More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2120 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
263 aa  520  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0243564  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2103  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  93.16 
 
 
263 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153016  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1200  transmembrane permease ABC transporter protein  87.07 
 
 
263 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.441856  normal  0.826922 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.07 
 
 
263 aa  447  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.69 
 
 
263 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal  0.968824 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.28 
 
 
277 aa  411  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.544063  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2274  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.45 
 
 
279 aa  407  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.63 
 
 
274 aa  386  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199065  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.8 
 
 
274 aa  384  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.146122 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2355  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  73.8 
 
 
274 aa  386  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214574  normal  0.0382396 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.91 
 
 
283 aa  381  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.87 
 
 
262 aa  292  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0285  ABC transporter, permease protein  61.48 
 
 
263 aa  288  6e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0261  ABC transporter, permease protein  61.48 
 
 
263 aa  288  9e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.597346  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.3 
 
 
259 aa  286  2.9999999999999996e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.947992  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2256  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.59 
 
 
268 aa  284  8e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3278  ABC transporter related protein  61.66 
 
 
257 aa  279  3e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000407876  normal  0.0335836 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.7 
 
 
260 aa  279  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324199  normal  0.863766 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.42 
 
 
266 aa  275  4e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.498595  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3212  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.09 
 
 
271 aa  272  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896165  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.4 
 
 
276 aa  271  7e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.960786  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.4 
 
 
276 aa  271  7e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6067  ABC transporter permease  63.68 
 
 
261 aa  261  8e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.44 
 
 
264 aa  248  9e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.440017  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2107  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.77 
 
 
265 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3334  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.36 
 
 
265 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.227064  normal  0.190195 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3330  ABC transporter membrane spanning protein  41.73 
 
 
295 aa  205  5e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.13 
 
 
293 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.877762  normal  0.739003 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5341  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.06 
 
 
293 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.7364 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.89 
 
 
295 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.739127  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.67 
 
 
295 aa  189  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0037  ABC transporter, permease protein  44.13 
 
 
259 aa  187  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2699  ABC transporter, permease protein  43.72 
 
 
282 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2678  ABC transporter, permease protein  43.72 
 
 
285 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0253  ABC transporter, permease protein  43.72 
 
 
282 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.735185  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3274  ABC transporter, permease protein  43.72 
 
 
282 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1853  ABC transporter, permease protein  43.72 
 
 
282 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.989072  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0040  ABC transporter, permease protein  43.72 
 
 
282 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0040  ABC transporter, permease protein  43.72 
 
 
282 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.522623  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.9 
 
 
287 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.32 
 
 
285 aa  185  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.090458  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.32 
 
 
285 aa  185  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
282 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.37 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.033554  normal  0.953446 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.72 
 
 
282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.589022  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.72 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
287 aa  182  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753159  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.32 
 
 
285 aa  183  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3216  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  43.32 
 
 
285 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0493  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  44.49 
 
 
287 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.114665  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.06 
 
 
294 aa  175  6e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0684117  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0950  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.09 
 
 
283 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.616045  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
329 aa  155  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0622  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
257 aa  142  5e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
280 aa  142  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0794658  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 
271 aa  137  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.88 
 
 
292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.95 
 
 
279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.667278  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.95 
 
 
279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.568124  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
249 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.04587  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
279 aa  131  9e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1834  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.69 
 
 
268 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.101401  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
257 aa  127  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116723  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.63161  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.6 
 
 
272 aa  125  6e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1169  putative ABC transporter permease protein  32.92 
 
 
279 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.99 
 
 
281 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.74 
 
 
290 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.18 
 
 
261 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0637  ABC transporter, permease  30.33 
 
 
250 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00537874  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0881  putative ABC transporter, permease protein  30.33 
 
 
251 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00328051  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0797  ABC transporter, permease protein, putative  29.92 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0693  ABC transporter permease  30.33 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0784  putative ABC transporter, permease protein  30.58 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.605831  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0637  ABC transporter, permease  30.33 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0727  ABC transporter permease  30.33 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0363276  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0804  putative ABC transporter, permease protein  30.33 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.22036e-46 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4547  putative ABC transporter, permease protein  29.92 
 
 
251 aa  116  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.113137  normal  0.441246 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.92 
 
 
251 aa  117  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.48 
 
 
243 aa  116  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000865  hydroxymethylpyrimidine ABC transporter transmembrane component  32.26 
 
 
266 aa  116  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 
250 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.76 
 
 
264 aa  116  5e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.8 
 
 
284 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06840  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system permease component  31.45 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.46 
 
 
256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1306  ABC transporter, permease component  32.11 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334764  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
289 aa  113  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.276752  normal  0.204471 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.55 
 
 
273 aa  113  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0981  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  27.06 
 
 
279 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
270 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.07 
 
 
253 aa  112  6e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.283078  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.98 
 
 
255 aa  112  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
281 aa  112  7.000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6300  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
272 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.22 
 
 
274 aa  112  8.000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.240571  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.12 
 
 
278 aa  112  8.000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000965537  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>