More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1008 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_1008  tRNA nucleotidyltransferase/formyltetrahydrofolate deformylase  100 
 
 
644 aa  1305    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00246463  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1222  polyA polymerase family protein  59.51 
 
 
372 aa  425  1e-117  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0810  polyA polymerase family protein  58.97 
 
 
372 aa  420  1e-116  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.101557  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0811  formyltetrahydrofolate deformylase  74.17 
 
 
274 aa  421  1e-116  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.245806  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0881  formyltetrahydrofolate deformylase  73.43 
 
 
274 aa  416  9.999999999999999e-116  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1220  formyltetrahydrofolate deformylase  73.43 
 
 
274 aa  416  9.999999999999999e-116  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0880  polyA polymerase family protein  59.59 
 
 
343 aa  400  9.999999999999999e-111  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1512  formyltetrahydrofolate deformylase  67.75 
 
 
280 aa  394  1e-108  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000338325  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1370  formyltetrahydrofolate deformylase  65.95 
 
 
317 aa  381  1e-104  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1249  formyltetrahydrofolate deformylase  64.52 
 
 
279 aa  377  1e-103  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0822  formyltetrahydrofolate deformylase  63.5 
 
 
276 aa  359  8e-98  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.837326  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01373  formyltetrahydrofolate deformylase  52.71 
 
 
277 aa  323  8e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3669  formyltetrahydrofolate deformylase  57.52 
 
 
269 aa  321  3e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0400805  normal  0.143987 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3286  formyltetrahydrofolate deformylase  54.51 
 
 
277 aa  320  7e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647235  hitchhiker  0.00001604 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004096  formyltetrahydrofolate deformylase  51.99 
 
 
277 aa  319  1e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0262931  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1134  formyltetrahydrofolate deformylase  53.41 
 
 
281 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.409656  normal  0.540867 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1577  formyltetrahydrofolate deformylase  51.99 
 
 
277 aa  314  2.9999999999999996e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.200981  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3166  formyltetrahydrofolate deformylase  52.35 
 
 
277 aa  313  6.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1265  formyltetrahydrofolate deformylase  51.58 
 
 
290 aa  311  2e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.90141  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1098  formyltetrahydrofolate deformylase  53.24 
 
 
278 aa  310  4e-83  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.13372  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2277  formyltetrahydrofolate deformylase  49.65 
 
 
282 aa  310  5e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.262231  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2647  formyltetrahydrofolate deformylase  53.85 
 
 
300 aa  310  5e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2714  formyltetrahydrofolate deformylase  53.85 
 
 
300 aa  310  5e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2821  formyltetrahydrofolate deformylase  53.85 
 
 
300 aa  310  5e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1343  formyltetrahydrofolate deformylase  53.85 
 
 
316 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1976  formyltetrahydrofolate deformylase  49.65 
 
 
282 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1476  formyltetrahydrofolate deformylase  53.85 
 
 
288 aa  309  8e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1440  formyltetrahydrofolate deformylase  53.85 
 
 
288 aa  309  8e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1445  formyltetrahydrofolate deformylase  53.85 
 
 
288 aa  309  9e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2907  formyltetrahydrofolate deformylase  53.85 
 
 
291 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.520596 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0912  formyltetrahydrofolate deformylase  51.99 
 
 
277 aa  308  2.0000000000000002e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1962  formyltetrahydrofolate deformylase  50 
 
 
282 aa  307  4.0000000000000004e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1102  formyltetrahydrofolate deformylase  52.35 
 
 
278 aa  307  4.0000000000000004e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.198189  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1624  formyltetrahydrofolate deformylase  53.36 
 
 
271 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01208  formyltetrahydrofolate deformylase  50.54 
 
 
280 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.673887  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1717  formyltetrahydrofolate deformylase  50.54 
 
 
280 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0183504  normal  0.737156 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1340  formyltetrahydrofolate deformylase  50.54 
 
 
280 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00174787  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2395  formyltetrahydrofolate deformylase  50.54 
 
 
280 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000016766 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01218  hypothetical protein  50.54 
 
 
280 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.534807  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1909  formyltetrahydrofolate deformylase  50.54 
 
 
280 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0165731  normal  0.142161 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1381  formyltetrahydrofolate deformylase  50.54 
 
 
280 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0534896  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2311  formyltetrahydrofolate deformylase  49.46 
 
 
280 aa  303  6.000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2417  formyltetrahydrofolate deformylase  50.18 
 
 
280 aa  303  7.000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000875082  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1397  formyltetrahydrofolate deformylase  50.54 
 
 
280 aa  303  8.000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1261  polyA polymerase family protein  42.44 
 
 
382 aa  302  1e-80  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1549  formyltetrahydrofolate deformylase  52.5 
 
 
285 aa  302  1e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2713  formyltetrahydrofolate deformylase  48.58 
 
 
282 aa  301  2e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.775319  hitchhiker  0.00024588 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2204  formyltetrahydrofolate deformylase  47.87 
 
 
283 aa  301  2e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1946  formyltetrahydrofolate deformylase  49.46 
 
 
280 aa  301  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1883  formyltetrahydrofolate deformylase  49.46 
 
 
280 aa  301  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.26854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1889  formyltetrahydrofolate deformylase  49.46 
 
