71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2813 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2813  hypothetical protein  100 
 
 		 249 aa  510  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2896  hypothetical protein  99.6 
 
 		 249 aa  508  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2993  amino acid ABC transporter periplasmic protein  93.17 
 
 		 249 aa  482  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1273  extracellular solute-binding protein family 3  73.2 
 
 		 250 aa  384  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.757489  normal  0.0285776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3104  hypothetical protein  73.2 
 
 		 250 aa  384  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.796151  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3247  hypothetical protein  73.6 
 
 		 250 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3094  hypothetical protein  73.2 
 
 		 250 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0805  hypothetical protein  62.5 
 
 		 249 aa  296  3e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0883  hypothetical protein  55.27 
 
 		 248 aa  268  5e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0932  hypothetical protein  56.48 
 
 		 247 aa  263  2e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1518  hypothetical protein  51.9 
 
 		 248 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0597975  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3522  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.5 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.389292 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  24.66 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1543  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.03 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.807599  normal  0.747286 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  19.75 
 
 		 243 aa  52.8  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3410  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  22.87 
 
 		 255 aa  52.8  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 270 aa  52  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  24.9 
 
 		 247 aa  50.4  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  22.4 
 
 		 251 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.66 
 
 		 265 aa  49.7  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1047  extracellular solute-binding protein  20.75 
 
 		 256 aa  48.1  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.519655  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  21.97 
 
 		 253 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  22.09 
 
 		 256 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  22.52 
 
 		 245 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4839  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 250 aa  47  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000733894  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  21.69 
 
 		 290 aa  47  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  25.27 
 
 		 265 aa  46.6  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0336  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.62 
 
 		 333 aa  46.6  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.67 
 
 		 264 aa  46.2  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  22.22 
 
 		 256 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  22.07 
 
 		 232 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  27.07 
 
 		 265 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  23.24 
 
 		 247 aa  45.4  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0102  hypothetical protein  25 
 
 		 242 aa  45.4  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  22.22 
 
 		 266 aa  45.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 270 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 249 aa  44.7  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  19.76 
 
 		 245 aa  45.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 264 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.01 
 
 		 1109 aa  45.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1862  hypothetical protein  20.32 
 
 		 248 aa  44.7  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0011565  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 247 aa  43.9  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44640  hypothetical protein  25.14 
 
 		 288 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000281012  normal  0.174562 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  21.33 
 
 		 243 aa  43.9  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 		 277 aa  43.9  0.003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  26.58 
 
 		 265 aa  43.5  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2107  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.75 
 
 		 253 aa  43.5  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.189301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1824  hypothetical protein  23.15 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0729665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 		 264 aa  43.1  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.66 
 
 		 264 aa  43.1  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 264 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 264 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 264 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  21.36 
 
 		 264 aa  43.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  21.82 
 
 		 258 aa  43.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1806  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  21.37 
 
 		 468 aa  43.1  0.005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000163155  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  25.77 
 
 		 251 aa  42.4  0.006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0776  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.17 
 
 		 270 aa  42.4  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.616971 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  25.6 
 
 		 266 aa  42.4  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0734  hypothetical protein  26.23 
 
 		 250 aa  42.4  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  21.82 
 
 		 246 aa  42.4  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21840  hypothetical protein  19.83 
 
 		 248 aa  42.4  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223447  hitchhiker  0.00300338 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.78 
 
 		 264 aa  42  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.78 
 
 		 264 aa  42  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.78 
 
 		 264 aa  42  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.78 
 
 		 264 aa  42  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.78 
 
 		 264 aa  42  0.009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.78 
 
 		 284 aa  42  0.009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0087  hypothetical protein  25.14 
 
 		 242 aa  42  0.009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.78 
 
 		 264 aa  42  0.009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  23.32 
 
 		 247 aa  42  0.009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>