More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1061 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A1097  AMP-dependent synthetase and ligase  86.8 
 
 		 576 aa  1040    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2698  AMP-dependent synthetase and ligase  59.44 
 
 		 603 aa  704    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  64 
 
 		 571 aa  741    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.67437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1061  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 595 aa  1233    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1226  AMP-dependent synthetase and ligase  46 
 
 		 539 aa  480  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  45.65 
 
 		 539 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.683359  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0835  AMP-dependent synthetase and ligase  45.12 
 
 		 539 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  46.04 
 
 		 576 aa  472  1e-132  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154325  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1316  AMP-dependent synthetase and ligase  45.12 
 
 		 539 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1298  AMP-dependent synthetase and ligase  44.4 
 
 		 539 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.313083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2753  acetyl-coenzyme A synthetase  44.34 
 
 		 541 aa  463  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.522899  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1992  AMP-dependent synthetase and ligase  44.76 
 
 		 539 aa  462  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4459  AMP-dependent synthetase and ligase  44.76 
 
 		 539 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110005  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0802  acetyl-coenzyme A synthetase  43.16 
 
 		 555 aa  457  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1509  acetyl-coenzyme A synthetase  43.16 
 
 		 555 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.611762  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2199  AMP-dependent synthetase and ligase  46.03 
 
 		 538 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00574882  normal  0.320928 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1317  acetyl-coenzyme A synthetase  43.35 
 
 		 541 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1709  acetyl-coenzyme A synthetase  43.35 
 
 		 541 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1539  acetyl-CoA synthetase  43.17 
 
 		 541 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0554  acetyl-coenzyme A synthetase  43.35 
 
 		 541 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0599  acetyl-coenzyme A synthetase  43.35 
 
 		 541 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197066  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1850  AMP-dependent synthetase and ligase  43.36 
 
 		 557 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0104238  hitchhiker  0.00000000609851 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1395  putative acetyl-CoA synthetase  42.98 
 
 		 556 aa  451  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.527272 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1158  AMP-dependent synthetase and ligase  44.78 
 
 		 544 aa  444  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.187529  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0445  AMP-dependent synthetase and ligase  44.19 
 
 		 562 aa  440  9.999999999999999e-123  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2522  AMP-dependent synthetase and ligase  43.13 
 
 		 547 aa  438  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.519207 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2727  AMP-dependent synthetase and ligase  41.77 
 
 		 553 aa  434  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3985  AMP-(fatty) acid ligase protein  41.42 
 
 		 551 aa  435  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2096  AMP-dependent synthetase and ligase  45.07 
 
 		 532 aa  425  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3984  AMP-dependent synthetase and ligase  43.49 
 
 		 535 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3543  AMP-dependent synthetase and ligase  41.28 
 
 		 543 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3527  AMP-dependent synthetase and ligase  41.16 
 
 		 535 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305269  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3834  AMP-dependent synthetase and ligase  40.47 
 
 		 543 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.077636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1946  AMP-dependent synthetase and ligase  41.43 
 
 		 558 aa  405  1e-111  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6789  Acetyl-coenzyme A synthetase  41.08 
 
 		 535 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00873195  normal  0.0465133 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4946  AMP-dependent synthetase and ligase  42.45 
 
 		 539 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401789  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4898  AMP-dependent synthetase and ligase  42.65 
 
 		 562 aa  390  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3285  AMP-dependent synthetase and ligase  42.78 
 
 		 513 aa  390  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.319126 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4434  AMP-dependent synthetase and ligase  42.65 
 
 		 562 aa  387  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.51276 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  37.79 
 
 		 552 aa  376  1e-103  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  39.32 
 
 		 552 aa  375  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0837  AMP-dependent synthetase and ligase  38.28 
 
 		 562 aa  354  2e-96  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0860  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 541 aa  332  1e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184863  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5971  AMP-dependent synthetase and ligase  37.81 
 
 		 557 aa  331  3e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5727  AMP-dependent synthetase and ligase  38.17 
 
