More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3103 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2213  AMP-dependent synthetase and ligase  63.27 
 
 		 561 aa  693    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.548227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5727  AMP-dependent synthetase and ligase  71.38 
 
 		 557 aa  807    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0450  acetyl-CoA synthetase, putative  66.67 
 
 		 556 aa  752    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.348474  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2681  putative AMP-binding protein  64.15 
 
 		 555 aa  692    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4371  AMP-dependent synthetase and ligase  64 
 
 		 553 aa  713    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2870  AMP-dependent synthetase and ligase  61.5 
 
 		 554 aa  692    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.267042  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6650  AMP-dependent synthetase and ligase  70.29 
 
 		 555 aa  799    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.187085  normal  0.039348 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3525  AMP-dependent synthetase and ligase  63.54 
 
 		 549 aa  690    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.244199 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3109  AMP-dependent synthetase and ligase  68.44 
 
 		 557 aa  754    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.396684  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6706  AMP-dependent synthetase and ligase  71.43 
 
 		 555 aa  798    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.332078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3458  AMP-dependent synthetase and ligase  63.57 
 
 		 547 aa  695    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0975472  normal  0.641138 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  70.66 
 
 		 555 aa  803    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3103  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 562 aa  1148    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0304891 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1839  AMP-dependent synthetase and ligase  66.54 
 
 		 548 aa  703    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.331932  normal  0.165167 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1601  AMP-dependent synthetase and ligase  70.69 
 
 		 555 aa  788    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605895  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5345  AMP-dependent synthetase and ligase  72.04 
 
 		 555 aa  800    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.526567  normal  0.149632 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2545  AMP-dependent synthetase and ligase  90.93 
 
 		 563 aa  1033    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5971  AMP-dependent synthetase and ligase  71.19 
 
 		 557 aa  804    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31500  putative AMP-binding protein  64.38 
 
 		 555 aa  689    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.555085  hitchhiker  0.0000351198 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2909  AMP-dependent synthetase and ligase  68.83 
 
 		 563 aa  751    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.522952  normal  0.436285 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6230  AMP-dependent synthetase and ligase  70.87 
 
 		 555 aa  791    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0818305 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0821  acetyl-CoA synthetase  47.13 
 
 		 569 aa  499  1e-140  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0325242 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0838  AMP-dependent synthetase and ligase  46.5 
 
 		 573 aa  498  1e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0862  AMP-dependent synthetase and ligase  45.24 
 
 		 554 aa  494  9.999999999999999e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0216269  hitchhiker  0.00000155226 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  43.5 
 
 		 552 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  42.86 
 
 		 552 aa  437  1e-121  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6131  AMP-dependent synthetase and ligase  42.39 
 
 		 557 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0231902 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0083  AMP-dependent synthetase and ligase  44.04 
 
 		 525 aa  402  1e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3983  AMP-dependent synthetase and ligase  42.86 
 
 		 557 aa  387  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3235  AMP-dependent synthetase and ligase  43.8 
 
 		 530 aa  357  2.9999999999999997e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4560  acetyl-CoA synthetase  38.19 
 
 		 572 aa  353  5.9999999999999994e-96  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4915  acetyl-CoA synthetase  38.19 
 
 		 572 aa  353  5.9999999999999994e-96  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4801  acetyl-CoA synthetase  38.01 
 
 		 572 aa  352  8.999999999999999e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0464  acetyl-CoA synthetase  38.19 
 
 		 572 aa  352  1e-95  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000164986 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4780  acetyl-CoA synthetase  38.01 
 
 		 572 aa  352  1e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4493  acetyl-CoA synthetase  38.19 
 
 		 572 aa  351  2e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0711  acetyl-CoA synthetase  38.77 
 
 		 571 aa  351  2e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4775  acetyl-CoA synthetase  38.01 
 
 		 572 aa  350  3e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4411  acetyl-CoA synthetase  38.85 
 
 		 572 aa  349  7e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4394  acetyl-CoA synthetase  37.83 
 
 		 572 aa  349  8e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4797  acetyl-CoA synthetase  37.83 
 
 		 572 aa  349  8e-95  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3335  acetyl-CoA synthetase  38.85 
 
 		 572 aa  348  1e-94  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2729  acetyl-CoA synthetase  39.17 
 
 		 571 aa  348  1e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1788  acetyl-CoA synthetase  38.22 
 
 		 568 aa  343  5e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.373968  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1823  acetyl-CoA synthetase  38.22 
 
 		 568 aa  343  5e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000207861  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2702  AMP-dependent synthetase and ligase  38.11 
 
 		 498 aa  332  1e-89  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0011  AMP-dependent synthetase and ligase  38.17 
 
