More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4394 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2300  acyl-CoA synthetase  80.05 
 
 		 423 aa  692    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4394  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 423 aa  857    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.812146 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2630  acyl-CoA synthetase  73.67 
 
 		 421 aa  628  1e-179  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.261373  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4056  IucA/IucC family protein  60.05 
 
 		 998 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.88864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4017  IucA/IucC family protein  61.48 
 
 		 991 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0297482  normal  0.327782 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3761  IucA/IucC family protein  59.33 
 
 		 998 aa  487  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0951466 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3524  acyl-CoA synthetase  43.41 
 
 		 433 aa  333  3e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.12114  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1814  acyl-CoA synthetase  39.95 
 
 		 412 aa  300  4e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0396009  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2018  acyl-CoA synthetase  39.69 
 
 		 412 aa  300  4e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.75082e-44 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1840  acyl-CoA synthetase  39.95 
 
 		 412 aa  299  6e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1983  acyl-CoA synthetase  39.95 
 
 		 412 aa  299  6e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3344  acyl-CoA synthetase  37.59 
 
 		 412 aa  298  1e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.685443  hitchhiker  0.0000000000000207537 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1846  acyl-CoA synthetase  39.27 
 
 		 412 aa  297  2e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.259612  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1985  acyl-CoA synthetase  38.72 
 
 		 412 aa  296  6e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.564699  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1797  acyl-CoA synthetase  39.69 
 
 		 412 aa  294  2e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  27.05 
 
 		 544 aa  108  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  26.98 
 
 		 510 aa  97.8  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4735  AMP-dependent synthetase and ligase  28.49 
 
 		 509 aa  96.3  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.660645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1530  AMP-dependent synthetase and ligase  25.81 
 
 		 522 aa  95.5  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910104 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  25.16 
 
 		 549 aa  94.7  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  25.43 
 
 		 525 aa  93.2  7e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3958  AMP-dependent synthetase and ligase  26.05 
 
 		 707 aa  92  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6735  AMP-dependent synthetase and ligase  28.32 
 
 		 503 aa  91.3  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  26.04 
 
 		 500 aa  90.9  4e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2184  AMP-dependent synthetase and ligase  23.76 
 
 		 493 aa  90.9  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.944129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  22.22 
 
 		 513 aa  90.9  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5617  amino acid adenylation domain-containing protein  21.66 
 
 		 4968 aa  90.1  6e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5833  AMP-dependent synthetase and ligase  28.01 
 
 		 569 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1106  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.45 
 
 		 557 aa  90.1  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1886  pseudouridine synthase, Rsu  25.2 
 
 		 533 aa  89.7  8e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0473  O-succinylbenzoate-CoA ligase  25.08 
 
 		 453 aa  89.7  9e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0829722  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  27.27 
 
 		 487 aa  89.7  9e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4305  AMP-dependent synthetase and ligase  27.03 
 
 		 467 aa  89.7  9e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.315541  normal  0.51495 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  26.8 
 
 		 565 aa  89.7  9e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0518  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.76 
 
 		 557 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.3 
 
 		 499 aa  89  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.847241  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3556  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.89 
 
 		 557 aa  89.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207193  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3563  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.89 
 
 		 557 aa  89.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6761  AMP-dependent synthetase and ligase  29.6 
 
 		 544 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  26.82 
 
 		 555 aa  89.7  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0064  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.76 
 
 		 557 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1867  AMP-dependent synthetase and ligase  26.65 
 
 		 507 aa  89  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3537  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.89 
 
 		 557 aa  89.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0546  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.76 
 
 		 557 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1995  AMP-dependent synthetase and ligase  28.28 
 
 		 541 aa  89.4  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  23.95 
 
 		 490 aa  88.2  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  23.84 
 
 		 492 aa  88.6  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1330  AMP-dependent synthetase and ligase  24.61 
 
 		 502 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.982491 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1557  AMP-dependent synthetase and ligase  29.6 
 
