96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0936 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0936  transcriptional regulator  100 
 
 		 248 aa  517  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0779  response regulator receiver protein  45.97 
 
 		 249 aa  224  9e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.365042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3244  response regulator receiver protein  45.97 
 
 		 249 aa  222  3e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3347  transcriptional regulator  46.37 
 
 		 249 aa  222  6e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.730311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0783  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  26.4 
 
 		 247 aa  93.2  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0880  transcriptional regulator, CadC  27.67 
 
 		 247 aa  90.9  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.102623  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3240  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  26 
 
 		 247 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3343  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  26 
 
 		 247 aa  89.7  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0940  transcriptional regulator-related protein  24.31 
 
 		 247 aa  87  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0879  hypothetical protein  25.1 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00268947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0653  hypothetical protein  25.4 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0881  putative transcriptional regulator, CadC  25.81 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2749  putative transcriptional regulator, CadC  26.54 
 
 		 251 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0833  transcriptional regulator, CadC  25 
 
 		 249 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3459  transcriptional regulator, CadC  25 
 
 		 249 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3653  transcriptional regulator, CadC  25 
 
 		 249 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.409424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3438  winged helix family two component response transcriptional regulator  26.52 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3534  transcriptional regulator, CadC  24.22 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3632  response regulator receiver protein  26.02 
 
 		 265 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0883  response regulator receiver protein  24.77 
 
 		 244 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0760  response regulator receiver protein  25.4 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0885  transcriptional regulator, CadC  23.64 
 
 		 246 aa  61.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0757  putative transcriptional regulator, CadC  30.33 
 
 		 151 aa  54.3  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.19634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2069  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.03 
 
 		 228 aa  52.8  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5873  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  41.03 
 
 		 228 aa  52.8  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.247228  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1307  DNA-binding heavy metal response regulator  33.66 
 
 		 225 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150056  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.66 
 
 		 224 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1127  heavy metal response regulator  33.66 
 
 		 225 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294376  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.66 
 
 		 224 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6519  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.74 
 
 		 228 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4315  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.04 
 
 		 232 aa  49.7  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.767231  normal  0.644171 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4663  two component heavy metal response transcriptional regulator  34.34 
 
 		 225 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.23 
 
 		 256 aa  48.1  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.47 
 
 		 232 aa  48.1  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4076  two component heavy metal response transcriptional regulator  32.58 
 
 		 231 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105833  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4290  two component heavy metal response transcriptional regulator  32.58 
 
 		 231 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3227  two component heavy metal response transcriptional regulator  32.58 
 
 		 231 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.303749  normal  0.0627816 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.11 
 
 		 242 aa  47.4  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.28 
 
 		 220 aa  47  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4186  two component heavy metal response transcriptional regulator  32.58 
 
 		 231 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.24384  normal  0.790942 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3708  two component heavy metal response transcriptional regulator  32.58 
 
 		 231 aa  47  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0589  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  47  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.588929  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  31.96 
 
 		 225 aa  47  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3620  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.63 
 
 		 235 aa  47  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  31.58 
 
 		 243 aa  46.6  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1729  two component heavy metal response transcriptional regulator  32.22 
 
 		 231 aa  46.6  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4496  two-component response regulator  31.46 
 
 		 233 aa  46.2  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2084  DNA-binding heavy metal response regulator  33.33 
 
 		 230 aa  46.2  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000771382  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2480  DNA-binding heavy metal response regulator  33.33 
 
 		 230 aa  45.8  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000187636  normal  0.518539 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  35.79 
 
 		 231 aa  45.8  0.0006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0498  DNA-binding response regulator  32.99 
 
 		 224 aa  45.8  0.0006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00199813  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2192  two component heavy metal response transcriptional regulator  34.78 
 
 		 230 aa  45.8  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1241  DNA-binding response regulator  32.99 
 
 		 224 aa  45.8  0.0006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000047717  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1362  DNA-binding response regulator  32.99 
 
 		 224 aa  45.8  0.0006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2550  two component transcriptional regulator  31.91 
 
 		 228 aa  45.8  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605198 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5099  two component transcriptional regulator  31.37 
 
 		 223 aa  45.4  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.620422  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  33.01 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  34.69 
 
 		 221 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3138  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.94 
 
 		 238 aa  44.3  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224709  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  32.65 
 
 		 247 aa  43.9  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2637  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.97 
 
 		 227 aa  43.5  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  34.04 
 
 		 221 aa  43.5  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0726  two component transcriptional regulator  38.55 
 
 		 230 aa  43.5  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  35.05 
 
 		 229 aa  43.5  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3566  two component transcriptional regulator  32.32 
 
 		 255 aa  43.5  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.291783  normal  0.121657 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  30.48 
 
 		 246 aa  43.1  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.58 
 
 		 224 aa  43.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  30.48 
 
 		 246 aa  43.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 246 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1034  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 219 aa  43.1  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.171933  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 246 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.61 
 
 		 246 aa  42.7  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  27.88 
 
 		 231 aa  42.7  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.61 
 
 		 246 aa  42.7  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  31.68 
 
 		 238 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  30 
 
 		 234 aa  42.4  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  29.7 
 
 		 246 aa  42.7  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  30.53 
 
 		 244 aa  42.7  0.006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2318  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 225 aa  42.4  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.642935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  38.75 
 
 		 224 aa  42.4  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  31.68 
 
 		 238 aa  42.4  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.59 
 
 		 227 aa  42.7  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  33.72 
 
 		 221 aa  42.4  0.007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1005  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.14 
 
 		 227 aa  42.4  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000255449  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.72 
 
 		 221 aa  42.4  0.007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1913  two component transcriptional regulator, winged helix family  25 
 
 		 221 aa  42.4  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 246 aa  42.4  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3359  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.98 
 
 		 231 aa  42.4  0.008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  29.29 
 
 		 245 aa  42  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  29.41 
 
 		 244 aa  42  0.009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6226  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 221 aa  42  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3892  putative two-component response regulator  32.53 
 
 		 229 aa  42  0.009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3232  two component transcriptional regulator  32.99 
 
 		 244 aa  42  0.01  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  31.68 
 
 		 238 aa  42  0.01  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.39 
 
 		 247 aa  42  0.01  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  38.24 
 
 		 223 aa  42  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>