More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2539 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2539  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  100 
 
 		 445 aa  915    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0618  beta-lactamase  44.84 
 
 		 450 aa  370  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2415  beta-lactamase  42.35 
 
 		 442 aa  354  2e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0834226  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13238  penicillin-binding protein, putative  41.08 
 
 		 431 aa  335  1e-90  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.652866  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2921  beta-lactamase class C-like protein  30.95 
 
 		 451 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.154271 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2105  beta-lactamase  33.94 
 
 		 347 aa  184  4.0000000000000006e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0500  beta-lactamase  31.02 
 
 		 487 aa  163  5.0000000000000005e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0544  beta-lactamase  31.07 
 
 		 578 aa  154  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129057 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1832  beta-lactamase  28.38 
 
 		 446 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.29245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6777  beta-lactamase  26.57 
 
 		 446 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2217  alkaline D-peptidase  34.26 
 
 		 388 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.66047e-16 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2824  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.22 
 
 		 388 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.130693  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3030  alkaline D-peptidase  33.91 
 
 		 388 aa  146  6e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2769  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  31.68 
 
 		 389 aa  144  4e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.48212  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1094  beta-lactamase  30.85 
 
 		 349 aa  144  4e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2819  alkaline D-peptidase  31.68 
 
 		 388 aa  144  5e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118082  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3033  alkaline d-peptidase  31.68 
 
 		 388 aa  144  5e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.400662  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3027  alkaline D-peptidase  31.68 
 
 		 388 aa  143  7e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3018  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.57 
 
 		 389 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.470862  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3615  beta-lactamase  29.93 
 
 		 611 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0663146 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3064  alkaline D-peptidase  31.35 
 
 		 388 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0312865  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2755  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  31.02 
 
 		 388 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0494186  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6205  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  30 
 
 		 378 aa  138  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3069  alkaline D-peptidase  31.02 
 
 		 388 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0417304  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2576  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  31.86 
 
 		 389 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.145811 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2053  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  29.58 
 
 		 385 aa  134  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00880281  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2381  alkaline D-peptidase  29.9 
 
 		 385 aa  133  5e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0825231  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0099  D-stereospecific peptide hydrolase  31.46 
 
 		 443 aa  133  5e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000129924  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2051  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  28.94 
 
 		 385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.319079  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3147  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  30.04 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.943509  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2296  alkaline D-peptidase  28.94 
 
 		 385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000100431 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2860  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  30.04 
 
 		 385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28769  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2093  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  30.04 
 
 		 407 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3422  beta-lactamase  29.98 
 
 		 593 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.126074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2736  beta-lactamase  29.12 
 
 		 417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.416885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3175  beta-lactamase  28.15 
 
 		 375 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.702373  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2043  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.76 
 
 		 421 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3206  beta-lactamase  32.64 
 
 		 389 aa  127  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3731  beta-lactamase  29.98 
 
 		 603 aa  125  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.227339 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2478  alkaline D-peptidase  31.14 
 
 		 388 aa  125  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.431844  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2440  alkaline D-peptidase (D-stereospecific peptide hydrolase)  31.14 
 
 		 388 aa  125  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00540718  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2409  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  31.14 
 
 		 388 aa  125  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.37701  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2661  alkaline d-peptidase  31.14 
 
 		 388 aa  125  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0570  alkaline D-peptidase  30.63 
 
 		 370 aa  125  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2677  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  31.14 
 
 		 388 aa  125  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000522854 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0439  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.22 
 
 		 392 aa  125  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.919528 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0622  beta-lactamase  24.84 
 
 		 377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.357585  normal  0.0394741 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2416  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.33 
 
 		 411 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.758876  normal  0.129808 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2294  penicillin-binding protein, putative  29.64 
 
 		 434 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.272122  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1119  hypothetical protein  27.35 
 
 		 371 aa  120  6e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1123  hypothetical protein  27.49 
 
