More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3053 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3053  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  100 
 
 		 420 aa  864    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2647  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  57.1 
 
 		 429 aa  426  1e-118  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.180779  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7182  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  45.69 
 
 		 420 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0226696 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2538  beta-lactamase  45.61 
 
 		 416 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6008  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  46.32 
 
 		 420 aa  351  2e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.960624  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6304  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  45.64 
 
 		 420 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397924  normal  0.258712 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4325  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  44.97 
 
 		 405 aa  333  3e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0248121  normal  0.0483573 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4094  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  44.71 
 
 		 405 aa  330  2e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4170  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  44.71 
 
 		 405 aa  330  2e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0606  serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  45.68 
 
 		 438 aa  320  3.9999999999999996e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2316  beta-lactamase  43.8 
 
 		 467 aa  311  1e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0048462  decreased coverage  0.0000015739 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4546  beta-lactamase  45.04 
 
 		 740 aa  291  2e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0375  beta-lactamase  42.54 
 
 		 381 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5738  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  35.6 
 
 		 447 aa  240  4e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.38713 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5360  twin-arginine translocation pathway signal  35.6 
 
 		 447 aa  238  2e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5451  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  35.6 
 
 		 447 aa  238  2e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5167  beta-lactamase  36.27 
 
 		 713 aa  221  1.9999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.619685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3027  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.89 
 
 		 406 aa  202  9.999999999999999e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899556  normal  0.874043 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2587  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  34.08 
 
 		 413 aa  179  7e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.607083  normal  0.306741 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1094  beta-lactamase  35.71 
 
 		 349 aa  162  7e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6205  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.78 
 
 		 378 aa  160  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3215  beta-lactamase  31.96 
 
 		 405 aa  157  4e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000372743  hitchhiker  0.00147977 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5169  beta-lactamase  31.99 
 
 		 382 aa  156  6e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3206  beta-lactamase  31.91 
 
 		 389 aa  153  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0368  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  32.08 
 
 		 399 aa  152  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00562308  normal  0.495103 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8711  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  28.61 
 
 		 383 aa  151  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0541056  normal  0.0995944 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0570  alkaline D-peptidase  33.13 
 
 		 370 aa  151  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3468  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  37.14 
 
 		 415 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560934  normal  0.0158413 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3030  alkaline D-peptidase  31.22 
 
 		 388 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3984  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.56 
 
 		 390 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2217  alkaline D-peptidase  30.71 
 
 		 388 aa  146  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.66047e-16 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5142  alkaline D-peptidase  32.82 
 
 		 428 aa  143  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00324654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4368  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.2 
 
 		 416 aa  143  6e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041515 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3018  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.9 
 
 		 389 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.470862  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0727  alkaline D-peptidase  30.11 
 
 		 429 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2051  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  29.66 
 
 		 385 aa  140  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.319079  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2824  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.97 
 
 		 388 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.130693  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1969  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.11 
 
 		 414 aa  139  7e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.980127  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2755  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  30.84 
 
 		 388 aa  139  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0494186  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3022  alkaline D-peptidase and alkaline D-peptidase fusion  29.74 
 
 		 720 aa  139  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0802631  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0099  D-stereospecific peptide hydrolase  31.23 
 
 		 443 aa  138  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000129924  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3069  alkaline D-peptidase  30.75 
 
 		 388 aa  138  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0417304  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2053  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  29.4 
 
 		 385 aa  138  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00880281  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3175  beta-lactamase  29.6 
 
 		 375 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.702373  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2381  alkaline D-peptidase  30.52 
 
 		 385 aa  137  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0825231  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3147  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  30.65 
 
 		 407 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.943509  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3064  alkaline D-peptidase  31.58 
 
 		 388 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0312865  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2819  alkaline D-peptidase  30.75 
 
 		 388 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118082  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2769  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  30.75 
 
 		 389 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.48212  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3027  alkaline D-peptidase  30.75 
 
