More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4090 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4090  putative MerR/CueR family transcriptional regulator  100 
 
 		 137 aa  273  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849727  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02983  putative transcription regulator protein  67.88 
 
 		 152 aa  186  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.179274  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1701  transcriptional regulator, MerR family  67.16 
 
 		 152 aa  181  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.201474  normal  0.917872 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2009  transcriptional regulator, MerR family  66.42 
 
 		 152 aa  180  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3404  MerR family transcriptional regulator  64.89 
 
 		 155 aa  161  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4066  MerR family transcriptional regulator  61.76 
 
 		 152 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3455  MerR family transcriptional regulator  61.76 
 
 		 152 aa  161  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.340256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2710  MerR family transcriptional regulator  63.36 
 
 		 156 aa  157  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3219  MerR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 147 aa  140  8e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199693  normal  0.39103 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0226  MerR family transcriptional regulator  55.73 
 
 		 154 aa  140  9e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0208  MerR family regulatory protein  54.96 
 
 		 154 aa  137  4.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.7803  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  49.62 
 
 		 164 aa  131  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001159  transcriptional regulator  46.62 
 
 		 145 aa  127  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2454  transcriptional regulator, MerR family  52.34 
 
 		 159 aa  125  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.589296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 149 aa  124  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 149 aa  124  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7475  MerR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 162 aa  124  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0838  MerR family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 145 aa  124  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1697  MerR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 157 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0869  MerR family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 145 aa  123  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29010  MerR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 162 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144199 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3103  MerR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 145 aa  121  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2990  MerR family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 159 aa  120  7e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645103  normal  0.0838821 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7478  MerR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 149 aa  120  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2702  MerR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 159 aa  115  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3996  MerR family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 143 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1699  MerR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00675025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5680  MerR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 171 aa  105  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6044  MerR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 171 aa  105  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.112939 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 138 aa  103  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  41.46 
 
 		 129 aa  85.5  2e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  41.46 
 
 		 129 aa  84.3  5e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 141 aa  81.6  0.000000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4528  transcriptional regulator, MerR family  50.56 
 
 		 129 aa  78.6  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 149 aa  78.2  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  37.5 
 
 		 132 aa  76.3  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3397  MerR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 117 aa  75.9  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  35.88 
 
 		 154 aa  75.5  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  35.9 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  35.9 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  48 
 
 		 129 aa  73.9  0.0000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 146 aa  73.6  0.0000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0693  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 153 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06131  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  33.08 
 
 		 128 aa  73.2  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  37.19 
 
 		 129 aa  72  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3477  MerR family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 120 aa  72.4  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.137212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0396  zinc-responsive transcriptional regulator  49.33 
 
 		 177 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000328  HTH-type transcriptional regulator CueR  36.73 
 
 		 128 aa  71.6  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000000737909  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0853  MerR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 146 aa  70.9  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  38.52 
 
 		 147 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0211  transcriptional regulator, MerR family protein  34.78 
 
 		 148 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.23 
 
 		 135 aa  70.1  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  33.06 
 
 		 139 aa  70.5  0.000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.23 
 
 		 135 aa  70.1  0.000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0271  MerR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 156 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2352  MerR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 152 aa  70.1  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  36.23 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  36.23 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1155  transcriptional regulator, MerR family  42 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0258201  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  36.23 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  40.8 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.23 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.23 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.23 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.23 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 145 aa  69.7  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1646  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  33.33 
 
 		 132 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  39.2 
 
 		 138 aa  70.1  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3839  zinc-responsive transcriptional regulator  46.67 
 
 		 171 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.231012 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4035  zinc-responsive transcriptional regulator  46.67 
 
 		 176 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0446  zinc-responsive transcriptional regulator  48 
 
 		 157 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3583  zinc-responsive transcriptional regulator  48 
 
 		 157 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002186  zinc-responsive transcriptional regulator  33.07 
 
 		 132 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00879391  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  46.67 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3912  zinc-responsive transcriptional regulator  46.67 
 
 		 171 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  39.34 
 
 		 159 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  46.67 
 
 		 159 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.77 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.59 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 157 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2464  transcriptional regulator, MerR family  35.54 
 
 		 137 aa  67.8  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.59 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.59 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2836  transcriptional regulator, MerR family  37.11 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0442  zinc-responsive transcriptional regulator  46.67 
 
 		 157 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.59 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3411  zinc-responsive transcriptional regulator  44.74 
 
 		 158 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3585  MerR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 152 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229473 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3400  zinc-responsive transcriptional regulator  46.67 
 
 		 156 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3819  MerR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 153 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0221891 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 129 aa  67  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0443  zinc-responsive transcriptional regulator  46.67 
 
 		 163 aa  67  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  47.76 
 
 		 134 aa  67  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  47.76 
 
 		 134 aa  67  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0543  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 158 aa  66.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.166066  hitchhiker  0.000000593111 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3005  MerR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 144 aa  66.2  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.44472  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>