More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3253 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3253  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 347 aa  687    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0556768 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3571  ABC zinc transporter, periplasmic binding protein ZnuA  96.83 
 
 		 345 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3151  hypothetical protein  66.86 
 
 		 336 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506548 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4140  periplasmic solute binding protein  45.76 
 
 		 326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1697  periplasmic solute binding protein  39.72 
 
 		 347 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0312  periplasmic solute binding protein  39.84 
 
 		 362 aa  223  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4176  periplasmic solute binding protein  36.72 
 
 		 346 aa  210  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1704  putative high-affinity zinc uptake system protein  40.06 
 
 		 356 aa  210  3e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0200273  normal  0.0153509 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3616  periplasmic solute binding protein  37.47 
 
 		 378 aa  205  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0144381 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2718  periplasmic solute binding protein  36.08 
 
 		 344 aa  204  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1730  periplasmic solute binding protein  39.88 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2384  periplasmic solute binding protein  37.54 
 
 		 351 aa  199  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691591  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1122  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  35.71 
 
 		 334 aa  189  5e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.124728  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1027  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  35.71 
 
 		 334 aa  189  5e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3183  periplasmic solute binding protein  35.53 
 
 		 371 aa  187  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0392805  normal  0.124808 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4006  periplasmic solute binding protein  33.94 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129807  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0188  periplasmic solute binding protein  35.91 
 
 		 334 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.494723  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2184  ABC transporter substrate binding protein (zinc)  36.09 
 
 		 308 aa  182  6e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.2291  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1194  periplasmic solute binding protein  38.14 
 
 		 329 aa  182  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.170646 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2751  periplasmic solute binding protein  34.87 
 
 		 332 aa  169  7e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72550  putative adhesin  32.84 
 
 		 307 aa  159  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1122  periplasmic solute binding protein  31.86 
 
 		 328 aa  157  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6299  putative adhesin  32.24 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2251  high-affinity zinc transporter periplasmic component  32.27 
 
 		 340 aa  156  6e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000558415  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00830  ABC transporter, periplasmic binding protein  34.85 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0275  periplasmic solute binding protein  31.05 
 
 		 313 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2142  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.4 
 
 		 340 aa  152  8.999999999999999e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000717331  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0059  periplasmic solute binding protein  31.5 
 
 		 309 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1827  high-affinity zinc transporter periplasmic component  30.81 
 
 		 339 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0735941  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2593  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.72 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00016843  normal  0.856449 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2050  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.66 
 
 		 314 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153419  normal  0.0811015 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2773  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.91 
 
 		 321 aa  139  8.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000694266  hitchhiker  0.00715956 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1233  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.66 
 
 		 314 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00176582  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2045  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.66 
 
 		 314 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.279295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2105  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.66 
 
 		 314 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.060713  normal  0.639588 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1357  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.66 
 
 		 314 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461561 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5268  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  29.76 
 
 		 311 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01828  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.1 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0190601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1783  periplasmic solute binding protein  29.1 
 
 		 328 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000935054  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1951  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.1 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00866903  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01816  hypothetical protein  29.1 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0117492  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2111  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.94 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0209857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1775  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.1 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000650264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0953  high-affinity zinc transporter periplasmic component  28.79 
 
 		 310 aa  133  5e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0035869  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2087  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.41 
 
 		 310 aa  132  6e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000165105  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2426  high-affinity zinc transporter periplasmic component  28.7 
 
 		 314 aa  132  6.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000208109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2140  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.01 
 
 		 318 aa  132  6.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000251275  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2027  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.01 
 
 		 318 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000130529  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1329  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.78 
 
 		 352 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00390701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4495  periplasmic solute binding protein  35.26 
 
 		 350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1892  periplasmic solute binding protein  29.86 
 
 		 321 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00897518  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5108  periplasmic solute binding protein  31.56 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0852  high-affinity zinc uptake system protein ZnuA precursor  26.03 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0338292  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004106  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  25.36 
 
 		 295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0624  periplasmic solute binding protein  34.48 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.17894  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1712  periplasmic solute binding protein  38.41 
 
 		 369 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.333525  normal  0.532025 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0598  periplasmic solute binding protein  26.78 
 
 		 333 aa  112  9e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0135  periplasmic solute binding protein  29.18 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972392 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0577  periplasmic solute binding protein  24.85 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.289421  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0248  periplasmic solute binding protein  21.92 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01361  hypothetical protein  25.07 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0137  periplasmic solute binding protein  28.28 
 
 		 302 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0516  periplasmic solute binding protein  26.69 
 
 		 299 aa  104  3e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  26.07 
 
 		 328 aa  102  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1256  high-affinity zinc transporter periplasmic component  32.76 
 
 		 372 aa  102  7e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000280798  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  29.74 
 
 		 304 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  32.82 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2139  periplasmic solute binding protein  28.08 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000485962  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0993  zinc ABC transporter, zinc-binding protein  28.43 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.27598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  27.03 
 
 		 346 aa  101  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0895  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  24.08 
 
 		 514 aa  100  4e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00479451  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  27.79 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0491  periplasmic solute binding protein  31.38 
 
 		 318 aa  100  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2986  adhesion lipoprotein  32.2 
 
 		 326 aa  99.8  7e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  30.59 
 
 		 346 aa  99.4  8e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0120  periplasmic solute binding protein  27.61 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.463624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0046  periplasmic solute binding protein  29.55 
 
 		 316 aa  98.2  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1793  putative carbon storage regulator-like protein  29.65 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.265514  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  28.97 
 
 		 305 aa  96.7  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3437  periplasmic solute binding protein  31.58 
 
 		 358 aa  96.3  7e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.18946 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  29.7 
 
 		 316 aa  96.3  7e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0195  periplasmic solute binding protein  27.39 
 
 		 292 aa  96.3  8e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.591767  normal  0.474509 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  29.36 
 
 		 345 aa  95.9  9e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  31.06 
 
 		 368 aa  95.1  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0842  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  27.91 
 
 		 282 aa  94.7  2e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.290902  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.77 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0937  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  30.43 
 
 		 293 aa  94.4  3e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.388709  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1578  periplasmic solute binding protein  27.91 
 
 		 314 aa  93.2  5e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  31.48 
 
 		 301 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0094  periplasmic solute binding protein  26.91 
 
 		 296 aa  92.8  8e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000753569  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2304  putative ABC-transporter metal-binding lipoprotein  29.45 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0185  periplasmic solute binding protein  27.52 
 
 		 307 aa  92.4  1e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  24.61 
 
 		 323 aa  91.3  2e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2317  periplasmic solute binding protein  27.42 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  27.56 
 
 		 353 aa  91.3  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  31.65 
 
 		 309 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_002936  DET0631  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  25.93 
 
 		 290 aa  90.5  4e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  31.65 
 
 		 309 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  28.61 
 
 		 327 aa  88.6  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2476  periplasmic solute binding protein  28.19 
 
 		 313 aa  89  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00202006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>