206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1323 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1323  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  100 
 
 		 380 aa  781    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3107  Acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  57.68 
 
 		 379 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3072  hypothetical protein  41 
 
 		 448 aa  193  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0576  AMP-dependent synthetase and ligase  35.19 
 
 		 441 aa  181  2e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0995  AMP-dependent synthetase and ligase  34.89 
 
 		 460 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.537701  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5076  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 		 459 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273302  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1098  AMP-dependent synthetase and ligase  35.51 
 
 		 460 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6525  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 487 aa  150  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6726  AMP-dependent synthetase and ligase  33.95 
 
 		 473 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149024  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1373  AMP-dependent synthetase and ligase  31.95 
 
 		 383 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5054  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 453 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.606706 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4593  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 453 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.158973 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3063  AMP-dependent synthetase and ligase  27.48 
 
 		 446 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.214783  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  25.34 
 
 		 449 aa  84.3  0.000000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.745476  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3791  AMP-dependent synthetase and ligase  27.8 
 
 		 446 aa  84  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.712407  normal  0.636512 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3895  hypothetical protein  25.52 
 
 		 446 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4047  AMP-dependent synthetase and ligase  24.84 
 
 		 447 aa  77  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1127  AMP-dependent synthetase and ligase  25.23 
 
 		 447 aa  76.3  0.0000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3967  AMP-dependent synthetase and ligase  25.23 
 
 		 447 aa  74.7  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.923272  normal  0.0394514 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0813  AMP-dependent synthetase and ligase  24.63 
 
 		 449 aa  74.3  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1255  AMP-dependent synthetase and ligase  24.17 
 
 		 506 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03040  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  24.47 
 
 		 392 aa  62  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0096  AMP-dependent synthetase and ligase  24 
 
 		 527 aa  59.3  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1365  AMP-dependent synthetase and ligase  24.93 
 
 		 477 aa  58.9  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3066  MCP methyltransferase, CheR-type  25 
 
 		 4483 aa  59.3  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1153  AMP-dependent synthetase and ligase  23.88 
 
 		 535 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3419  amino acid adenylation domain protein  24.31 
 
 		 3453 aa  57.8  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2182  hypothetical protein  29.52 
 
 		 459 aa  57.4  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2155  hypothetical protein  29.34 
 
 		 459 aa  56.2  0.0000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2405  AMP-dependent synthetase and ligase  25.47 
 
 		 382 aa  56.2  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618801  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1706  AMP-dependent synthetase and ligase  22.26 
 
 		 381 aa  55.8  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3524  acyl-CoA synthetase  24.76 
 
 		 433 aa  54.7  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.12114  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0073  amino acid adenylation domain protein  24.92 
 
 		 1439 aa  54.7  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.236187  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  24.31 
 
 		 584 aa  53.9  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1871  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  28.57 
 
 		 543 aa  53.5  0.000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.412507  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0940  AMP-dependent synthetase and ligase  24 
 
 		 478 aa  53.5  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  25.33 
 
 		 590 aa  53.5  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  25.33 
 
 		 590 aa  53.5  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4394  acyl-CoA synthetase  29.63 
 
 		 423 aa  53.1  0.000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.812146 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1775  acetate/CoA ligase  29.31 
 
 		 667 aa  53.1  0.000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1959  amino acid adenylation  24.86 
 
 		 2154 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.992857 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1637  acetyl-CoA synthetase  30.17 
 
 		 667 aa  51.6  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.97368 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3207  acetyl-coenzyme A synthetase  28.45 
 
 		 661 aa  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4680  coronafacic acid synthetase, ligase component  31.55 
 
 		 509 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.128923  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08306  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.79 
 
 		 368 aa  50.8  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  24.9 
 
 		 609 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2870  AMP-dependent synthetase and ligase  23.92 
 
 		 520 aa  51.2  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2910  AMP-dependent synthetase and ligase  23.56 
 
 		 477 aa  50.8  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  22.55 
 
 		 474 aa  50.8  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0093  AMP-dependent synthetase and ligase  23.33 
 
 		 510 aa  50.8  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0504  acetyl-CoA synthetase  30.17 
 
 		 664 aa  50.4  0.00005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1685  acetyl-CoA synthetase  30.17 
 
 		 666 aa  50.4  0.00005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0111  AMP-dependent synthetase and ligase  24.86 
 