 		 560 aa  328  2.0000000000000001e-88  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3600  acetyl-CoA synthetase  37.5 
 
 		 584 aa  322  1.9999999999999998e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20370  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  42.89 
 
 		 504 aa  320  3e-86  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0511  acetyl-CoA synthetase  37.54 
 
 		 607 aa  320  5e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1412  acetyl-CoA synthetase  38.5 
 
 		 587 aa  316  7e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1256  hypothetical protein  37.67 
 
 		 563 aa  316  9e-85  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.956309  normal  0.567013 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1061  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 		 595 aa  314  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  36.63 
 
 		 555 aa  311  2e-83  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  36.33 
 
 		 567 aa  311  2e-83  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2597  acetyl-CoA synthetase  37.69 
 
 		 588 aa  311  2.9999999999999997e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0867997  hitchhiker  0.000215379 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  40.23 
 
 		 539 aa  309  6.999999999999999e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.861325  hitchhiker  0.000258347 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 		 552 aa  307  4.0000000000000004e-82  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0992498 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  35.73 
 
 		 571 aa  307  4.0000000000000004e-82  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3465  AMP-dependent synthetase and ligase  37.39 
 
 		 598 aa  306  5.0000000000000004e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.271153  normal  0.1289 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1681  AMP-dependent synthetase and ligase  35.52 
 
 		 555 aa  305  1.0000000000000001e-81  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.89042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0761  acetyl-CoA synthetase  37.5 
 
 		 592 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000550868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2174  acetyl-CoA synthetase  34.52 
 
 		 588 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.181143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1608  acetyl-CoA synthetase  37.23 
 
 		 584 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.281409  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1407  acetyl-CoA synthetase  38.4 
 
 		 598 aa  303  7.000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959258 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0927  acetyl-CoA synthetase  37.23 
 
 		 588 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  35.32 
 
 		 566 aa  302  9e-81  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3568  acetyl-CoA synthetase  36.9 
 
 		 588 aa  301  2e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0207513  normal  0.0354675 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  34.7 
 
 		 571 aa  301  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.67437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4644  acetyl-CoA synthetase  36.9 
 
 		 588 aa  301  2e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.291537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  37.75 
 
 		 576 aa  301  2e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154325  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7028  acetyl-CoA synthetase  37.9 
 
 		 585 aa  298  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.277819 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1097  AMP-dependent synthetase and ligase  33.99 
 
 		 576 aa  296  1e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2753  acetyl-coenzyme A synthetase  38.62 
 
 		 541 aa  295  1e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.522899  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  37.15 
 
 		 537 aa  294  2e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  35.15 
 
 		 616 aa  294  3e-78  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1158  AMP-dependent synthetase and ligase  39.69 
 
 		 544 aa  293  5e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.187529  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0388  acetyl-CoA synthetase  36.84 
 
 		 602 aa  292  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  35.84 
 
 		 586 aa  292  1e-77  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 609 aa  291  2e-77  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 		 539 aa  290  4e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.683359  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1992  AMP-dependent synthetase and ligase  37.43 
 
 		 539 aa  289  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0567  acetate--CoA ligase  33.99 
 
 		 625 aa  288  1e-76  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.749449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1509  acetyl-coenzyme A synthetase  38.74 
 
 		 555 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.611762  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1226  AMP-dependent synthetase and ligase  37.25 
 
 		 539 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2708  acetyl-CoA synthetase  36.53 
 
 		 576 aa  286  7e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.180648  hitchhiker  0.00000972511 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1539  acetyl-CoA synthetase  38.89 
 
 		 541 aa  286  8e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0802  acetyl-coenzyme A synthetase  38.89 
 
 		 555 aa  286  9e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1709  acetyl-coenzyme A synthetase  38.89 
 
 		 541 aa  286  9e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0554  acetyl-coenzyme A synthetase  38.89 
 
 		 541 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0599  acetyl-coenzyme A synthetase  38.89 
 
 		 541 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197066  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1317  acetyl-coenzyme A synthetase  38.89 
 
 		 541 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1141  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 		 522 aa  285  2.0000000000000002e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.41787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0089  acetate/CoA ligase  32.79 
 
 		 626 aa  284  2.0000000000000002e-75  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.191746  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1298  AMP-dependent synthetase and ligase  37.32 
 
 		 539 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.313083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4459  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 		 539 aa  282  9e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3984  AMP-dependent synthetase and ligase  37.11 
 
 		 535 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6789  Acetyl-coenzyme A synthetase  36.48 
 
 		 535 aa  281  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00873195  normal  0.0465133 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0835  AMP-dependent synthetase and ligase  37.61 
 
 		 539 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1316  AMP-dependent synthetase and ligase  37.61 
 
 		 539 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>