61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0541 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0541  putative transmembrane protein  100 
 
 		 344 aa  681    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0295849  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0648  putative transmembrane protein  65.31 
 
 		 347 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.284088 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2049  hypothetical protein  47.52 
 
 		 346 aa  233  5e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0108461  normal  0.0527742 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3429  hypothetical protein  45.35 
 
 		 346 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.29476  normal  0.435156 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3936  hypothetical protein  44.74 
 
 		 346 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0442068  normal  0.0955478 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2451  hypothetical protein  45.54 
 
 		 344 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1835  hypothetical protein  38.37 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1882  TadE family protein  45.37 
 
 		 343 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284808  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5859  putative transmembrane protein  36.24 
 
 		 372 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0264309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1894  TadE family protein  45.37 
 
 		 343 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.321739  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1671  hypothetical protein  45.37 
 
 		 343 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0834  hypothetical protein  45.37 
 
 		 343 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.444868  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2050  hypothetical protein  45.37 
 
 		 343 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0508735  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0327  TadE-like protein  45.37 
 
 		 343 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.270104  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0657  hypothetical protein  31.46 
 
 		 356 aa  166  8e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0992013 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0797  hypothetical protein  36.47 
 
 		 349 aa  158  1e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1750  hypothetical protein  30.58 
 
 		 421 aa  70.5  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0802  hypothetical protein  35.39 
 
 		 175 aa  64.3  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2270  hypothetical protein  50.94 
 
 		 418 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.763096  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3141  hypothetical protein  30.34 
 
 		 383 aa  57.8  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7199  hypothetical protein  42.86 
 
 		 423 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0783166  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0645  hypothetical protein  44.83 
 
 		 434 aa  57  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.171789  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1146  hypothetical protein  30.34 
 
 		 383 aa  56.6  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6370  hypothetical protein  42.86 
 
 		 423 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.632795 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5496  hypothetical protein  42.86 
 
 		 423 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.117089  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6782  hypothetical protein  42.86 
 
 		 423 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15597  normal  0.0675902 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3961  hypothetical protein  30.32 
 
 		 381 aa  55.1  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.341792 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5998  hypothetical protein  32.67 
 
 		 423 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6294  hypothetical protein  30.69 
 
 		 423 aa  53.5  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0795  hypothetical protein  43.55 
 
 		 424 aa  52  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0510548  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3087  hypothetical protein  48.94 
 
 		 418 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2962  hypothetical protein  48.94 
 
 		 418 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.937214  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4668  membrane protein  32.86 
 
 		 603 aa  52.4  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.270258  decreased coverage  0.000905292 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1528  membrane protein  34.04 
 
 		 603 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.721881  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1048  membrane protein  34.04 
 
 		 603 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.795857  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1504  membrane protein  33.59 
 
 		 608 aa  50.4  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000532172 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4453  hypothetical protein  28.49 
 
 		 589 aa  50.4  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2052  hypothetical protein  34.15 
 
 		 418 aa  49.7  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1163  hypothetical protein  33.64 
 
 		 323 aa  48.9  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.724122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1725  hypothetical protein  34.91 
 
 		 626 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.299353  hitchhiker  0.00000909946 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1524  hypothetical protein  34.21 
 
 		 409 aa  47.8  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2370  hypothetical protein  39.68 
 
 		 461 aa  47.4  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.217776  normal  0.232685 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5903  hypothetical protein  30.36 
 
 		 417 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0583  hypothetical protein  38.46 
 
 		 414 aa  47  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.525477 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1496  hypothetical protein  30.96 
 
 		 427 aa  47.4  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2551  hypothetical protein  38.14 
 
 		 533 aa  46.2  0.0009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.340371  normal  0.222615 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2655  hypothetical protein  37.74 
 
 		 412 aa  45.8  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3661  hypothetical protein  34.12 
 
 		 575 aa  45.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2636  hypothetical protein  55.56 
 
 		 310 aa  44.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2645  hypothetical protein  41.3 
 
 		 319 aa  44.3  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2535  hypothetical protein  34.65 
 
 		 602 aa  44.3  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1950  hypothetical protein  41.67 
 
 		 602 aa  44.3  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000061585  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2930  hypothetical protein  42.11 
 
 		 353 aa  43.5  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.437122  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5416  transmembrane protein  33.85 
 
 		 563 aa  43.5  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.191412  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1771  hypothetical protein  40 
 
 		 602 aa  43.5  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00140523  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0124  hypothetical protein  40 
 
 		 602 aa  43.5  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000266977  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1775  hypothetical protein  40 
 
 		 602 aa  43.1  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00194073  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2733  von Willebrand factor type A  43.4 
 
 		 406 aa  43.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1796  hypothetical protein  40 
 
 		 602 aa  43.5  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00710697  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1041  hypothetical protein  40 
 
 		 602 aa  43.5  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0184089  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2358  hypothetical protein  38.78 
 
 		 437 aa  42.7  0.01  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>