 
280 aa  301  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.291619 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1572  formyltetrahydrofolate deformylase  49.46 
 
 
280 aa  301  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5699  formyltetrahydrofolate deformylase  51.16 
 
 
306 aa  300  4e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.657774 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1389  formyltetrahydrofolate deformylase  49.46 
 
 
280 aa  300  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.336408  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1368  polyA polymerase family protein  41.38 
 
 
383 aa  298  2e-79  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0039  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase family protein  41.83 
 
 
390 aa  297  5e-79  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.607631  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1971  formyltetrahydrofolate deformylase  47.87 
 
 
282 aa  296  7e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0499985  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0786  formyltetrahydrofolate deformylase  50.55 
 
 
278 aa  296  7e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2080  formyltetrahydrofolate deformylase  47.87 
 
 
282 aa  296  9e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0789639  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2334  formyltetrahydrofolate deformylase  47.87 
 
 
282 aa  296  9e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000680969  normal  0.0350893 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2640  formyltetrahydrofolate deformylase  50.54 
 
 
277 aa  294  4e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.200065  normal  0.516834 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3078  formyltetrahydrofolate deformylase  50.92 
 
 
274 aa  292  1e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1017  polyA polymerase family protein  41.36 
 
 
368 aa  271  2.9999999999999997e-71  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0316507  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3999  formyltetrahydrofolate deformylase  46.15 
 
 
274 aa  263  6.999999999999999e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1513  Polynucleotide adenylyltransferase region  40.33 
 
 
375 aa  260  6e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00235164  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1237  formyltetrahydrofolate deformylase  44.29 
 
 
284 aa  225  2e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.144683  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0375  formyltetrahydrofolate deformylase  42.96 
 
 
283 aa  225  2e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2012  formyltetrahydrofolate deformylase  42.5 
 
 
287 aa  222  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0750038 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1023  formyltetrahydrofolate deformylase  43.94 
 
 
284 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.124115  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1052  formyltetrahydrofolate deformylase  43.6 
 
 
284 aa  221  3e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000281715  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0638  formyltetrahydrofolate deformylase  41.46 
 
 
287 aa  221  3.9999999999999997e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0467  formyltetrahydrofolate deformylase  40.77 
 
 
293 aa  221  3.9999999999999997e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2051  formyltetrahydrofolate deformylase  42.45 
 
 
285 aa  221  3.9999999999999997e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000424508  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0012  formyltetrahydrofolate deformylase  43.82 
 
 
284 aa  221  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.909291 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00495  formyltetrahydrofolate deformylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G11620)  37.28 
 
 
289 aa  219  1e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.39908  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1631  formyltetrahydrofolate deformylase  41.67 
 
 
300 aa  219  1e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043119  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1192  formyltetrahydrofolate deformylase  38.46 
 
 
283 aa  219  1e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1488  formyltetrahydrofolate deformylase  39.02 
 
 
296 aa  218  2e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.973322  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1100  formyltetrahydrofolate deformylase  38.11 
 
 
283 aa  218  2.9999999999999998e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.862849  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2543  formyltetrahydrofolate deformylase  39.39 
 
 
300 aa  217  5e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0692  formyltetrahydrofolate deformylase  41.79 
 
 
288 aa  217  5e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2073  formyltetrahydrofolate deformylase  38.33 
 
 
288 aa  216  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0345334  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2199  formyltetrahydrofolate deformylase  41.73 
 
 
288 aa  216  9.999999999999999e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1008  formyltetrahydrofolate deformylase  41.34 
 
 
284 aa  215  1.9999999999999998e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.394277  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1789  formyltetrahydrofolate deformylase  41.49 
 
 
309 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00390951  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1020  formyltetrahydrofolate deformylase  41.22 
 
 
284 aa  214  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0323  formyltetrahydrofolate deformylase  41.79 
 
 
286 aa  214  3.9999999999999995e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0213  formyltetrahydrofolate deformylase  38.08 
 
 
283 aa  213  9e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.543031 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0174  formyltetrahydrofolate deformylase  40.07 
 
 
287 aa  211  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2419  formyltetrahydrofolate deformylase  40.78 
 
 
287 aa  210  7e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1695  formyltetrahydrofolate deformylase  38.31 
 
 
295 aa  207  4e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0684131  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0411  formyltetrahydrofolate deformylase  36.52 
 
 
295 aa  207  5e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.789305  normal  0.762078 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1522  formyltetrahydrofolate deformylase  39.15 
 
 
287 aa  206  1e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2544  formyltetrahydrofolate deformylase  37.55 
 
 
282 aa  205  2e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.553017  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2971  formyltetrahydrofolate deformylase  39.01 
 
 
294 aa  205  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.266607 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0127  formyltetrahydrofolate deformylase  34.74 
 
 
282 aa  205  2e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.236113  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7341  formyltetrahydrofolate deformylase  36.88 
 
 
284 aa  204  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0997377  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0486  formyltetrahydrofolate deformylase  38.49 
 
 
284 aa  205  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1977  formyltetrahydrofolate deformylase  38.79 
 
 
284 aa  204  4e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2326  formyltetrahydrofolate deformylase  37.46 
 
 
284 aa  204  4e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>