 		 544 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6272  AMP-dependent synthetase and ligase  29.6 
 
 		 544 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.417798  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6769  AMP-dependent synthetase and ligase  25.36 
 
 		 507 aa  87.8  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.147424  normal  0.533441 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2136  AMP-dependent synthetase and ligase  23.46 
 
 		 493 aa  87.8  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5547  AMP-dependent synthetase and ligase  29.19 
 
 		 544 aa  87.4  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.730505 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3220  AMP-binding protein  23.12 
 
 		 500 aa  87.4  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.530837  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3770  acyl-CoA synthetase  30.35 
 
 		 548 aa  87.4  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3473  AMP-binding protein  23.12 
 
 		 488 aa  87.8  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5782  AMP-dependent synthetase and ligase  29.19 
 
 		 544 aa  87.8  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.800296 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2905  AMP-dependent synthetase and ligase  25.41 
 
 		 502 aa  87.8  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.587257 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3439  AMP-binding protein  23.12 
 
 		 500 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.1 
 
 		 557 aa  87  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3482  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.28 
 
 		 557 aa  87.4  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0194948  hitchhiker  0.00229302 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3633  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.48 
 
 		 557 aa  87  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.956552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0200  AMP-dependent synthetase and ligase  28 
 
 		 566 aa  87  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.366303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3758  acyl-CoA synthetase  30.35 
 
 		 548 aa  87  6e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.102214  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3831  acyl-CoA synthetase  30.35 
 
 		 548 aa  87  6e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.948087  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3198  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.82 
 
 		 497 aa  86.7  7e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.335021  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03427  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.15 
 
 		 522 aa  86.7  7e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.831251  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3639  acyl-CoA synthetase  23.19 
 
 		 487 aa  86.7  8e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.56 
 
 		 518 aa  86.7  8e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0770  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  22.67 
 
 		 451 aa  86.7  8e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3821  AMP-dependent synthetase and ligase  27.04 
 
 		 473 aa  86.3  9e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3895  AMP-dependent synthetase and ligase  27.04 
 
 		 473 aa  86.3  9e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.452933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  22.87 
 
 		 521 aa  85.9  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 		 549 aa  85.9  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3807  AMP-dependent synthetase and ligase  27.04 
 
 		 473 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00941755  normal  0.205802 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0100  AMP-dependent synthetase and ligase  24.95 
 
 		 519 aa  85.9  0.000000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5361  AMP-dependent synthetase and ligase  27.38 
 
 		 544 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.521806  normal  0.341711 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.26 
 
 		 518 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  26.35 
 
 		 559 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1894  putative AMP-binding protein  28.1 
 
 		 502 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  27.47 
 
 		 559 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.27 
 
 		 557 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  26.35 
 
 		 559 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0219  long chain fatty acid CoA ligase, putative  22.89 
 
 		 453 aa  84.3  0.000000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3694  AMP-dependent synthetase and ligase  29.46 
 
 		 532 aa  84.7  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.178139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.27 
 
 		 557 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  26.11 
 
 		 503 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.56 
 
 		 557 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0779  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.16 
 
 		 518 aa  84.3  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.746675  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4677  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 		 507 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.65065 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2427  acyl-CoA synthetase  28.2 
 
 		 535 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.206901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0474  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.93 
 
 		 557 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  28.33 
 
 		 561 aa  84.3  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3330  acyl-CoA synthetase  23.19 
 
 		 559 aa  84  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.13397  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2523  AMP-dependent synthetase and ligase  21.82 
 
 		 472 aa  84  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.04 
 
 		 512 aa  84  0.000000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4754  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 		 573 aa  84  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.548745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1052  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.63 
 
 		 518 aa  84  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  26.39 
 
 		 520 aa  84  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1261  AMP-dependent synthetase and ligase  24.01 
 
 		 546 aa  83.6  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0532703  hitchhiker  0.000000308481 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>