More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1624 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1624  formyltetrahydrofolate deformylase  100 
 
 
271 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2821  formyltetrahydrofolate deformylase  97.42 
 
 
300 aa  550  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2647  formyltetrahydrofolate deformylase  97.05 
 
 
300 aa  549  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2714  formyltetrahydrofolate deformylase  97.05 
 
 
300 aa  548  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1445  formyltetrahydrofolate deformylase  93.36 
 
 
288 aa  530  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1440  formyltetrahydrofolate deformylase  93.36 
 
 
288 aa  530  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1476  formyltetrahydrofolate deformylase  93.36 
 
 
288 aa  530  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2907  formyltetrahydrofolate deformylase  92.99 
 
 
291 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.520596 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1343  formyltetrahydrofolate deformylase  92.99 
 
 
316 aa  528  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1265  formyltetrahydrofolate deformylase  78.97 
 
 
290 aa  455  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.90141  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1549  formyltetrahydrofolate deformylase  79.34 
 
 
285 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3166  formyltetrahydrofolate deformylase  75.65 
 
 
277 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3286  formyltetrahydrofolate deformylase  75.65 
 
 
277 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647235  hitchhiker  0.00001604 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1134  formyltetrahydrofolate deformylase  77.86 
 
 
281 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.409656  normal  0.540867 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2640  formyltetrahydrofolate deformylase  76.75 
 
 
277 aa  427  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.200065  normal  0.516834 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1577  formyltetrahydrofolate deformylase  70.11 
 
 
277 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.200981  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1102  formyltetrahydrofolate deformylase  67.9 
 
 
278 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.198189  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2277  formyltetrahydrofolate deformylase  68.52 
 
 
282 aa  395  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.262231  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1976  formyltetrahydrofolate deformylase  68.89 
 
 
282 aa  397  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0912  formyltetrahydrofolate deformylase  67.16 
 
 
277 aa  396  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2204  formyltetrahydrofolate deformylase  68.89 
 
 
283 aa  397  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01208  formyltetrahydrofolate deformylase  68.52 
 
 
280 aa  391  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.673887  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2417  formyltetrahydrofolate deformylase  68.52 
 
 
280 aa  390  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000875082  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2713  formyltetrahydrofolate deformylase  68.15 
 
 
282 aa  392  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.775319  hitchhiker  0.00024588 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01373  formyltetrahydrofolate deformylase  67.9 
 
 
277 aa  392  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1909  formyltetrahydrofolate deformylase  68.52 
 
 
280 aa  391  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0165731  normal  0.142161 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1962  formyltetrahydrofolate deformylase  68.89 
 
 
282 aa  392  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1340  formyltetrahydrofolate deformylase  68.52 
 
 
280 aa  391  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00174787  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1971  formyltetrahydrofolate deformylase  68.52 
 
 
282 aa  391  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0499985  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2395  formyltetrahydrofolate deformylase  68.52 
 
 
280 aa  391  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000016766 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01218  hypothetical protein  68.52 
 
 
280 aa  391  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.534807  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1717  formyltetrahydrofolate deformylase  68.15 
 
 
280 aa  390  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0183504  normal  0.737156 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1397  formyltetrahydrofolate deformylase  68.15 
 
 
280 aa  389  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2334  formyltetrahydrofolate deformylase  68.52 
 
 
282 aa  390  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000680969  normal  0.0350893 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2080  formyltetrahydrofolate deformylase  68.52 
 
 
282 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0789639  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1381  formyltetrahydrofolate deformylase  68.15 
 
 
280 aa  389  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0534896  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004096  formyltetrahydrofolate deformylase  66.79 
 
 
277 aa  387  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0262931  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0786  formyltetrahydrofolate deformylase  66.79 
 
 
278 aa  384  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1883  formyltetrahydrofolate deformylase  66.67 
 
 
280 aa  381  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.26854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1889  formyltetrahydrofolate deformylase  66.67 
 
 
280 aa  381  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.291619 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1946  formyltetrahydrofolate deformylase  66.67 
 
 
280 aa  381  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1572  formyltetrahydrofolate deformylase  66.67 
 
 
280 aa  381  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2311  formyltetrahydrofolate deformylase  65.93 
 
 
280 aa  379  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1389  formyltetrahydrofolate deformylase  66.3 
 
 
280 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.336408  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3078  formyltetrahydrofolate deformylase  58.82 
 
 
274 aa  325  4.0000000000000003e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1512  formyltetrahydrofolate deformylase  57.25 
 
 
280 aa  322  4e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000338325  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1370  formyltetrahydrofolate deformylase  56.72 
 
 
317 aa  317  1e-85  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5699  formyltetrahydrofolate deformylase  54.03 
 
 
306 aa  309  2.9999999999999997e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.657774 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1008  tRNA nucleotidyltransferase/formyltetrahydrofolate deformylase  53.36 
 
 
644 aa  305  4.0000000000000004e-82  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00246463  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0811  formyltetrahydrofolate deformylase  54.89 
 
 
274 aa  305  7e-82  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.245806  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0881  formyltetrahydrofolate deformylase  54.89 
 
