More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2640 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2640  formyltetrahydrofolate deformylase  100 
 
 		 277 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.200065  normal  0.516834 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3166  formyltetrahydrofolate deformylase  83.03 
 
 		 277 aa  486  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3286  formyltetrahydrofolate deformylase  80.14 
 
 		 277 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647235  hitchhiker  0.00001604 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1445  formyltetrahydrofolate deformylase  76.53 
 
 		 288 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1440  formyltetrahydrofolate deformylase  76.53 
 
 		 288 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2907  formyltetrahydrofolate deformylase  76.53 
 
 		 291 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.520596 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1476  formyltetrahydrofolate deformylase  76.53 
 
 		 288 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1343  formyltetrahydrofolate deformylase  76.53 
 
 		 316 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2714  formyltetrahydrofolate deformylase  76.17 
 
 		 300 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2821  formyltetrahydrofolate deformylase  76.17 
 
 		 300 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2647  formyltetrahydrofolate deformylase  75.81 
 
 		 300 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1265  formyltetrahydrofolate deformylase  76.9 
 
 		 290 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.90141  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1624  formyltetrahydrofolate deformylase  76.75 
 
 		 271 aa  449  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1134  formyltetrahydrofolate deformylase  76.45 
 
 		 281 aa  448  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.409656  normal  0.540867 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1549  formyltetrahydrofolate deformylase  76 
 
 		 285 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1577  formyltetrahydrofolate deformylase  68.23 
 
 		 277 aa  414  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.200981  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0912  formyltetrahydrofolate deformylase  66.43 
 
 		 277 aa  405  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004096  formyltetrahydrofolate deformylase  66.43 
 
 		 277 aa  402  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0262931  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01373  formyltetrahydrofolate deformylase  66.43 
 
 		 277 aa  404  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1976  formyltetrahydrofolate deformylase  66.06 
 
 		 282 aa  403  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2277  formyltetrahydrofolate deformylase  65.7 
 
 		 282 aa  401  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.262231  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2204  formyltetrahydrofolate deformylase  65.34 
 
 		 283 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2334  formyltetrahydrofolate deformylase  64.98 
 
 		 282 aa  395  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000680969  normal  0.0350893 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1971  formyltetrahydrofolate deformylase  64.98 
 
 		 282 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0499985  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2080  formyltetrahydrofolate deformylase  64.98 
 
 		 282 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0789639  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2713  formyltetrahydrofolate deformylase  65.7 
 
 		 282 aa  395  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.775319  hitchhiker  0.00024588 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01208  formyltetrahydrofolate deformylase  64.62 
 
 		 280 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.673887  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2417  formyltetrahydrofolate deformylase  64.98 
 
 		 280 aa  393  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000875082  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2395  formyltetrahydrofolate deformylase  64.62 
 
 		 280 aa  392  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000016766 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1340  formyltetrahydrofolate deformylase  64.62 
 
 		 280 aa  392  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00174787  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1962  formyltetrahydrofolate deformylase  64.98 
 
 		 282 aa  393  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1909  formyltetrahydrofolate deformylase  64.62 
 
 		 280 aa  392  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0165731  normal  0.142161 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01218  hypothetical protein  64.62 
 
 		 280 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.534807  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2311  formyltetrahydrofolate deformylase  64.62 
 
 		 280 aa  393  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1717  formyltetrahydrofolate deformylase  64.62 
 
 		 280 aa  392  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0183504  normal  0.737156 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1102  formyltetrahydrofolate deformylase  63.9 
 
 		 278 aa  394  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.198189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1572  formyltetrahydrofolate deformylase  64.98 
 
 		 280 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1381  formyltetrahydrofolate deformylase  64.26 
 
 		 280 aa  390  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0534896  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1397  formyltetrahydrofolate deformylase  64.26 
 
 		 280 aa  390  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1946  formyltetrahydrofolate deformylase  64.98 
 
 		 280 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1883  formyltetrahydrofolate deformylase  64.98 
 
 		 280 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.26854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1889  formyltetrahydrofolate deformylase  64.98 
 
 		 280 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.291619 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1389  formyltetrahydrofolate deformylase  64.62 
 
 		 280 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.336408  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0786  formyltetrahydrofolate deformylase  61.73 
 
 		 278 aa  377  1e-103  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3078  formyltetrahydrofolate deformylase  57.66 
 
 		 274 aa  325  7e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1512  formyltetrahydrofolate deformylase  55.43 
 
 		 280 aa  316  2e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000338325  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5699  formyltetrahydrofolate deformylase  51.32 
 
 		 306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.657774 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3669  formyltetrahydrofolate deformylase  53.9 
 
 		 269 aa  308  6.999999999999999e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0400805  normal  0.143987 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1008  tRNA nucleotidyltransferase/formyltetrahydrofolate deformylase  50.54 
 
 		 644 aa  308  6.999999999999999e-83  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00246463  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1370  formyltetrahydrofolate deformylase  51.99 
 
 		 317 aa  306  3e-82  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1249  formyltetrahydrofolate deformylase  49.1 
 