 		 557 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0011  AMP-dependent synthetase and ligase  35.92 
 
 		 560 aa  326  9e-88  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4442  AMP-dependent synthetase and ligase  38.77 
 
 		 525 aa  320  6e-86  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0647357  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  36.12 
 
 		 530 aa  320  6e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2870  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 554 aa  319  9e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.267042  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0450  acetyl-CoA synthetase, putative  35.19 
 
 		 556 aa  318  1e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.348474  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2545  AMP-dependent synthetase and ligase  36.56 
 
 		 563 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1601  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 		 555 aa  318  2e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605895  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  36.5 
 
 		 530 aa  318  2e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6230  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 		 555 aa  317  3e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0818305 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6706  AMP-dependent synthetase and ligase  36.48 
 
 		 555 aa  317  6e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.332078 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5345  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 555 aa  316  7e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.526567  normal  0.149632 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3103  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 		 562 aa  314  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0304891 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  36.92 
 
 		 548 aa  313  4.999999999999999e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0735  AMP-dependent synthetase and ligase  38.57 
 
 		 526 aa  313  4.999999999999999e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 		 555 aa  310  6.999999999999999e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6650  AMP-dependent synthetase and ligase  35.3 
 
 		 555 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.187085  normal  0.039348 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  35.77 
 
 		 537 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4371  AMP-dependent synthetase and ligase  34.43 
 
 		 553 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1141  AMP-dependent synthetase and ligase  38.09 
 
 		 522 aa  303  6.000000000000001e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.41787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  35.05 
 
 		 551 aa  303  8.000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  35.23 
 
 		 528 aa  300  4e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  34.66 
 
 		 609 aa  300  4e-80  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2909  AMP-dependent synthetase and ligase  35.95 
 
 		 563 aa  300  5e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.522952  normal  0.436285 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  35.09 
 
 		 528 aa  299  8e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2213  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 		 561 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.548227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3458  AMP-dependent synthetase and ligase  34.31 
 
 		 547 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0975472  normal  0.641138 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  35.1 
 
 		 528 aa  298  2e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  35.1 
 
 		 528 aa  298  2e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  35.1 
 
 		 528 aa  298  2e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  35.1 
 
 		 522 aa  298  2e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 		 552 aa  298  2e-79  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0992498 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31500  putative AMP-binding protein  35.91 
 
 		 555 aa  298  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.555085  hitchhiker  0.0000351198 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  35.55 
 
 		 528 aa  297  3e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  34.91 
 
 		 522 aa  296  5e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1839  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 		 548 aa  296  9e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.331932  normal  0.165167 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3525  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 549 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.244199 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  34.84 
 
 		 528 aa  295  2e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  34.91 
 
 		 528 aa  295  2e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2681  putative AMP-binding protein  35.53 
 
 		 555 aa  294  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  33.68 
 
 		 616 aa  293  5e-78  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0003  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 		 557 aa  293  5e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0974739 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  34.59 
 
 		 528 aa  292  1e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3983  AMP-dependent synthetase and ligase  35.57 
 
 		 557 aa  291  3e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6131  AMP-dependent synthetase and ligase  34.13 
 
 		 557 aa  289  8e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0231902 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  32.92 
 
 		 571 aa  288  2e-76  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 567 aa  287  4e-76  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  30.03 
 
 		 586 aa  286  1.0000000000000001e-75  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  33.85 
 
 		 566 aa  286  1.0000000000000001e-75  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3109  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 557 aa  281  3e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.396684  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7028  acetyl-CoA synthetase  37.09 
 
 		 585 aa  280  4e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.277819 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2685  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 539 aa  279  1e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2631  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 539 aa  279  1e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4560  acetyl-CoA synthetase  32.5 
 
 		 572 aa  277  3e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4394  acetyl-CoA synthetase  32.5 
 
 		 572 aa  278  3e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4797  acetyl-CoA synthetase  32.5 
 
 		 572 aa  278  3e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>