More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0234 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0234  response regulator receiver  100 
 
 		 221 aa  456  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  60.45 
 
 		 224 aa  270  1e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  58.56 
 
 		 222 aa  261  8e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.95 
 
 		 240 aa  256  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.95 
 
 		 240 aa  256  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.95 
 
 		 240 aa  256  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.95 
 
 		 240 aa  256  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.95 
 
 		 240 aa  256  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  54.82 
 
 		 232 aa  256  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  55.41 
 
 		 227 aa  256  3e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  55.41 
 
 		 227 aa  255  4e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.16 
 
 		 240 aa  255  4e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  57.73 
 
 		 225 aa  254  5e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  56.5 
 
 		 230 aa  254  5e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.41 
 
 		 240 aa  254  8e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  54.95 
 
 		 240 aa  253  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.95 
 
 		 240 aa  253  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.95 
 
 		 240 aa  253  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  54.95 
 
 		 240 aa  253  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  58.11 
 
 		 227 aa  253  1.0000000000000001e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.95 
 
 		 240 aa  253  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  55.02 
 
 		 227 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.78 
 
 		 242 aa  251  5.000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.25 
 
 		 240 aa  251  5.000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.5 
 
 		 240 aa  251  6e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.5 
 
 		 240 aa  251  6e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  55 
 
 		 226 aa  250  1e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.33 
 
 		 242 aa  250  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.76 
 
 		 239 aa  250  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.64 
 
 		 243 aa  247  8e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.45 
 
 		 239 aa  246  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.45 
 
 		 239 aa  245  3e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  55.45 
 
 		 239 aa  246  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  54.75 
 
 		 221 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.34 
 
 		 243 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  52.31 
 
 		 219 aa  241  9e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  51.6 
 
 		 230 aa  239  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  52.75 
 
 		 226 aa  239  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.45 
 
 		 223 aa  238  5e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.45 
 
 		 223 aa  238  6.999999999999999e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 230 aa  237  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.6 
 
 		 219 aa  236  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.6 
 
 		 219 aa  236  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 247 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  50.89 
 
 		 241 aa  231  9e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  51.82 
 
 		 226 aa  224  6e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  45.45 
 
 		 222 aa  215  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.23 
 
 		 234 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  47.3 
 
 		 247 aa  207  8e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 229 aa  197  9e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 232 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.75 
 
 		 230 aa  191  6e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.43 
 
 		 242 aa  190  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  46.48 
 
 		 231 aa  190  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 231 aa  187  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1059  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 242 aa  186  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.346912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 231 aa  185  5e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.33 
 
 		 233 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1658  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 230 aa  181  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.515101  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 230 aa  180  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.02 
 
 		 236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  44.3 
 
 		 234 aa  177  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2286  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 		 231 aa  177  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188753  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  44.3 
 
 		 234 aa  177  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  41.89 
 
 		 227 aa  176  3e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 230 aa  176  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 231 aa  176  4e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 230 aa  175  6e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1522  two component transcriptional regulator  42.22 
 
 		 227 aa  174  7e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  37.05 
 
 		 228 aa  174  8e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4043  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.46 
 
 		 225 aa  174  9e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.728877  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  40.79 
 
 		 227 aa  173  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.82 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2496  response regulator receiver  39.01 
 
 		 225 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.491467  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2796  DNA-binding response regulator  36.24 
 
 		 231 aa  172  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.512352  hitchhiker  0.00000533196 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2526  DNA-binding response regulator  36.24 
 
 		 231 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  40.44 
 
 		 230 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0264  two component transcriptional regulator  39.21 
 
 		 238 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.392693  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  40.87 
 
 		 230 aa  172  5e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0266  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 		 237 aa  171  5.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.262207  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1104  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.07 
 
 		 233 aa  171  6.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3691  two component transcriptional regulator  39.56 
 
 		 230 aa  171  9e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  42.86 
 
 		 236 aa  171  1e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2564  DNA-binding response regulator  35.81 
 
 		 231 aa  170  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0589521  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 227 aa  171  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1756  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.36 
 
 		 230 aa  170  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.769657  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 223 aa  170  1e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  40.35 
 
 		 235 aa  169  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  40.35 
 
 		 235 aa  169  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  40.35 
 
 		 235 aa  169  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  40.35 
 
 		 235 aa  169  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2302  DNA-binding response regulator  35.81 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  40.35 
 
 		 235 aa  169  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  40.35 
 
 		 235 aa  169  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  40.35 
 
 		 235 aa  169  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 		 235 aa  170  2e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3429  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 233 aa  169  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0608192  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2617  DNA-binding response regulator  35.81 
 
 		 231 aa  169  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.993672  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>