More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2213 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2213  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 561 aa  1158    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.548227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2681  putative AMP-binding protein  69.72 
 
 		 555 aa  773    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0450  acetyl-CoA synthetase, putative  58.08 
 
 		 556 aa  660    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.348474  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6706  AMP-dependent synthetase and ligase  62.85 
 
 		 555 aa  684    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.332078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1839  AMP-dependent synthetase and ligase  93.97 
 
 		 548 aa  1061    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.331932  normal  0.165167 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3458  AMP-dependent synthetase and ligase  87 
 
 		 547 aa  979    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0975472  normal  0.641138 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4371  AMP-dependent synthetase and ligase  71.79 
 
 		 553 aa  815    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  62.73 
 
 		 555 aa  681    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2870  AMP-dependent synthetase and ligase  72.68 
 
 		 554 aa  834    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.267042  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2909  AMP-dependent synthetase and ligase  61.22 
 
 		 563 aa  665    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.522952  normal  0.436285 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6650  AMP-dependent synthetase and ligase  61.92 
 
 		 555 aa  675    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.187085  normal  0.039348 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5727  AMP-dependent synthetase and ligase  61.81 
 
 		 557 aa  679    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3109  AMP-dependent synthetase and ligase  59.61 
 
 		 557 aa  660    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.396684  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3525  AMP-dependent synthetase and ligase  98.54 
 
 		 549 aa  1118    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.244199 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5345  AMP-dependent synthetase and ligase  63.15 
 
 		 555 aa  687    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.526567  normal  0.149632 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3103  AMP-dependent synthetase and ligase  63.27 
 
 		 562 aa  693    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0304891 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6230  AMP-dependent synthetase and ligase  62.41 
 
 		 555 aa  684    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0818305 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1601  AMP-dependent synthetase and ligase  62.22 
 
 		 555 aa  679    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605895  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2545  AMP-dependent synthetase and ligase  61.66 
 
 		 563 aa  681    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5971  AMP-dependent synthetase and ligase  61.81 
 
 		 557 aa  677    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31500  putative AMP-binding protein  69.69 
 
 		 555 aa  768    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.555085  hitchhiker  0.0000351198 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0862  AMP-dependent synthetase and ligase  47.03 
 
 		 554 aa  505  1e-141  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0216269  hitchhiker  0.00000155226 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0821  acetyl-CoA synthetase  46.7 
 
 		 569 aa  500  1e-140  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0325242 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0838  AMP-dependent synthetase and ligase  46.29 
 
 		 573 aa  498  1e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  43.4 
 
 		 552 aa  442  1e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  44.1 
 
 		 552 aa  438  1e-121  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0083  AMP-dependent synthetase and ligase  46.23 
 
 		 525 aa  421  1e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6131  AMP-dependent synthetase and ligase  42.72 
 
 		 557 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0231902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3983  AMP-dependent synthetase and ligase  42.99 
 
 		 557 aa  393  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3235  AMP-dependent synthetase and ligase  41.85 
 
 		 530 aa  354  2e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1788  acetyl-CoA synthetase  37.59 
 
 		 568 aa  341  2e-92  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.373968  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1823  acetyl-CoA synthetase  37.59 
 
 		 568 aa  341  2e-92  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000207861  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2729  acetyl-CoA synthetase  37.45 
 
 		 571 aa  340  4e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2702  AMP-dependent synthetase and ligase  39.87 
 
 		 498 aa  339  7e-92  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4801  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4411  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4394  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4797  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4560  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  337  3.9999999999999995e-91  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20370  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  44.26 
 
 		 504 aa  337  3.9999999999999995e-91  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4780  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  337  3.9999999999999995e-91  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4775  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  337  3.9999999999999995e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4915  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  337  3.9999999999999995e-91  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0464  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  337  3.9999999999999995e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000164986 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4493  acetyl-CoA synthetase  37.96 
 
 		 572 aa  335  1e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0711  acetyl-CoA synthetase  37.45 
 
 		 571 aa  333  4e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3335  acetyl-CoA synthetase  37.89 
 
 		 572 aa  332  1e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  38.99 
 
 		 576 aa  326  6e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154325  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0011  AMP-dependent synthetase and ligase  39.62 
 
 		 560 aa  326  7e-88  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1509  acetyl-coenzyme A synthetase  40.12 
 
 		 555 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.611762  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1317  acetyl-coenzyme A synthetase  40.42 
 