 		 526 aa  50.4  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.471366  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1967  amino acid adenylation domain-containing protein  24.58 
 
 		 1087 aa  50.4  0.00006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0381021 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  24.21 
 
 		 506 aa  50.1  0.00006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2545  AMP-dependent synthetase and ligase  30.82 
 
 		 563 aa  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 550 aa  49.7  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0153885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0951  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  23.29 
 
 		 485 aa  49.7  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0932  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  23.29 
 
 		 485 aa  49.7  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.210053  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4018  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II-like protein  24.7 
 
 		 391 aa  49.7  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.443755  normal  0.0433462 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0597  acetyl-CoA synthetase  29.31 
 
 		 657 aa  49.7  0.00009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3367  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 550 aa  49.7  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5000  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 550 aa  49.7  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.106517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0952  AMP-dependent synthetase and ligase  23.75 
 
 		 478 aa  49.3  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1408  putative ortho-succinylbenzoate-CoA synthetase  25.49 
 
 		 391 aa  49.3  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0495  putative methyltransferase  43.86 
 
 		 798 aa  49.3  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.722631  normal  0.300307 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0550  acetyl-CoA synthetase  29.31 
 
 		 667 aa  49.3  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0200961  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2704  AMP-dependent synthetase and ligase  24.22 
 
 		 545 aa  48.9  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00711  acetyl-coenzyme A synthetase (Acetate--CoA ligase) (Acyl-activating enzyme)  29.57 
 
 		 648 aa  48.5  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4056  IucA/IucC family protein  31.62 
 
 		 998 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.88864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3703  acetyl-coenzyme A synthetase  28.21 
 
 		 645 aa  48.9  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.963682 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3562  peptide synthase  23.31 
 
 		 4317 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  23.23 
 
 		 451 aa  48.5  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5720  AMP-dependent synthetase and ligase  23.74 
 
 		 490 aa  48.1  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.788062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1874  amino acid adenylation domain-containing protein  25.34 
 
 		 1553 aa  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2300  acyl-CoA synthetase  28.47 
 
 		 423 aa  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1846  peptide synthase  24 
 
 		 4502 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  23.19 
 
 		 427 aa  47.8  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0664  acetyl-CoA synthetase  28.45 
 
 		 667 aa  47.8  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0401  acetate--CoA ligase  26.72 
 
 		 661 aa  47.8  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1494  amino acid adenylation domain protein  24.79 
 
 		 2846 aa  47.8  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0528  AMP-dependent synthetase and ligase  24.48 
 
 		 366 aa  47.8  0.0004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0161843 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34530  acetyl-CoA synthetase  29.31 
 
 		 653 aa  47.8  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3520  acetyl-coenzyme A synthetase  26.96 
 
 		 652 aa  47.8  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.877944  normal  0.990981 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2378  amino acid adenylation domain protein  33.33 
 
 		 3695 aa  47  0.0005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3761  IucA/IucC family protein  30.88 
 
 		 998 aa  47.4  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0951466 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1968  amino acid adenylation domain-containing protein  22.13 
 
 		 3639 aa  47  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00734125 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0267  long-chain fatty-acid-CoA ligase  23.08 
 
 		 492 aa  46.6  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.250834 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3504  AMP-dependent synthetase and ligase  27.19 
 
 		 475 aa  46.6  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0132298 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0865  acetyl-coenzyme A synthetase  27.83 
 
 		 649 aa  46.6  0.0008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4213  acetate--CoA ligase  27.35 
 
 		 651 aa  46.6  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.169041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4550  acetate--CoA ligase  27.35 
 
 		 651 aa  46.6  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1958  non-ribosomal peptide synthase:amino acid adenylation  24.22 
 
 		 2666 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.815513 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1140  acetate/CoA ligase  31.03 
 
 		 665 aa  45.8  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1748  acetate/CoA ligase  30 
 
 		 682 aa  46.2  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.131067  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2044  acetyl-CoA synthetase  28.7 
 
 		 651 aa  45.8  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.408247  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4735  AMP-dependent synthetase and ligase  23.02 
 
 		 509 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.660645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3103  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 		 562 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0304891 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1774  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.93 
 
 		 528 aa  46.2  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2652  acetyl-CoA synthetase  30.1 
 
 		 654 aa  45.8  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.822271  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>