203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2359 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2359  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  642    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3753  transcriptional regulator, DeoR family  71.52 
 
 		 317 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.188827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3451  transcriptional regulator, DeoR family  72.47 
 
 		 316 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.974564 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3563  hypothetical protein  66.03 
 
 		 317 aa  430  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3776  DeoR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 313 aa  397  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1900  transcriptional regulator, DeoR family protein  51.63 
 
 		 320 aa  335  7e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481716  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4174  DeoR family transcriptional regulator  51.96 
 
 		 310 aa  328  6e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4121  DeoR family transcriptional regulator  50 
 
 		 319 aa  328  8e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02313  putative transcriptional regulator  50.95 
 
 		 318 aa  325  5e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00764074  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1726  DeoR family transcriptional regulator  53.11 
 
 		 317 aa  324  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0090  operon regulator SmoC  53.11 
 
 		 317 aa  324  2e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0568695  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1680  DeoR family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 317 aa  318  6e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.388051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0914  transcriptional regulator  47.62 
 
 		 317 aa  302  6.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.881912 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1720  DeoR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 331 aa  255  8e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.925466  normal  0.0186791 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0632  DeoR family transcriptional regulator  42.3 
 
 		 318 aa  242  7e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.289497  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1923  DeoR family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0496  DeoR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 322 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.858474  hitchhiker  0.000586642 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2217  sugar-binding domain-containing protein  40.06 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0880863 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1813  sugar-binding domain-containing protein  40.06 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0701  transcriptional regulator, putative  43.37 
 
 		 339 aa  241  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0728  putative transcriptional regulator  42.67 
 
 		 315 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0710  DeoR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 335 aa  239  4e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0415966  normal  0.409033 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0342  transcriptional regulator, putative  43.37 
 
 		 315 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1045  putative transcriptional regulator  43.04 
 
 		 315 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0641  putative transcriptional regulator  43.04 
 
 		 315 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4152  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2476  putative transcriptional regulator  43.04 
 
 		 315 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.528896  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0883  putative transcriptional regulator  43.04 
 
 		 315 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.300696  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0886  putative transcriptional regulator  43.04 
 
 		 315 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.223938  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0089  putative transcriptional regulator  43.04 
 
 		 315 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156043  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3240  transcriptional regulator, DeoR family  41.37 
 
 		 333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2127  putative transcriptional regulator (repressor) transcription regulator protein  42.3 
 
 		 315 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1977  DeoR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 337 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2587  DeoR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 337 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1515  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2635  DeoR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 340 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2611  DeoR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 337 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.682873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2506  DeoR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 345 aa  229  7e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140537  normal  0.33164 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5918  DeoR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 337 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  33.55 
 
 		 311 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2165  DeoR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 345 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2908  DeoR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  32.56 
 
 		 338 aa  160  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0867  erythritol transcriptional regulator  30.46 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2010  DeoR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 342 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.389501 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2565  DeoR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 336 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2685  DeoR family transcriptional regulator  33 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0255  DeoR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 320 aa  133  5e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.991369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3043  DeoR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 325 aa  132  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2979  transcriptional regulator  30.19 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2767  transcriptional regulator  30.19 
 
 		 362 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.872952  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3016  transcriptional regulator, putative  29.7 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.241411  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2980  putative transcriptional regulator  29.55 
 
 		 310 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2697  deoxyribonucleoside regulator  29.55 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2976  putative transcriptional regulator  29.55 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000216017 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2262  putative transcriptional regulator  29.87 
 
 		 316 aa  125  6e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3150  DeoR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3505  DeoR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1468  DeoR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000010557  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1661  DeoR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2717  deoxyribonucleoside regulator  29.22 
 
 		 310 aa  124  3e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3438  transcriptional regulator, DeoR family  29.55 
 
 		 325 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2773  DeoR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 310 aa  123  3e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0783216  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1713  transcriptional repressor LsrR  30.45 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2125  transcriptional repressor LsrR  30.45 
 
 		 317 aa  123  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2146  DeoR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 317 aa  123  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1594  transcriptional repressor LsrR  30.45 
 
 		 317 aa  123  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3849  transcriptional regulator  30.72 
 
 		 325 aa  122  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3018  deoxyribonucleoside regulator  29.22 
 
 		 315 aa  122  6e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0812  transcriptional regulator, DeoR family  29.35 
 
 		 320 aa  122  7e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.336139 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2134  transcriptional regulator, DeoR family  30.45 
 
 		 317 aa  122  8e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10334  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1750  DeoR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 315 aa  122  9e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00345901  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1126  DeoR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1660  transcriptional repressor LsrR  30.45 
 
 		 317 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.853311 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1894  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.93 
 
 		 315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0693832  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1702  deoxyribonucleoside regulator  29.93 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000147991  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1974  deoxyribonucleoside regulator DeoR, putative  29.61 
 
 		 315 aa  119  6e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00373249  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1753  deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.61 
 
 		 315 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000750924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1731  deoxyribonucleoside regulator  29.61 
 
 		 315 aa  119  7e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000228989  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1891  deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.61 
 
 		 315 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0535512  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1926  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.61 
 
 		 315 aa  119  7e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.60106e-41 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2001  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.61 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000544844  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1366  DeoR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3737  transcriptional regulator, DeoR family  28.85 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0050  sorbitol operon transcriptional regulator  29.75 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00407862  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3452  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.28 
 
 		 315 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00224195  hitchhiker  1.06699e-16 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3705  transcriptional regulator, DeoR family  25.72 
 
 		 328 aa  116  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0407  transcriptional regulator, putative  29.03 
 
 		 321 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4404  putative sugar-binding domain-containing protein  28.75 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.25988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4471  hypothetical protein  28.75 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4401  putative sugar-binding domain protein  28.75 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4289  putative sugar-binding domain protein  28.75 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0532  transcriptional regulator  28.48 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4319  putative sugar-binding domain protein  28.75 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3519  Crp/Fnr family sugar-binding transcriptional regulatory  29.04 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3649  DeoR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 331 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3767  transcriptional regulator, DeoR family  26.17 
 
 		 321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4738  DeoR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2858  DeoR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.427449 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0643  DeoR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4444  DeoR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 339 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0599387 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1403  Glycerone kinase  28 
 
 		 700 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.411748  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>