More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1697 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1697  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 347 aa  697    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2718  periplasmic solute binding protein  61.11 
 
 		 344 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2384  periplasmic solute binding protein  63.61 
 
 		 351 aa  401  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691591  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4176  periplasmic solute binding protein  54.19 
 
 		 346 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1122  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  51.71 
 
 		 334 aa  352  7e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.124728  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1027  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  51.71 
 
 		 334 aa  352  7e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2184  ABC transporter substrate binding protein (zinc)  52.99 
 
 		 308 aa  340  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.2291  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4006  periplasmic solute binding protein  51.24 
 
 		 303 aa  317  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129807  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0312  periplasmic solute binding protein  39.73 
 
 		 362 aa  261  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1194  periplasmic solute binding protein  44.38 
 
 		 329 aa  253  4.0000000000000004e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.170646 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1704  putative high-affinity zinc uptake system protein  40.93 
 
 		 356 aa  248  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0200273  normal  0.0153509 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1730  periplasmic solute binding protein  38.67 
 
 		 313 aa  246  4e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2751  periplasmic solute binding protein  42.59 
 
 		 332 aa  243  5e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3183  periplasmic solute binding protein  34.71 
 
 		 371 aa  241  1e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0392805  normal  0.124808 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0059  periplasmic solute binding protein  33.82 
 
 		 309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2142  high-affinity zinc transporter periplasmic component  35.4 
 
 		 340 aa  211  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000717331  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6299  putative adhesin  35.42 
 
 		 307 aa  209  7e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72550  putative adhesin  34.52 
 
 		 307 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1712  periplasmic solute binding protein  37.35 
 
 		 369 aa  200  3e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.333525  normal  0.532025 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1827  high-affinity zinc transporter periplasmic component  34.8 
 
 		 339 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0735941  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2773  high-affinity zinc transporter periplasmic component  35.1 
 
 		 321 aa  199  7.999999999999999e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000694266  hitchhiker  0.00715956 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2251  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.92 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000558415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0275  periplasmic solute binding protein  31.87 
 
 		 313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2027  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.96 
 
 		 318 aa  192  5e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000130529  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2140  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.96 
 
 		 318 aa  192  5e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000251275  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2111  high-affinity zinc transporter periplasmic component  34.6 
 
 		 339 aa  192  9e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0209857  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2045  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.64 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.279295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1233  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.64 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00176582  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1357  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.64 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461561 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2105  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.64 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.060713  normal  0.639588 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2050  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.64 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153419  normal  0.0811015 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2593  high-affinity zinc transporter periplasmic component  34.16 
 
 		 310 aa  190  4e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00016843  normal  0.856449 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5108  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3253  periplasmic solute binding protein  38.36 
 
 		 347 aa  189  9e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0556768 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3616  periplasmic solute binding protein  35.96 
 
 		 378 aa  188  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0144381 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0953  high-affinity zinc transporter periplasmic component  34.58 
 
 		 310 aa  186  6e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0035869  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00830  ABC transporter, periplasmic binding protein  32.95 
 
 		 297 aa  186  7e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01828  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.64 
 
 		 310 aa  185  9e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0190601  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1951  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.64 
 
 		 310 aa  185  9e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00866903  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01816  hypothetical protein  33.64 
 
 		 310 aa  185  9e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0117492  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1775  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.64 
 
 		 310 aa  185  9e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000650264  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1783  periplasmic solute binding protein  33.64 
 
 		 328 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000935054  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1329  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.33 
 
 		 352 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00390701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2087  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.33 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000165105  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0188  periplasmic solute binding protein  36.05 
 
 		 334 aa  182  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.494723  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2426  high-affinity zinc transporter periplasmic component  32.71 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000208109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3571  ABC zinc transporter, periplasmic binding protein ZnuA  38.84 
 
 		 345 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4140  periplasmic solute binding protein  36.39 
 
 		 326 aa  177  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5268  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  30.29 
 
 		 311 aa  176  7e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0135  periplasmic solute binding protein  30.43 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972392 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004106  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  31.49 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0852  high-affinity zinc uptake system protein ZnuA precursor  30.4 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0338292  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0120  periplasmic solute binding protein  40.59 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.463624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0137  periplasmic solute binding protein  40.59 
 
 		 302 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1667  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  30.23 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1122  periplasmic solute binding protein  38.92 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0842  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  25.67 
 
 		 282 aa  140  4.999999999999999e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.290902  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0248  periplasmic solute binding protein  26.22 
 
 		 287 aa  139  6e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4495  periplasmic solute binding protein  40.78 
 
 		 350 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0624  periplasmic solute binding protein  30.89 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.17894  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0577  periplasmic solute binding protein  26.3 
 
 		 301 aa  123  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.289421  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1256  high-affinity zinc transporter periplasmic component  34.09 
 
 		 372 aa  123  5e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000280798  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0937  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  28.01 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.388709  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3151  hypothetical protein  40.59 
 
 		 336 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506548 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1892  periplasmic solute binding protein  30.68 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00897518  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3437  periplasmic solute binding protein  28.31 
 
 		 358 aa  114  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.18946 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  28.81 
 
 		 346 aa  113  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  33.88 
 
 		 312 aa  108  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0989  periplasmic solute binding protein  26.77 
 
 		 295 aa  105  8e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  34.27 
 
 		 311 aa  99.4  8e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  28.09 
 
 		 345 aa  99  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4439  periplasmic solute binding protein  25.32 
 
 		 339 aa  97.8  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.914781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1578  periplasmic solute binding protein  24.92 
 
 		 314 aa  97.1  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  26.89 
 
 		 353 aa  97.1  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1258  periplasmic solute binding protein  35.97 
 
 		 494 aa  96.7  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00438687  decreased coverage  0.000164305 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7033  periplasmic solute binding protein  35.52 
 
 		 315 aa  96.3  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1591  periplasmic solute binding protein  37.14 
 
 		 497 aa  96.3  7e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1602  periplasmic solute binding protein  34.1 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0139  adhesion protein, putative  24.15 
 
 		 294 aa  94.7  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0377699  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  27.92 
 
 		 328 aa  95.1  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  25.25 
 
 		 323 aa  94.4  3e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0598  periplasmic solute binding protein  24.66 
 
 		 333 aa  93.2  6e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0094  periplasmic solute binding protein  26.02 
 
 		 296 aa  92.8  7e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000753569  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0119  periplasmic solute binding protein  29.59 
 
 		 344 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.527461 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2047  periplasmic solute binding protein  26.93 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.862803 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1999  periplasmic solute binding protein  28.05 
 
 		 292 aa  91.7  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.870733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  25.31 
 
 		 368 aa  91.7  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3814  periplasmic solute binding protein  32.14 
 
 		 331 aa  91.3  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.906416  normal  0.0575455 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2139  periplasmic solute binding protein  25.71 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000485962  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0131  periplasmic solute binding protein  25.59 
 
 		 285 aa  90.5  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1937  periplasmic solute binding protein  33.66 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.456944  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  28.65 
 
 		 307 aa  90.1  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  24.86 
 
 		 309 aa  90.1  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1725  periplasmic solute binding protein  28.24 
 
 		 335 aa  89.7  7e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.432414 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  25.25 
 
 		 318 aa  89.7  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2476  periplasmic solute binding protein  25.45 
 
 		 313 aa  89.4  9e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00202006  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  32.37 
 
 		 320 aa  88.6  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1470  periplasmic solute binding protein  25.07 
 
 		 298 aa  89  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0700113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  29.15 
 
 		 346 aa  89  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  28.32 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>