 		 541 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0599  acetyl-coenzyme A synthetase  40.42 
 
 		 541 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197066  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1539  acetyl-CoA synthetase  40.42 
 
 		 541 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0554  acetyl-coenzyme A synthetase  40.42 
 
 		 541 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0802  acetyl-coenzyme A synthetase  40.42 
 
 		 555 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1709  acetyl-coenzyme A synthetase  40.42 
 
 		 541 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2753  acetyl-coenzyme A synthetase  39.89 
 
 		 541 aa  319  9e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.522899  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  37.32 
 
 		 566 aa  318  2e-85  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1158  AMP-dependent synthetase and ligase  39.54 
 
 		 544 aa  318  2e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.187529  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2727  AMP-dependent synthetase and ligase  38.93 
 
 		 553 aa  316  6e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2199  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 		 538 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00574882  normal  0.320928 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  36.99 
 
 		 571 aa  312  1e-83  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  38.97 
 
 		 539 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.683359  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1992  AMP-dependent synthetase and ligase  38.86 
 
 		 539 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  36.54 
 
 		 586 aa  306  6e-82  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1226  AMP-dependent synthetase and ligase  38.78 
 
 		 539 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  39.88 
 
 		 539 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.861325  hitchhiker  0.000258347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6789  Acetyl-coenzyme A synthetase  38.27 
 
 		 535 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00873195  normal  0.0465133 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2597  acetyl-CoA synthetase  38 
 
 		 588 aa  303  6.000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0867997  hitchhiker  0.000215379 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  36.28 
 
 		 537 aa  302  1e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1395  putative acetyl-CoA synthetase  37.48 
 
 		 556 aa  301  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.527272 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1298  AMP-dependent synthetase and ligase  38.02 
 
 		 539 aa  301  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.313083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1256  hypothetical protein  35.45 
 
 		 563 aa  301  3e-80  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.956309  normal  0.567013 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3600  acetyl-CoA synthetase  35.2 
 
 		 584 aa  300  4e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1141  AMP-dependent synthetase and ligase  37.12 
 
 		 522 aa  298  1e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.41787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1061  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 		 595 aa  298  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  36.07 
 
 		 555 aa  298  2e-79  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  35.68 
 
 		 609 aa  296  7e-79  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4459  AMP-dependent synthetase and ligase  38.05 
 
 		 539 aa  296  8e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0835  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 		 539 aa  296  9e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1316  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 		 539 aa  296  9e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3568  acetyl-CoA synthetase  36.11 
 
 		 588 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0207513  normal  0.0354675 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7028  acetyl-CoA synthetase  37.62 
 
 		 585 aa  294  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.277819 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4644  acetyl-CoA synthetase  36.11 
 
 		 588 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.291537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0388  acetyl-CoA synthetase  36.4 
 
 		 602 aa  294  3e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1850  AMP-dependent synthetase and ligase  36.3 
 
 		 557 aa  293  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0104238  hitchhiker  0.00000000609851 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 567 aa  293  4e-78  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  34.68 
 
 		 616 aa  293  5e-78  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3465  AMP-dependent synthetase and ligase  37.78 
 
 		 598 aa  293  8e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.271153  normal  0.1289 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0089  acetate/CoA ligase  32.42 
 
 		 626 aa  292  1e-77  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.191746  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1721  acetate--CoA ligase  34.84 
 
 		 629 aa  289  9e-77  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0511  acetyl-CoA synthetase  35.64 
 
 		 607 aa  288  2e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0445  AMP-dependent synthetase and ligase  36.55 
 
 		 562 aa  287  2.9999999999999996e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1137  acetyl-coenzyme A synthetase  35.68 
 
 		 629 aa  287  4e-76  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1097  AMP-dependent synthetase and ligase  32.92 
 
 		 576 aa  286  5e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1412  acetyl-CoA synthetase  36.02 
 
 		 587 aa  286  5e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1407  acetyl-CoA synthetase  35.13 
 
 		 598 aa  286  5.999999999999999e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959258 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0352  acetate--CoA ligase  35.88 
 
 		 629 aa  286  9e-76  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.330071  normal  0.99038 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1587  acetate/CoA ligase  33.16 
 
 		 632 aa  286  9e-76  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.900608  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0761  acetyl-CoA synthetase  35.36 
 
 		 592 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000550868  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>