More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0355 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  100 
 
 		 554 aa  1147    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  94.4 
 
 		 554 aa  1098    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  94.4 
 
 		 554 aa  1098    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  80.04 
 
 		 551 aa  950    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000231553  unclonable  0.0000000387525 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  94.22 
 
 		 554 aa  1095    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  79.13 
 
 		 555 aa  957    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  79.13 
 
 		 551 aa  941    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  96.75 
 
 		 554 aa  1112    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  80.22 
 
 		 555 aa  951    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  97.11 
 
 		 554 aa  1115    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0361  AMP-dependent synthetase and ligase  78.4 
 
 		 575 aa  924    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  92.96 
 
 		 554 aa  1060    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  96.93 
 
 		 554 aa  1116    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  94.22 
 
 		 554 aa  1095    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  80.76 
 
 		 551 aa  964    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  80.76 
 
 		 551 aa  953    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  49.91 
 
 		 559 aa  584  1.0000000000000001e-165  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.18 
 
 		 563 aa  566  1e-160  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.64 
 
 		 563 aa  562  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.18 
 
 		 563 aa  550  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  48.62 
 
 		 546 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  47.62 
 
 		 547 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  44.22 
 
 		 546 aa  512  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  47.18 
 
 		 558 aa  509  1e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  44.59 
 
 		 547 aa  478  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  42.28 
 
 		 555 aa  465  1e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3811  AMP-dependent synthetase and ligase  43.98 
 
 		 547 aa  458  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0267  AMP-dependent synthetase and ligase  42.91 
 
 		 563 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  41.99 
 
 		 555 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  45.05 
 
 		 559 aa  444  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2888  AMP-dependent synthetase and ligase  43.07 
 
 		 560 aa  443  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0719534  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  40.33 
 
 		 551 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3656  putative AMP-binding protein  40.96 
 
 		 555 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330411  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43610  putative AMP-binding protein  41.14 
 
 		 555 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0297438  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0982  hypothetical protein  40.3 
 
 		 555 aa  418  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1015  hypothetical protein  40.11 
 
 		 555 aa  413  1e-114  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  40.43 
 
 		 598 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  40.43 
 
 		 598 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  40.83 
 
 		 553 aa  411  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  40.25 
 
 		 553 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5098  AMP-dependent synthetase and ligase  40.52 
 
 		 566 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.183916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  31.21 
 
 		 607 aa  290  6e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  30.41 
 
 		 607 aa  287  4e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  31.08 
 
 		 609 aa  281  3e-74  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  30.63 
 
 		 610 aa  274  3e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  29.69 
 
 		 610 aa  272  1e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.48 
 
 		 610 aa  270  5.9999999999999995e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  29.74 
 
 		 626 aa  268  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  29.03 
 
 		 610 aa  267  4e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  29.23 
 
 		 623 aa  263  4e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  31.26 
 
 		 633 aa  263  6e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  28.5 
 
 		 618 aa  258  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  30.03 
 
 		 605 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  31.43 
 
 		 592 aa  257  4e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  30.72 
 
 		 615 aa  256  6e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  29.59 
 
 		 596 aa  256  1.0000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  30.83 
 
 		 604 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  30.57 
 
 		 604 aa  253  8.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  30.87 
 
 		 616 aa  251  2e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  29.32 
 
 		 610 aa  251  2e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  30.48 
 
 		 603 aa  251  3e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.32 
 
 		 599 aa  250  4e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  30.15 
 
 		 604 aa  250  4e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  31.47 
 
 		 620 aa  248  2e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.94 
 
 		 597 aa  247  4e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  30.38 
 
 		 590 aa  243  1e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1417  AMP-dependent synthetase and ligase  28.92 
 
 		 645 aa  241  2e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000978143  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  31.57 
 
 		 592 aa  242  2e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  29.65 
 
 		 607 aa  240  4e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  30.09 
 
 		 590 aa  240  4e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  28.32 
 
 		 605 aa  241  4e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  29.77 
 
 		 594 aa  240  5e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  28.76 
 
 		 663 aa  239  5.999999999999999e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  28.23 
 
 		 633 aa  239  8e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  29.86 
 
 		 607 aa  239  9e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  30.12 
 
 		 600 aa  239  1e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 		 617 aa  238  2e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  29.52 
 
 		 593 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  29.05 
 
 		 602 aa  236  1.0000000000000001e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  30.3 
 
 		 606 aa  235  1.0000000000000001e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  28.21 
 
 		 601 aa  234  3e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.249968 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3131  AMP-dependent synthetase and ligase  29.76 
 
 		 599 aa  234  4.0000000000000004e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 602 aa  233  8.000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.89 
 
 		 602 aa  231  2e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  28.18 
 
 		 597 aa  231  2e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  29.37 
 
 		 587 aa  231  2e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  28.17 
 
 		 603 aa  231  3e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  28.04 
 
 		 612 aa  229  8e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 		 622 aa  228  2e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  29.15 
 
 		 603 aa  228  2e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  26.83 
 
 		 592 aa  227  4e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2120  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 		 672 aa  227  4e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.342483  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5953  AMP-dependent synthetase and ligase  28.36 
 
 		 612 aa  227  5.0000000000000005e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664785  normal  0.0418717 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  28.68 
 
 		 598 aa  226  7e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 597 aa  226  7e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 597 aa  226  7e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  29.55 
 
 		 615 aa  225  1e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  30.19 
 
 		 601 aa  226  1e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  28.35 
 
 		 608 aa  225  2e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0692269  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2937  AMP-dependent synthetase and ligase  28.4 
 
 		 610 aa  224  2e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>