202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1900 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1900  transcriptional regulator, DeoR family protein  100 
 
 		 320 aa  657    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481716  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4121  DeoR family transcriptional regulator  60.06 
 
 		 319 aa  397  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02313  putative transcriptional regulator  52.53 
 
 		 318 aa  347  2e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00764074  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3753  transcriptional regulator, DeoR family  52.08 
 
 		 317 aa  332  4e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.188827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2359  DeoR family transcriptional regulator  51.63 
 
 		 317 aa  325  7e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3776  DeoR family transcriptional regulator  50.16 
 
 		 313 aa  323  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3563  hypothetical protein  50.16 
 
 		 317 aa  313  3.9999999999999997e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3451  transcriptional regulator, DeoR family  51.34 
 
 		 316 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.974564 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1680  DeoR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 317 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.388051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1726  DeoR family transcriptional regulator  47 
 
 		 317 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0090  operon regulator SmoC  46.69 
 
 		 317 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0568695  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0914  transcriptional regulator  44.9 
 
 		 317 aa  287  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.881912 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4174  DeoR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 310 aa  274  1.0000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2217  sugar-binding domain-containing protein  41.8 
 
 		 318 aa  261  1e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0880863 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1813  sugar-binding domain-containing protein  41.8 
 
 		 318 aa  261  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1923  DeoR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 318 aa  261  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0632  DeoR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.289497  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0342  transcriptional regulator, putative  40.78 
 
 		 315 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1045  putative transcriptional regulator  40.45 
 
 		 315 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0641  putative transcriptional regulator  40.45 
 
 		 315 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4152  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2476  putative transcriptional regulator  40.45 
 
 		 315 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.528896  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0883  putative transcriptional regulator  40.45 
 
 		 315 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.300696  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0886  putative transcriptional regulator  40.45 
 
 		 315 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.223938  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0089  putative transcriptional regulator  40.45 
 
 		 315 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156043  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0701  transcriptional regulator, putative  39.81 
 
 		 339 aa  241  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0710  DeoR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 335 aa  241  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0415966  normal  0.409033 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0496  DeoR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 322 aa  236  4e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.858474  hitchhiker  0.000586642 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3240  transcriptional regulator, DeoR family  39.29 
 
 		 333 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0728  putative transcriptional regulator  39.41 
 
 		 315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2635  DeoR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 340 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2127  putative transcriptional regulator (repressor) transcription regulator protein  38.76 
 
 		 315 aa  229  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2506  DeoR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 345 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140537  normal  0.33164 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1720  DeoR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 331 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.925466  normal  0.0186791 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5918  DeoR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 337 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1977  DeoR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 337 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2587  DeoR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 337 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1515  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2611  DeoR family transcriptional regulator  39 
 
 		 337 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.682873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  32.12 
 
 		 311 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2165  DeoR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 345 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  32.11 
 
 		 338 aa  172  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0867  erythritol transcriptional regulator  28.62 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2908  DeoR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 316 aa  159  5e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2010  DeoR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 342 aa  158  9e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.389501 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2565  DeoR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3438  transcriptional regulator, DeoR family  30.03 
 
 		 325 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3849  transcriptional regulator  29.75 
 
 		 325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3737  transcriptional regulator, DeoR family  29.37 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2232  DeoR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 339 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2980  putative transcriptional regulator  28.62 
 
 		 310 aa  125  9e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3043  DeoR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2262  putative transcriptional regulator  28.62 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3016  transcriptional regulator, putative  27.96 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.241411  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1661  DeoR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 345 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2976  putative transcriptional regulator  27.96 
 
 		 310 aa  119  6e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000216017 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2717  deoxyribonucleoside regulator  27.96 
 
 		 310 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2697  deoxyribonucleoside regulator  27.63 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3018  deoxyribonucleoside regulator  27.96 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0050  sorbitol operon transcriptional regulator  31.64 
 
 		 319 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00407862  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2979  transcriptional regulator  27.63 
 
 		 313 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2858  DeoR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.427449 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2767  transcriptional regulator  27.63 
 
 		 362 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.872952  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0407  transcriptional regulator, putative  28.34 
 
 		 321 aa  116  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6263  transcriptional regulator, DeoR family  26.94 
 
 		 334 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390293 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3505  DeoR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 312 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3150  DeoR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 312 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2773  DeoR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0783216  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0812  transcriptional regulator, DeoR family  26.23 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.336139 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0532  transcriptional regulator  26.47 
 
 		 324 aa  113  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0643  DeoR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 330 aa  113  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4003  transcriptional regulator, DeoR family  25.08 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296305  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3767  transcriptional regulator, DeoR family  26.56 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4401  putative sugar-binding domain protein  27.88 
 
 		 319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4289  putative sugar-binding domain protein  27.88 
 
 		 319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4471  hypothetical protein  27.88 
 
 		 319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4319  putative sugar-binding domain protein  27.88 
 
 		 319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4404  putative sugar-binding domain-containing protein  27.88 
 
 		 319 aa  110  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.25988  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0255  DeoR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.991369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2125  transcriptional repressor LsrR  27.74 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1594  transcriptional repressor LsrR  27.74 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2146  DeoR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3585  hypothetical protein  26.64 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0184789  normal  0.871841 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1660  transcriptional repressor LsrR  27.74 
 
 		 317 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.853311 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1713  transcriptional repressor LsrR  27.74 
 
 		 317 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3537  DeoR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 323 aa  106  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.165471 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2134  transcriptional regulator, DeoR family  27.42 
 
 		 317 aa  106  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10334  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1366  DeoR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2050  transcriptional regulator, DeoR family  27.27 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1468  DeoR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000010557  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2685  DeoR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1190  DeoR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 326 aa  103  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4114  DeoR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 339 aa  102  6e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1702  deoxyribonucleoside regulator  25.89 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000147991  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1750  DeoR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00345901  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1753  deoxyribonucleoside regulator DeoR  25.57 
 
 		 315 aa  99.8  5e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000750924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1731  deoxyribonucleoside regulator  25.57 
 
 		 315 aa  99.8  5e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000228989  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1891  deoxyribonucleoside regulator DeoR  25.57 
 
 		 315 aa  99.8  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0535512  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1894  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  25.57 
 
 		 315 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0693832  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1926  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  25.57 
 
 		 315 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.60106e-41 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3452  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  25.57 
 
 		 315 aa  99.8  6e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00224195  hitchhiker  1.06699e-16 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3519  Crp/Fnr family sugar-binding transcriptional regulatory  28.39 
 
 		 306 aa  99.8  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>