hypothetical protein  27.73 
 
 		 231 aa  66.6  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0851  extensin family protein  29.01 
 
 		 227 aa  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.223472 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0656  extensin-like protein  26.67 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0416  extensin family protein  30.77 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.039065 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0417  extensin family protein  30.77 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.599448  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0423  extensin family protein  30.77 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.933348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0435  extensin family protein  30.77 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.250587  normal  0.722758 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0477  extensin family protein  30.77 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6683  hypothetical protein  28.8 
 
 		 298 aa  43.5  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>