More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1839 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1839  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 548 aa  1127    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.331932  normal  0.165167 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2213  AMP-dependent synthetase and ligase  93.97 
 
 		 561 aa  1061    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.548227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2545  AMP-dependent synthetase and ligase  62.45 
 
 		 563 aa  689    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0450  acetyl-CoA synthetase, putative  59.45 
 
 		 556 aa  663    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.348474  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6706  AMP-dependent synthetase and ligase  63.7 
 
 		 555 aa  692    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.332078 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4371  AMP-dependent synthetase and ligase  72.63 
 
 		 553 aa  820    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  63.22 
 
 		 555 aa  685    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2870  AMP-dependent synthetase and ligase  71.48 
 
 		 554 aa  823    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.267042  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6650  AMP-dependent synthetase and ligase  62.66 
 
 		 555 aa  681    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.187085  normal  0.039348 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5727  AMP-dependent synthetase and ligase  62.32 
 
 		 557 aa  684    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2681  putative AMP-binding protein  70.64 
 
 		 555 aa  781    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3103  AMP-dependent synthetase and ligase  66.54 
 
 		 562 aa  703    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0304891 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1601  AMP-dependent synthetase and ligase  63.15 
 
 		 555 aa  687    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605895  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3525  AMP-dependent synthetase and ligase  93.97 
 
 		 549 aa  1063    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.244199 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3458  AMP-dependent synthetase and ligase  86.86 
 
 		 547 aa  981    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0975472  normal  0.641138 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6230  AMP-dependent synthetase and ligase  63.33 
 
 		 555 aa  692    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0818305 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3109  AMP-dependent synthetase and ligase  60.26 
 
 		 557 aa  655    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.396684  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5971  AMP-dependent synthetase and ligase  62.32 
 
 		 557 aa  683    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5345  AMP-dependent synthetase and ligase  63.7 
 
 		 555 aa  691    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.526567  normal  0.149632 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31500  putative AMP-binding protein  70.61 
 
 		 555 aa  776    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.555085  hitchhiker  0.0000351198 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2909  AMP-dependent synthetase and ligase  61.97 
 
 		 563 aa  672    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.522952  normal  0.436285 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0821  acetyl-CoA synthetase  47.99 
 
 		 569 aa  519  1e-146  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0325242 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0862  AMP-dependent synthetase and ligase  47.03 
 
 		 554 aa  509  1e-143  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0216269  hitchhiker  0.00000155226 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0838  AMP-dependent synthetase and ligase  46.45 
 
 		 573 aa  506  9.999999999999999e-143  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  43.87 
 
 		 552 aa  448  1.0000000000000001e-124  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  44.7 
 
 		 552 aa  436  1e-121  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0083  AMP-dependent synthetase and ligase  45.74 
 
 		 525 aa  419  1e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6131  AMP-dependent synthetase and ligase  42.99 
 
 		 557 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0231902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3983  AMP-dependent synthetase and ligase  42.5 
 
 		 557 aa  390  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3235  AMP-dependent synthetase and ligase  42.11 
 
 		 530 aa  353  4e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2729  acetyl-CoA synthetase  37.68 
 
 		 571 aa  347  4e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2702  AMP-dependent synthetase and ligase  38.08 
 
 		 498 aa  345  1e-93  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1788  acetyl-CoA synthetase  37.59 
 
 		 568 aa  345  2e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.373968  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0464  acetyl-CoA synthetase  38.03 
 
 		 572 aa  344  2e-93  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000164986 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1823  acetyl-CoA synthetase  37.59 
 
 		 568 aa  345  2e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000207861  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4801  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  344  2.9999999999999997e-93  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4411  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  344  2.9999999999999997e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4394  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  343  5e-93  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4797  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  343  5e-93  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4780  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  343  5e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4775  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  343  5.999999999999999e-93  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4560  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  342  7e-93  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4915  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  342  7e-93  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0711  acetyl-CoA synthetase  37.86 
 
 		 571 aa  342  1e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3335  acetyl-CoA synthetase  38.25 
 
 		 572 aa  341  2e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20370  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  44.62 
 
 		 504 aa  340  5e-92  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4493  acetyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 572 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  39.38 
 
 		 576 aa  333  5e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154325  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0011  AMP-dependent synthetase and ligase  38.6 
 
 		 560 aa  332  7.000000000000001e-90  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1158  AMP-dependent synthetase and ligase  39.92 
 
 		 544 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.187529  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2199  AMP-dependent synthetase and ligase  40.54 
 
