More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1549 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1549  formyltetrahydrofolate deformylase  100 
 
 		 285 aa  588  1e-167  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1265  formyltetrahydrofolate deformylase  83.09 
 
 		 290 aa  484  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.90141  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1476  formyltetrahydrofolate deformylase  78.91 
 
 		 288 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1445  formyltetrahydrofolate deformylase  78.91 
 
 		 288 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1440  formyltetrahydrofolate deformylase  78.91 
 
 		 288 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2647  formyltetrahydrofolate deformylase  80.36 
 
 		 300 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2714  formyltetrahydrofolate deformylase  80.36 
 
 		 300 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2907  formyltetrahydrofolate deformylase  78.91 
 
 		 291 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.520596 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2821  formyltetrahydrofolate deformylase  80.36 
 
 		 300 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1343  formyltetrahydrofolate deformylase  80 
 
 		 316 aa  461  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1624  formyltetrahydrofolate deformylase  79.34 
 
 		 271 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3286  formyltetrahydrofolate deformylase  75.27 
 
 		 277 aa  448  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647235  hitchhiker  0.00001604 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3166  formyltetrahydrofolate deformylase  75.27 
 
 		 277 aa  449  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1134  formyltetrahydrofolate deformylase  75.89 
 
 		 281 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.409656  normal  0.540867 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2640  formyltetrahydrofolate deformylase  76 
 
 		 277 aa  421  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.200065  normal  0.516834 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1976  formyltetrahydrofolate deformylase  65.25 
 
 		 282 aa  395  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1577  formyltetrahydrofolate deformylase  68.73 
 
 		 277 aa  397  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.200981  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1971  formyltetrahydrofolate deformylase  65.59 
 
 		 282 aa  394  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0499985  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1962  formyltetrahydrofolate deformylase  64.54 
 
 		 282 aa  391  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0912  formyltetrahydrofolate deformylase  65.45 
 
 		 277 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2334  formyltetrahydrofolate deformylase  65.59 
 
 		 282 aa  394  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000680969  normal  0.0350893 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2277  formyltetrahydrofolate deformylase  64.89 
 
 		 282 aa  393  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.262231  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2080  formyltetrahydrofolate deformylase  65.59 
 
 		 282 aa  394  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0789639  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01373  formyltetrahydrofolate deformylase  66.55 
 
 		 277 aa  391  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01208  formyltetrahydrofolate deformylase  66.18 
 
 		 280 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.673887  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2417  formyltetrahydrofolate deformylase  66.18 
 
 		 280 aa  390  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000875082  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2204  formyltetrahydrofolate deformylase  63.83 
 
 		 283 aa  390  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2713  formyltetrahydrofolate deformylase  65.59 
 
 		 282 aa  388  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.775319  hitchhiker  0.00024588 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01218  hypothetical protein  66.18 
 
 		 280 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.534807  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1381  formyltetrahydrofolate deformylase  65.82 
 
 		 280 aa  389  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0534896  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1717  formyltetrahydrofolate deformylase  66.18 
 
 		 280 aa  390  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0183504  normal  0.737156 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1340  formyltetrahydrofolate deformylase  66.18 
 
 		 280 aa  390  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00174787  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2395  formyltetrahydrofolate deformylase  66.18 
 
 		 280 aa  390  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000016766 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1909  formyltetrahydrofolate deformylase  66.18 
 
 		 280 aa  390  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0165731  normal  0.142161 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1397  formyltetrahydrofolate deformylase  65.82 
 
 		 280 aa  388  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1102  formyltetrahydrofolate deformylase  64.36 
 
 		 278 aa  388  1e-107  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.198189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004096  formyltetrahydrofolate deformylase  65.82 
 
 		 277 aa  386  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0262931  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1946  formyltetrahydrofolate deformylase  64 
 
 		 280 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1889  formyltetrahydrofolate deformylase  64 
 
 		 280 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.291619 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1883  formyltetrahydrofolate deformylase  64 
 
 		 280 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.26854 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1389  formyltetrahydrofolate deformylase  63.64 
 
 		 280 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.336408  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1572  formyltetrahydrofolate deformylase  64 
 
 		 280 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2311  formyltetrahydrofolate deformylase  63.27 
 
 		 280 aa  376  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0786  formyltetrahydrofolate deformylase  63.87 
 
 		 278 aa  374  1e-102  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1512  formyltetrahydrofolate deformylase  57.51 
 
 		 280 aa  327  2.0000000000000001e-88  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000338325  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3078  formyltetrahydrofolate deformylase  58.39 
 
 		 274 aa  322  3e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5699  formyltetrahydrofolate deformylase  53.97 
 
 		 306 aa  319  3e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.657774 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1370  formyltetrahydrofolate deformylase  53.33 
 
 		 317 aa  310  2.9999999999999997e-83  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3669  formyltetrahydrofolate deformylase  56.51 
 
 		 269 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0400805  normal  0.143987 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1008  tRNA nucleotidyltransferase/formyltetrahydrofolate deformylase  52.5 
 