 		 371 aa  119  7.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3210  beta-lactamase  26.84 
 
 		 375 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.767379  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5243  beta-lactamase  28.09 
 
 		 362 aa  117  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3208  beta-lactamase  27.39 
 
 		 377 aa  116  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0230735  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3507  penicillin-binding protein, putative  27.07 
 
 		 375 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0558  putative penicillin-binding protein  28.48 
 
 		 413 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.622752  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0419  beta-lactamase  28.01 
 
 		 416 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4689  beta-lactamase  26.81 
 
 		 374 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0791767  normal  0.116144 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0483  putative penicillin-binding protein  28.01 
 
 		 412 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3498  beta-lactamase  26.43 
 
 		 375 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3264  beta-lactamase  27.07 
 
 		 377 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.664291  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0435  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  27.82 
 
 		 342 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2312  beta-lactamase  27.56 
 
 		 406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3053  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  26.16 
 
 		 420 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3518  putative penicillin-binding protein  27.07 
 
 		 377 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3215  beta-lactamase  30.82 
 
 		 405 aa  114  3e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000372743  hitchhiker  0.00147977 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3294  penicillin-binding protein  27.07 
 
 		 377 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678008  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3554  penicillin-binding protein  27.07 
 
 		 377 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3468  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.24 
 
 		 415 aa  114  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560934  normal  0.0158413 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3511  putative penicillin-binding protein  27.07 
 
 		 377 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0555  penicillin-binding protein, putative  28.48 
 
 		 413 aa  114  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.389605  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5167  beta-lactamase  26.43 
 
 		 713 aa  114  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.619685  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0412  beta-lactamase (penicillin-binding protein) (penicillinase)  28.48 
 
 		 422 aa  113  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0502  penicillin-binding protein  27.69 
 
 		 412 aa  113  8.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0473  penicillin-binding protein  27.69 
 
 		 421 aa  112  9e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0416  beta-lactamase (penicillin-binding protein) (penicillinase)  27.69 
 
 		 421 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0430511  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1013  beta-lactamase  29.23 
 
 		 449 aa  112  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0428  beta-lactamase  27.69 
 
 		 404 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.354595  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3022  alkaline D-peptidase and alkaline D-peptidase fusion  29.32 
 
 		 720 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0802631  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4818  putative penicillin-binding protein  28.48 
 
 		 416 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.618322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2717  beta-lactamase  24.86 
 
 		 470 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0505  putative penicillin-binding protein  28.16 
 
 		 415 aa  111  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0859162  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1018  beta-lactamase  26.11 
 
 		 461 aa  111  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.624623 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2573  beta-lactamase  29.62 
 
 		 476 aa  110  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.369136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2896  alkaline D-peptidase  27.76 
 
 		 383 aa  110  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.243898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4765  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  31.28 
 
 		 514 aa  110  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.263187 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1750  beta-lactamase  25.8 
 
 		 375 aa  110  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.339251  normal  0.99151 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2538  beta-lactamase  28.71 
 
 		 416 aa  109  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1969  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  25.83 
 
 		 414 aa  108  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.980127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4174  beta-lactamase  26.19 
 
 		 378 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000652338  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1134  beta-lactamase  27.16 
 
 		 459 aa  108  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6304  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  26.92 
 
 		 420 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397924  normal  0.258712 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4325  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  25.87 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0248121  normal  0.0483573 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1457  beta-lactamase  29.02 
 
 		 325 aa  107  3e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.17461  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5142  alkaline D-peptidase  28.2 
 
 		 428 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00324654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6008  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  26.92 
 
 		 420 aa  107  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.960624  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5013  alkaline D-peptidase  29.69 
 
 		 374 aa  107  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.394865  normal  0.0638413 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4152  beta-lactamase  25.72 
 
 		 378 aa  106  9e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0848463  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4110  beta-lactamase  25.85 
 
 		 379 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4094  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  25.87 
 
 		 405 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>