 
274 aa  304  8.000000000000001e-82  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3669  formyltetrahydrofolate deformylase  55.76 
 
 
269 aa  305  8.000000000000001e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0400805  normal  0.143987 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0822  formyltetrahydrofolate deformylase  53.9 
 
 
276 aa  301  6.000000000000001e-81  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.837326  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1249  formyltetrahydrofolate deformylase  53.14 
 
 
279 aa  299  3e-80  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1220  formyltetrahydrofolate deformylase  53.16 
 
 
274 aa  298  5e-80  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3999  formyltetrahydrofolate deformylase  50.37 
 
 
274 aa  290  2e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1098  formyltetrahydrofolate deformylase  50.37 
 
 
278 aa  290  2e-77  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.13372  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1631  formyltetrahydrofolate deformylase  42.35 
 
 
300 aa  226  2e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043119  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0584  formyltetrahydrofolate deformylase  43.37 
 
 
291 aa  225  8e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2543  formyltetrahydrofolate deformylase  43.11 
 
 
300 aa  221  7e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2326  formyltetrahydrofolate deformylase  41.97 
 
 
284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5200  formyltetrahydrofolate deformylase  42.22 
 
 
281 aa  219  3.9999999999999997e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.569737 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0523  formyltetrahydrofolate deformylase  41.45 
 
 
289 aa  218  7.999999999999999e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2051  formyltetrahydrofolate deformylase  42.96 
 
 
285 aa  217  1e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000424508  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0174  formyltetrahydrofolate deformylase  41.39 
 
 
287 aa  216  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1837  formyltetrahydrofolate deformylase  43.27 
 
 
290 aa  216  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.457824  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4436  formyltetrahydrofolate deformylase  41.76 
 
 
282 aa  215  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00849533  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1352  formyltetrahydrofolate deformylase  42.28 
 
 
282 aa  215  5e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000782528  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4882  formyltetrahydrofolate deformylase  41.88 
 
 
283 aa  215  5e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0323  formyltetrahydrofolate deformylase  43.17 
 
 
286 aa  215  5e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0154  formyltetrahydrofolate deformylase  40.66 
 
 
283 aa  215  5.9999999999999996e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00603763  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1008  formyltetrahydrofolate deformylase  42.6 
 
 
284 aa  214  8e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.394277  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1020  formyltetrahydrofolate deformylase  40.66 
 
 
284 aa  215  8e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1052  formyltetrahydrofolate deformylase  40.51 
 
 
284 aa  214  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000281715  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2603  formyltetrahydrofolate deformylase  41.91 
 
 
294 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426643  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1488  formyltetrahydrofolate deformylase  42.18 
 
 
296 aa  214  9.999999999999999e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.973322  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0692  formyltetrahydrofolate deformylase  40.22 
 
 
288 aa  214  9.999999999999999e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0056  formyltetrahydrofolate deformylase  41.97 
 
 
289 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.333172  normal  0.573023 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0375  formyltetrahydrofolate deformylase  42.39 
 
 
283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56060  formyltetrahydrofolate deformylase  41.52 
 
 
283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5913  formyltetrahydrofolate deformylase  40.94 
 
 
296 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.779943  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2012  formyltetrahydrofolate deformylase  39.43 
 
 
287 aa  212  4.9999999999999996e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0750038 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0944  formyltetrahydrofolate deformylase  41.54 
 
 
294 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02600  formyltetrahydrofolate deformylase  39.64 
 
 
292 aa  212  4.9999999999999996e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.304695  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2073  formyltetrahydrofolate deformylase  39.86 
 
 
288 aa  212  5.999999999999999e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0345334  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0786  formyltetrahydrofolate deformylase  40.94 
 
 
316 aa  211  7e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1023  formyltetrahydrofolate deformylase  40.36 
 
 
284 aa  211  1e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.124115  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1237  formyltetrahydrofolate deformylase  40 
 
 
284 aa  210  2e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.144683  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3654  formyltetrahydrofolate deformylase  41.94 
 
 
290 aa  210  2e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0336  formyltetrahydrofolate deformylase  41.61 
 
 
287 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0189  formyltetrahydrofolate deformylase  38.55 
 
 
284 aa  210  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00979575 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4314  formyltetrahydrofolate deformylase  41.52 
 
 
283 aa  209  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000262425  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2613  formyltetrahydrofolate deformylase  42.03 
 
 
294 aa  209  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.705504  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4904  formyltetrahydrofolate deformylase  42.03 
 
 
294 aa  209  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.500086 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00495  formyltetrahydrofolate deformylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G11620)  38.6 
 
 
289 aa  209  4e-53  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.39908  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4033  formyltetrahydrofolate deformylase  41.61 
 
 
287 aa  209  4e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.971472  hitchhiker  0.00329385 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1795  formyltetrahydrofolate deformylase  41.13 
 
 
286 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4018  formyltetrahydrofolate deformylase  41.52 
 
 
283 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0329939  normal  0.0297352 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2012  formyltetrahydrofolate deformylase  40.64 
 
 
299 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6765  formyltetrahydrofolate deformylase  40.86 
 
 
291 aa  209  4e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>