 		 538 aa  319  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00574882  normal  0.320928 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2753  acetyl-coenzyme A synthetase  39.31 
 
 		 541 aa  316  8e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.522899  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  39.16 
 
 		 539 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.683359  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1509  acetyl-coenzyme A synthetase  39.16 
 
 		 555 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.611762  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1539  acetyl-CoA synthetase  39.46 
 
 		 541 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0554  acetyl-coenzyme A synthetase  39.46 
 
 		 541 aa  313  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1317  acetyl-coenzyme A synthetase  39.46 
 
 		 541 aa  313  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0599  acetyl-coenzyme A synthetase  39.46 
 
 		 541 aa  313  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197066  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1709  acetyl-coenzyme A synthetase  39.46 
 
 		 541 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0802  acetyl-coenzyme A synthetase  39.46 
 
 		 555 aa  312  9e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2727  AMP-dependent synthetase and ligase  38.49 
 
 		 553 aa  311  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1226  AMP-dependent synthetase and ligase  38.97 
 
 		 539 aa  309  8e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1992  AMP-dependent synthetase and ligase  38.97 
 
 		 539 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  37.27 
 
 		 566 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6789  Acetyl-coenzyme A synthetase  38.15 
 
 		 535 aa  307  3e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00873195  normal  0.0465133 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2198  AMP-dependent synthetase and ligase  41.02 
 
 		 539 aa  307  4.0000000000000004e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.861325  hitchhiker  0.000258347 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1298  AMP-dependent synthetase and ligase  38.97 
 
 		 539 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.313083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  36.23 
 
 		 537 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3600  acetyl-CoA synthetase  35.78 
 
 		 584 aa  301  2e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  36.17 
 
 		 571 aa  301  2e-80  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2597  acetyl-CoA synthetase  37.63 
 
 		 588 aa  300  3e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0867997  hitchhiker  0.000215379 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0835  AMP-dependent synthetase and ligase  38.43 
 
 		 539 aa  300  6e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1316  AMP-dependent synthetase and ligase  38.43 
 
 		 539 aa  300  6e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1395  putative acetyl-CoA synthetase  37.52 
 
 		 556 aa  298  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.527272 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4459  AMP-dependent synthetase and ligase  37.9 
 
 		 539 aa  296  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  35.41 
 
 		 586 aa  296  6e-79  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1061  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 		 595 aa  296  8e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1256  hypothetical protein  34.99 
 
 		 563 aa  296  1e-78  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.956309  normal  0.567013 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1141  AMP-dependent synthetase and ligase  36.92 
 
 		 522 aa  295  1e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.41787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  35.68 
 
 		 609 aa  294  2e-78  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0445  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 		 562 aa  295  2e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3465  AMP-dependent synthetase and ligase  37.35 
 
 		 598 aa  295  2e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.271153  normal  0.1289 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7028  acetyl-CoA synthetase  37.67 
 
 		 585 aa  293  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.277819 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 		 555 aa  293  5e-78  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1407  acetyl-CoA synthetase  35.86 
 
 		 598 aa  292  9e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959258 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0388  acetyl-CoA synthetase  35.66 
 
 		 602 aa  292  9e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 		 567 aa  292  1e-77  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3568  acetyl-CoA synthetase  36.41 
 
 		 588 aa  291  3e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0207513  normal  0.0354675 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4644  acetyl-CoA synthetase  36.41 
 
 		 588 aa  291  3e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.291537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1850  AMP-dependent synthetase and ligase  37.02 
 
 		 557 aa  290  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0104238  hitchhiker  0.00000000609851 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1721  acetate--CoA ligase  34.66 
 
 		 629 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0089  acetate/CoA ligase  31.79 
 
 		 626 aa  290  6e-77  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.191746  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2708  acetyl-CoA synthetase  37.48 
 
 		 576 aa  288  1e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.180648  hitchhiker  0.00000972511 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1137  acetyl-coenzyme A synthetase  34.95 
 
 		 629 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0352  acetate--CoA ligase  35.52 
 
 		 629 aa  286  5e-76  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.330071  normal  0.99038 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0567  acetate--CoA ligase  33.98 
 
 		 625 aa  286  7e-76  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.749449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0511  acetyl-CoA synthetase  35.5 
 
 		 607 aa  286  7e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0761  acetyl-CoA synthetase  35.65 
 
 		 592 aa  286  8e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000550868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 616 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3984  AMP-dependent synthetase and ligase  37.1 
 
 		 535 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>