219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3563 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3563  hypothetical protein  100 
 
 		 317 aa  644    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3753  transcriptional regulator, DeoR family  68.57 
 
 		 317 aa  443  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.188827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2359  DeoR family transcriptional regulator  66.03 
 
 		 317 aa  424  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3451  transcriptional regulator, DeoR family  68.89 
 
 		 316 aa  418  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.974564 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3776  DeoR family transcriptional regulator  60.78 
 
 		 313 aa  379  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4121  DeoR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 319 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1900  transcriptional regulator, DeoR family protein  50.32 
 
 		 320 aa  322  6e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481716  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4174  DeoR family transcriptional regulator  51.63 
 
 		 310 aa  317  3e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02313  putative transcriptional regulator  48.42 
 
 		 318 aa  305  1.0000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00764074  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0090  operon regulator SmoC  48.85 
 
 		 317 aa  301  1e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0568695  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1726  DeoR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 317 aa  301  1e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1680  DeoR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 317 aa  300  3e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.388051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0914  transcriptional regulator  47.95 
 
 		 317 aa  290  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.881912 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0632  DeoR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 318 aa  249  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.289497  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0496  DeoR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 322 aa  247  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.858474  hitchhiker  0.000586642 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3240  transcriptional regulator, DeoR family  41.94 
 
 		 333 aa  247  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0728  putative transcriptional regulator  41.29 
 
 		 315 aa  245  9e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1813  sugar-binding domain-containing protein  41.29 
 
 		 318 aa  243  3.9999999999999997e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1923  DeoR family transcriptional regulator  41.29 
 
 		 318 aa  243  3.9999999999999997e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2217  sugar-binding domain-containing protein  41.29 
 
 		 318 aa  243  3.9999999999999997e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0880863 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0710  DeoR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 335 aa  236  4e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0415966  normal  0.409033 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0342  transcriptional regulator, putative  42.17 
 
 		 315 aa  235  6e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0701  transcriptional regulator, putative  40.97 
 
 		 339 aa  235  6e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1045  putative transcriptional regulator  41.85 
 
 		 315 aa  235  9e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0641  putative transcriptional regulator  41.85 
 
 		 315 aa  235  9e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4152  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2476  putative transcriptional regulator  41.85 
 
 		 315 aa  235  9e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.528896  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0883  putative transcriptional regulator  41.85 
 
 		 315 aa  235  9e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.300696  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0886  putative transcriptional regulator  41.85 
 
 		 315 aa  235  9e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.223938  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0089  putative transcriptional regulator  41.85 
 
 		 315 aa  235  9e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156043  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2635  DeoR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 340 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1977  DeoR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 337 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2587  DeoR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 337 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1515  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2506  DeoR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 345 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140537  normal  0.33164 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2611  DeoR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 337 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.682873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5918  DeoR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 337 aa  226  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2127  putative transcriptional regulator (repressor) transcription regulator protein  39.09 
 
 		 315 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1720  DeoR family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 331 aa  223  4e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.925466  normal  0.0186791 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  35.22 
 
 		 338 aa  182  6e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  32.67 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2908  DeoR family transcriptional regulator  33 
 
 		 316 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2165  DeoR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 345 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0867  erythritol transcriptional regulator  31.25 
 
 		 316 aa  159  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2010  DeoR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 342 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.389501 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2565  DeoR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3043  DeoR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 325 aa  132  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3438  transcriptional regulator, DeoR family  29.6 
 
 		 325 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2858  DeoR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.427449 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1366  DeoR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 322 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2685  DeoR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1126  DeoR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1750  DeoR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 315 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00345901  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1894  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.84 
 
 		 315 aa  126  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0693832  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1468  DeoR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 315 aa  125  9e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000010557  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0532  transcriptional regulator  29.32 
 
 		 324 aa  125  9e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1702  deoxyribonucleoside regulator  29.84 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000147991  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3849  transcriptional regulator  31.15 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3452  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.51 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00224195  hitchhiker  1.06699e-16 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1974  deoxyribonucleoside regulator DeoR, putative  29.7 
 
 		 315 aa  123  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00373249  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1753  deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.51 
 
 		 315 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000750924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1731  deoxyribonucleoside regulator  29.51 
 
 		 315 aa  124  3e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000228989  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1891  deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.51 
 
 		 315 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0535512  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1926  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.51 
 
 		 315 aa  124  3e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.60106e-41 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2001  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  29.51 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000544844  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0643  DeoR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 330 aa  122  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1713  transcriptional repressor LsrR  28.8 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4319  putative sugar-binding domain protein  29.17 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4289  putative sugar-binding domain protein  29.17 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4404  putative sugar-binding domain-containing protein  29.41 
 
 		 319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.25988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4471  hypothetical protein  29.17 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4401  putative sugar-binding domain protein  29.17 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3737  transcriptional regulator, DeoR family  28.52 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1594  transcriptional repressor LsrR  28.48 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2125  transcriptional repressor LsrR  28.48 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2146  DeoR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1660  transcriptional repressor LsrR  28.48 
 
 		 317 aa  119  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.853311 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2134  transcriptional regulator, DeoR family  28.16 
 
 		 317 aa  119  7e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10334  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1403  Glycerone kinase  31 
 
 		 700 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.411748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0255  DeoR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.991369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3150  DeoR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3505  DeoR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0812  transcriptional regulator, DeoR family  29.74 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.336139 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3705  transcriptional regulator, DeoR family  27.01 
 
 		 328 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1661  DeoR family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 345 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3245  sugar-binding domain-containing protein  28.9 
 
 		 314 aa  116  6e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0904  sugar-binding domain-containing protein  28.9 
 
 		 314 aa  116  6e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3649  DeoR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 331 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3519  Crp/Fnr family sugar-binding transcriptional regulatory  29.77 
 
 		 306 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0407  transcriptional regulator, putative  28.38 
 
 		 321 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3378  DeoR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4114  DeoR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6263  transcriptional regulator, DeoR family  27.27 
 
 		 334 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390293 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0050  sorbitol operon transcriptional regulator  28.84 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00407862  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3585  hypothetical protein  27.72 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0184789  normal  0.871841 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1570  dihydroxyacetone kinase family protein  29.84 
 
 		 694 aa  112  9e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0904773  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2643  transcriptional regulator, DeoR family  29.37 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000047791  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0115  DeoR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156303  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2773  DeoR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0783216  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2050  transcriptional regulator, DeoR family  26.62 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0550  transcriptional regulator  30.13 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3537  DeoR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.165471 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>