 		 279 aa  296  3e-79  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0811  formyltetrahydrofolate deformylase  51.13 
 
 		 274 aa  291  6e-78  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.245806  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0881  formyltetrahydrofolate deformylase  51.13 
 
 		 274 aa  290  1e-77  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0822  formyltetrahydrofolate deformylase  51.65 
 
 		 276 aa  290  1e-77  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.837326  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1098  formyltetrahydrofolate deformylase  51.26 
 
 		 278 aa  290  2e-77  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.13372  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3999  formyltetrahydrofolate deformylase  50 
 
 		 274 aa  285  4e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1220  formyltetrahydrofolate deformylase  49.44 
 
 		 274 aa  285  5e-76  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0692  formyltetrahydrofolate deformylase  42.66 
 
 		 288 aa  229  4e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0638  formyltetrahydrofolate deformylase  41.46 
 
 		 287 aa  228  1e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1631  formyltetrahydrofolate deformylase  40.29 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043119  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2199  formyltetrahydrofolate deformylase  40.29 
 
 		 288 aa  226  4e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1008  formyltetrahydrofolate deformylase  43.53 
 
 		 284 aa  225  5.0000000000000005e-58  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.394277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0127  formyltetrahydrofolate deformylase  40.93 
 
 		 282 aa  224  1e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.236113  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2073  formyltetrahydrofolate deformylase  40.14 
 
 		 288 aa  222  6e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0345334  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7341  formyltetrahydrofolate deformylase  40.14 
 
 		 284 aa  222  6e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0997377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2543  formyltetrahydrofolate deformylase  40.56 
 
 		 300 aa  221  8e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0523  formyltetrahydrofolate deformylase  41.28 
 
 		 289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0323  formyltetrahydrofolate deformylase  41.72 
 
 		 286 aa  220  1.9999999999999999e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4112  formyltetrahydrofolate deformylase  42.35 
 
 		 289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00495  formyltetrahydrofolate deformylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G11620)  40.07 
 
 		 289 aa  219  5e-56  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.39908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4436  formyltetrahydrofolate deformylase  40.42 
 
 		 282 aa  218  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00849533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0606  formyltetrahydrofolate deformylase  41.99 
 
 		 289 aa  218  7e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930988 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0154  formyltetrahydrofolate deformylase  38.6 
 
 		 283 aa  218  8.999999999999998e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00603763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2326  formyltetrahydrofolate deformylase  40.28 
 
 		 284 aa  216  2e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0213  formyltetrahydrofolate deformylase  40.14 
 
 		 283 aa  217  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.543031 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2419  formyltetrahydrofolate deformylase  41.37 
 
 		 287 aa  217  2e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1522  formyltetrahydrofolate deformylase  40.28 
 
 		 287 aa  216  2e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2051  formyltetrahydrofolate deformylase  39.79 
 
 		 285 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000424508  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1188  formyltetrahydrofolate deformylase  40.29 
 
 		 286 aa  216  4e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000131662 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4882  formyltetrahydrofolate deformylase  39.86 
 
 		 283 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1789  formyltetrahydrofolate deformylase  39.93 
 
 		 309 aa  215  5e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00390951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1837  formyltetrahydrofolate deformylase  41.13 
 
 		 290 aa  216  5e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.457824  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0786  formyltetrahydrofolate deformylase  39.44 
 
 		 316 aa  215  5e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1951  formyltetrahydrofolate deformylase  41.13 
 
 		 286 aa  215  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1866  formyltetrahydrofolate deformylase  41.13 
 
 		 286 aa  215  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2891  formyltetrahydrofolate deformylase  39.01 
 
 		 283 aa  215  7e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.954133  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2434  formyltetrahydrofolate deformylase  39.21 
 
 		 296 aa  215  7e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56060  formyltetrahydrofolate deformylase  39.72 
 
 		 283 aa  215  7e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1192  formyltetrahydrofolate deformylase  38.95 
 
 		 283 aa  215  8e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2236  formyltetrahydrofolate deformylase  41.55 
 
 		 288 aa  215  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.0525619 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2012  formyltetrahydrofolate deformylase  41.49 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1052  formyltetrahydrofolate deformylase  41.61 
 
 		 284 aa  214  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000281715  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1977  formyltetrahydrofolate deformylase  41.73 
 
 		 284 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0336  formyltetrahydrofolate deformylase  40.14 
 
 		 287 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02600  formyltetrahydrofolate deformylase  40.07 
 
 		 292 aa  213  1.9999999999999998e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.304695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0375  formyltetrahydrofolate deformylase  40.71 
 
 		 283 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0012  formyltetrahydrofolate deformylase  42.4 
 
 		 284 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.909291 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4314  formyltetrahydrofolate deformylase  39.36 
 
 		 283 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000262425  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4018  formyltetrahydrofolate deformylase  39.36 
 
 		 283 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0329939  normal  0.0297352 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0174  formyltetrahydrofolate deformylase  41.07 
 
 		 287 aa  213  3.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>