 		 644 aa  301  6.000000000000001e-81  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00246463  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0811  formyltetrahydrofolate deformylase  54.14 
 
 		 274 aa  299  4e-80  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.245806  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0881  formyltetrahydrofolate deformylase  54.14 
 
 		 274 aa  298  8e-80  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0822  formyltetrahydrofolate deformylase  54.58 
 
 		 276 aa  296  2e-79  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.837326  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1220  formyltetrahydrofolate deformylase  52.42 
 
 		 274 aa  293  3e-78  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1098  formyltetrahydrofolate deformylase  51.28 
 
 		 278 aa  291  9e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.13372  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1249  formyltetrahydrofolate deformylase  51.64 
 
 		 279 aa  288  5.0000000000000004e-77  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3999  formyltetrahydrofolate deformylase  49.82 
 
 		 274 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0523  formyltetrahydrofolate deformylase  44.84 
 
 		 289 aa  235  5.0000000000000005e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1631  formyltetrahydrofolate deformylase  41.61 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043119  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0323  formyltetrahydrofolate deformylase  45.55 
 
 		 286 aa  227  2e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00495  formyltetrahydrofolate deformylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G11620)  41.75 
 
 		 289 aa  226  4e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.39908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7341  formyltetrahydrofolate deformylase  42.55 
 
 		 284 aa  225  7e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0997377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2543  formyltetrahydrofolate deformylase  42.96 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4112  formyltetrahydrofolate deformylase  42.35 
 
 		 289 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0375  formyltetrahydrofolate deformylase  43.68 
 
 		 283 aa  224  2e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6765  formyltetrahydrofolate deformylase  40 
 
 		 291 aa  222  4.9999999999999996e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02600  formyltetrahydrofolate deformylase  42.76 
 
 		 292 aa  221  8e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.304695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0786  formyltetrahydrofolate deformylase  41.7 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2051  formyltetrahydrofolate deformylase  42.24 
 
 		 285 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000424508  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1522  formyltetrahydrofolate deformylase  41.99 
 
 		 287 aa  220  1.9999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0606  formyltetrahydrofolate deformylase  41.64 
 
 		 289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930988 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4314  formyltetrahydrofolate deformylase  41.88 
 
 		 283 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000262425  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4018  formyltetrahydrofolate deformylase  41.88 
 
 		 283 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0329939  normal  0.0297352 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0556  formyltetrahydrofolate deformylase  43.77 
 
 		 297 aa  219  3e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1008  formyltetrahydrofolate deformylase  43.68 
 
 		 284 aa  218  6e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.394277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0336  formyltetrahydrofolate deformylase  40.86 
 
 		 287 aa  218  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2073  formyltetrahydrofolate deformylase  40.28 
 
 		 288 aa  218  7e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0345334  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0056  formyltetrahydrofolate deformylase  42.86 
 
 		 289 aa  218  7.999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.333172  normal  0.573023 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1789  formyltetrahydrofolate deformylase  41.7 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00390951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0174  formyltetrahydrofolate deformylase  40.71 
 
 		 287 aa  217  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1352  formyltetrahydrofolate deformylase  42.03 
 
 		 282 aa  218  1e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000782528  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3590  formyltetrahydrofolate deformylase  40.57 
 
 		 298 aa  217  1e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1591  formyltetrahydrofolate deformylase  41.94 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1693  formyltetrahydrofolate deformylase  41.73 
 
 		 290 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2012  formyltetrahydrofolate deformylase  40.36 
 
 		 287 aa  217  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0750038 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0584  formyltetrahydrofolate deformylase  39.72 
 
 		 291 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1192  formyltetrahydrofolate deformylase  41.28 
 
 		 283 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0213  formyltetrahydrofolate deformylase  41.99 
 
 		 283 aa  216  4e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.543031 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0154  formyltetrahydrofolate deformylase  41.07 
 
 		 283 aa  216  4e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00603763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1837  formyltetrahydrofolate deformylase  42.5 
 
 		 290 aa  216  5e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.457824  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0638  formyltetrahydrofolate deformylase  40.43 
 
 		 287 aa  215  5.9999999999999996e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1020  formyltetrahydrofolate deformylase  41.16 
 
 		 284 aa  215  9e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0012  formyltetrahydrofolate deformylase  42.81 
 
 		 284 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.909291 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3654  formyltetrahydrofolate deformylase  41.11 
 
 		 290 aa  214  9.999999999999999e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1110  formyltetrahydrofolate deformylase  40.71 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344472  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2356  formyltetrahydrofolate deformylase  42.81 
 
 		 285 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2012  formyltetrahydrofolate deformylase  40.97 
 
 		 299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0127  formyltetrahydrofolate deformylase  39.64 
 
 		 282 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.236113  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2419  formyltetrahydrofolate deformylase  41.92 
 
 		 287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2326  formyltetrahydrofolate deformylase  41.05 
 
 		 284 aa  213  2.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>