More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0135 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0135  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 318 aa  647    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972392 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0137  periplasmic solute binding protein  96.69 
 
 		 302 aa  550  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0120  periplasmic solute binding protein  96.03 
 
 		 302 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.463624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5108  periplasmic solute binding protein  90.73 
 
 		 302 aa  527  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0059  periplasmic solute binding protein  76.87 
 
 		 309 aa  474  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0275  periplasmic solute binding protein  72.28 
 
 		 313 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5268  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  73.31 
 
 		 311 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72550  putative adhesin  65.79 
 
 		 307 aa  411  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6299  putative adhesin  65.57 
 
 		 307 aa  411  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00830  ABC transporter, periplasmic binding protein  66.89 
 
 		 297 aa  375  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2593  high-affinity zinc transporter periplasmic component  39.1 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00016843  normal  0.856449 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2050  high-affinity zinc transporter periplasmic component  40.34 
 
 		 314 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153419  normal  0.0811015 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1827  high-affinity zinc transporter periplasmic component  39.17 
 
 		 339 aa  210  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0735941  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1329  high-affinity zinc transporter periplasmic component  39.45 
 
 		 352 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00390701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1357  high-affinity zinc transporter periplasmic component  40 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461561 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1233  high-affinity zinc transporter periplasmic component  40 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00176582  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2045  high-affinity zinc transporter periplasmic component  40 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.279295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2105  high-affinity zinc transporter periplasmic component  40 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.060713  normal  0.639588 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0953  high-affinity zinc transporter periplasmic component  39.1 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0035869  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2087  high-affinity zinc transporter periplasmic component  39.45 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000165105  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2718  periplasmic solute binding protein  36.59 
 
 		 344 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11219  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2142  high-affinity zinc transporter periplasmic component  37.58 
 
 		 340 aa  207  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000717331  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1783  periplasmic solute binding protein  40 
 
 		 328 aa  206  4e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000935054  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01828  high-affinity zinc transporter periplasmic component  40 
 
 		 310 aa  206  5e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0190601  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01816  hypothetical protein  40 
 
 		 310 aa  206  5e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0117492  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1951  high-affinity zinc transporter periplasmic component  40 
 
 		 310 aa  206  5e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00866903  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1775  high-affinity zinc transporter periplasmic component  40 
 
 		 310 aa  206  5e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000650264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2384  periplasmic solute binding protein  36.16 
 
 		 351 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691591  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2251  high-affinity zinc transporter periplasmic component  36.09 
 
 		 340 aa  202  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000558415  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2111  high-affinity zinc transporter periplasmic component  37.38 
 
 		 339 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0209857  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1730  periplasmic solute binding protein  40.42 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2426  high-affinity zinc transporter periplasmic component  38.7 
 
 		 314 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000208109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1697  periplasmic solute binding protein  32.56 
 
 		 347 aa  200  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004106  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  37.67 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0852  high-affinity zinc uptake system protein ZnuA precursor  34.09 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0338292  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1122  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  35.56 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.124728  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1027  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  35.56 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2027  high-affinity zinc transporter periplasmic component  37.88 
 
 		 318 aa  196  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000130529  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01361  hypothetical protein  37.54 
 
 		 293 aa  195  7e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2773  high-affinity zinc transporter periplasmic component  36.79 
 
 		 321 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000694266  hitchhiker  0.00715956 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2140  high-affinity zinc transporter periplasmic component  37.54 
 
 		 318 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000251275  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4176  periplasmic solute binding protein  31.87 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1667  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  35.64 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1122  periplasmic solute binding protein  34.56 
 
 		 328 aa  185  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2751  periplasmic solute binding protein  38.29 
 
 		 332 aa  185  8e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2184  ABC transporter substrate binding protein (zinc)  35.25 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.2291  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1194  periplasmic solute binding protein  37.33 
 
 		 329 aa  183  4.0000000000000006e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.170646 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3183  periplasmic solute binding protein  31.58 
 
 		 371 aa  177  3e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0392805  normal  0.124808 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4006  periplasmic solute binding protein  33.11 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129807  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4495  periplasmic solute binding protein  74.55 
 
 		 350 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0577  periplasmic solute binding protein  31.31 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.289421  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1704  putative high-affinity zinc uptake system protein  28.57 
 
 		 356 aa  146  5e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0200273  normal  0.0153509 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1892  periplasmic solute binding protein  27.8 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00897518  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3151  hypothetical protein  31.5 
 
 		 336 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506548 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0312  periplasmic solute binding protein  28.86 
 
 		 362 aa  139  4.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4140  periplasmic solute binding protein  32.12 
 
 		 326 aa  136  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0842  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  25.62 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.290902  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0248  periplasmic solute binding protein  24.33 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2139  periplasmic solute binding protein  31.78 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000485962  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0046  periplasmic solute binding protein  31.3 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3253  periplasmic solute binding protein  31.21 
 
 		 347 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0556768 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0993  zinc ABC transporter, zinc-binding protein  30 
 
 		 323 aa  122  7e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.27598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3571  ABC zinc transporter, periplasmic binding protein ZnuA  30.81 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0937  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  24.32 
 
 		 293 aa  116  5e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.388709  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  30.32 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  28.57 
 
 		 318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  26.17 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0624  periplasmic solute binding protein  28.32 
 
 		 310 aa  112  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.17894  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  31.2 
 
 		 312 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  25.57 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0119  periplasmic solute binding protein  32.2 
 
 		 344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.527461 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1256  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.38 
 
 		 372 aa  109  5e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000280798  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0195  periplasmic solute binding protein  30.11 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.591767  normal  0.474509 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2986  adhesion lipoprotein  30.65 
 
 		 326 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0491  periplasmic solute binding protein  30.04 
 
 		 318 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3616  periplasmic solute binding protein  32 
 
 		 378 aa  109  7.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0144381 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0188  periplasmic solute binding protein  23.64 
 
 		 334 aa  108  9.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.494723  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3437  periplasmic solute binding protein  28.23 
 
 		 358 aa  108  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.18946 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  27.34 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0131  periplasmic solute binding protein  24.41 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  29.33 
 
 		 353 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  30.86 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  25.45 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0139  adhesion protein, putative  27.37 
 
 		 294 aa  106  6e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0377699  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  26.71 
 
 		 316 aa  105  7e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  26.18 
 
 		 316 aa  105  7e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  26.71 
 
 		 316 aa  105  7e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  33.94 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  31.92 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1128  periplasmic solute binding protein  24.54 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.29041 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2103  adhesion lipoprotein  25.97 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2025  putative adhesion lipoprotein  26.14 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1712  periplasmic solute binding protein  33.13 
 
 		 369 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.333525  normal  0.532025 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3534  periplasmic solute binding protein  30.61 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  25.99 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000273282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  26.07 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1851  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  25.82 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.623587  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3284  putative adhesion lipoprotein  25.82 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1602  periplasmic solute binding protein  31.12 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  26.78 
 
 		 345 aa  103  5e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>