 		 388 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3033  alkaline d-peptidase  30.75 
 
 		 388 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.400662  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2860  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  30.96 
 
 		 385 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28769  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5013  alkaline D-peptidase  29.77 
 
 		 374 aa  135  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.394865  normal  0.0638413 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2093  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  29.16 
 
 		 407 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2296  alkaline D-peptidase  29.13 
 
 		 385 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000100431 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2043  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  30.2 
 
 		 421 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956781  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1771  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.16 
 
 		 380 aa  134  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.1791 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2537  beta-lactamase  31.55 
 
 		 393 aa  133  6e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630976  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0278  beta-lactamase  30.17 
 
 		 406 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2405  beta-lactamase  28.31 
 
 		 382 aa  131  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.261903  hitchhiker  0.00562199 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4430  beta-lactamase  28.49 
 
 		 434 aa  129  8.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.134179 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1119  hypothetical protein  27.17 
 
 		 371 aa  129  8.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1123  hypothetical protein  26.63 
 
 		 371 aa  128  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2409  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  30.09 
 
 		 388 aa  127  5e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.37701  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2576  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  28.12 
 
 		 389 aa  126  9e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.145811 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4691  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.28 
 
 		 383 aa  124  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2440  alkaline D-peptidase (D-stereospecific peptide hydrolase)  29.79 
 
 		 388 aa  124  3e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00540718  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2677  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  29.79 
 
 		 388 aa  124  3e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000522854 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2416  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.76 
 
 		 411 aa  123  5e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.758876  normal  0.129808 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2478  alkaline D-peptidase  29.48 
 
 		 388 aa  123  6e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.431844  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2661  alkaline d-peptidase  29.48 
 
 		 388 aa  123  6e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8159  alkaline D-peptidase  30.45 
 
 		 375 aa  123  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.533807 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4765  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  29.71 
 
 		 514 aa  121  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.263187 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0618  beta-lactamase  27.92 
 
 		 450 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0504  beta-lactamase  28.75 
 
 		 409 aa  119  9.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.35102  hitchhiker  0.00000257291 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4155  beta-lactamase  26.2 
 
 		 378 aa  119  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.222212  normal  0.15208 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4644  alkaline D-peptidase  29.09 
 
 		 397 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00635481  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2315  beta-lactamase  33.76 
 
 		 440 aa  117  3e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00477679  hitchhiker  0.0000358597 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3689  beta-lactamase  27.41 
 
 		 422 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2415  beta-lactamase  27.06 
 
 		 442 aa  117  5e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0834226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3391  beta-lactamase  26.4 
 
 		 420 aa  117  5e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1072  Beta-lactamase  27.29 
 
 		 412 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3534  amino acid adenylation  27.81 
 
 		 2457 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2539  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  26.16 
 
 		 445 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2312  beta-lactamase  29.71 
 
 		 406 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4727  beta-lactamase  29.19 
 
 		 366 aa  113  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1923  beta-lactamase  29.49 
 
 		 389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3510  beta-lactamase  27.45 
 
 		 409 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143562 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3339  beta-lactamase  28.85 
 
 		 381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1013  beta-lactamase  30.42 
 
 		 449 aa  111  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3731  beta-lactamase  27.87 
 
 		 603 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.227339 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4687  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  28.99 
 
 		 373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5306  beta-lactamase  28.53 
 
 		 411 aa  111  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3422  beta-lactamase  27.98 
 
 		 593 aa  110  5e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.126074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0544  beta-lactamase  27.58 
 
 		 578 aa  109  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129057 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0500  beta-lactamase  25.28 
 
 		 487 aa  108  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0034  alkaline D-peptidase  29.39 
 
 		 392 aa  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.698522 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10404  lipoprotein lpqK  27.51 
 
 		 409 aa  107  5e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6777  beta-lactamase  25.34 
 
 		 446 aa  106  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4636  beta-lactamase  27.81 
 
 		 496 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>