More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0935 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
288 aa  597  1e-170  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0203  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.69 
 
 
334 aa  366  1e-100  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.387989  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3869  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.74 
 
 
335 aa  367  1e-100  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.629775  normal  0.828763 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0671  UDP-glucose 4-epimerase  59.09 
 
 
327 aa  367  1e-100  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.301208  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3365  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.94 
 
 
335 aa  355  3.9999999999999996e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.39 
 
 
337 aa  350  1e-95  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000169098 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3899  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.54 
 
 
329 aa  314  9.999999999999999e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.58 
 
 
333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.6 
 
 
327 aa  143  3e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
328 aa  138  1e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
328 aa  129  5.0000000000000004e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.65 
 
 
307 aa  127  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  31.62 
 
 
302 aa  122  7e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0122  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
314 aa  122  7e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000000000109546 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
310 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.33 
 
 
318 aa  120  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.32 
 
 
316 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.31 
 
 
314 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0954433  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.29 
 
 
320 aa  119  7e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
310 aa  119  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.17 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 
305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.08 
 
 
339 aa  116  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.8 
 
 
317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5461  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 
330 aa  113  3e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.82 
 
 
310 aa  112  5e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.83 
 
 
319 aa  112  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.312436  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2678  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.47 
 
 
335 aa  112  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000277993  hitchhiker  0.00000000000000308835 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.2 
 
 
330 aa  112  8.000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.78 
 
 
285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.28 
 
 
310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0803  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.14 
 
 
315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0943322  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.12 
 
 
672 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
672 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.51 
 
 
303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.46 
 
 
328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.68 
 
 
328 aa  110  3e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1187  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.68 
 
 
335 aa  110  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3691  UDP-glucose 4-epimerase  31.56 
 
 
319 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.98 
 
 
313 aa  108  9.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
339 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.443287 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.23 
 
 
352 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.08 
 
 
315 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.14 
 
 
669 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.35 
 
 
309 aa  106  4e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.23 
 
 
352 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.8 
 
 
331 aa  106  5e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.67 
 
 
314 aa  106  5e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 
329 aa  106  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.07 
 
 
354 aa  105  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
352 aa  105  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2330  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.39 
 
 
336 aa  105  7e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000244593  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.96 
 
 
304 aa  105  7e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01011  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.6 
 
 
324 aa  105  7e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
309 aa  105  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
304 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.365657  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 
321 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
331 aa  104  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0648845  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
347 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131148 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5517  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.77 
 
 
315 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4825  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
324 aa  103  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 
315 aa  103  3e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.35 
 
 
367 aa  103  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.07 
 
 
330 aa  103  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.46913  normal  0.0352982 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3455  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 
335 aa  103  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
323 aa  103  4e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.362508 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.18 
 
 
323 aa  103  4e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.18 
 
 
313 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 
325 aa  103  5e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2392  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.46 
 
 
316 aa  102  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325743  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.35 
 
 
346 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.544479  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
304 aa  102  7e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3576  UDP-glucuronate 5'-epimerase  30.89 
 
 
335 aa  102  8e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.35 
 
 
318 aa  102  9e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.6 
 
 
341 aa  102  9e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
319 aa  101  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 
310 aa  101  1e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.07 
 
 
334 aa  101  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2449  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  30.38 
 
 
336 aa  100  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0862725  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 
317 aa  100  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.307285  normal  0.160905 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 
332 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.42 
 
 
310 aa  100  2e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.453654  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
345 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.6 
 
 
369 aa  100  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.17 
 
 
330 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0707  nucleotide sugar epimerase  29.72 
 
 
323 aa  101  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.15214  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0795  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.71 
 
 
344 aa  101  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0690  NAD dependent epimerase/dehydratase family  26.71 
 
 
345 aa  101  2e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.595947  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
319 aa  100  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 
317 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 
336 aa  100  3e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.150051  normal  0.64899 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
322 aa  100  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0796  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 
344 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.45 
 
 
335 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3445  glutamine amidotransferase  28.74 
 
 
332 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.210367 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>