More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0735 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0735  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
526 aa  1072    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3527  AMP-dependent synthetase and ligase  51.24 
 
 
535 aa  475  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305269  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2753  acetyl-coenzyme A synthetase  48.79 
 
 
541 aa  464  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.522899  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0835  AMP-dependent synthetase and ligase  49.53 
 
 
539 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1316  AMP-dependent synthetase and ligase  49.53 
 
 
539 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1226  AMP-dependent synthetase and ligase  49.05 
 
 
539 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1298  AMP-dependent synthetase and ligase  49.62 
 
 
539 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.313083  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1201  AMP-dependent synthetase and ligase  48.85 
 
 
539 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.683359  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0802  acetyl-coenzyme A synthetase  48.95 
 
 
555 aa  456  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1539  acetyl-CoA synthetase  48.95 
 
 
541 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0554  acetyl-coenzyme A synthetase  48.95 
 
 
541 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1317  acetyl-coenzyme A synthetase  48.95 
 
 
541 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0599  acetyl-coenzyme A synthetase  48.95 
 
 
541 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197066  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1509  acetyl-coenzyme A synthetase  48.76 
 
 
555 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.611762  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1709  acetyl-coenzyme A synthetase  48.95 
 
 
541 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4459  AMP-dependent synthetase and ligase  48.49 
 
 
539 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110005  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1992  AMP-dependent synthetase and ligase  48.09 
 
 
539 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  49.04 
 
 
576 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154325  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1395  putative acetyl-CoA synthetase  49.34 
 
 
556 aa  449  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.527272 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1850  AMP-dependent synthetase and ligase  49.15 
 
 
557 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0104238  hitchhiker  0.00000000609851 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0445  AMP-dependent synthetase and ligase  49.33 
 
 
562 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6789  Acetyl-coenzyme A synthetase  47.49 
 
 
535 aa  443  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00873195  normal  0.0465133 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2727  AMP-dependent synthetase and ligase  48.6 
 
 
553 aa  442  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2096  AMP-dependent synthetase and ligase  47.87 
 
 
532 aa  442  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.234813 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1158  AMP-dependent synthetase and ligase  48.57 
 
 
544 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.187529  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2199  AMP-dependent synthetase and ligase  48.19 
 
 
538 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00574882  normal  0.320928 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3985  AMP-(fatty) acid ligase protein  46.86 
 
 
551 aa  433  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2522  AMP-dependent synthetase and ligase  49.79 
 
 
547 aa  431  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.519207 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3984  AMP-dependent synthetase and ligase  46.34 
 
 
535 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3834  AMP-dependent synthetase and ligase  44.36 
 
 
543 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.077636  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3543  AMP-dependent synthetase and ligase  44.95 
 
 
543 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3285  AMP-dependent synthetase and ligase  45.58 
 
 
513 aa  407  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.319126 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4946  AMP-dependent synthetase and ligase  45.25 
 
 
539 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401789  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4434  AMP-dependent synthetase and ligase  45 
 
 
562 aa  382  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.51276 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4898  AMP-dependent synthetase and ligase  45.12 
 
 
562 aa  383  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1946  AMP-dependent synthetase and ligase  39.78 
 
 
558 aa  332  9e-90  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  39.14 
 
 
571 aa  330  3e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.67437  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2698  AMP-dependent synthetase and ligase  38.66 
 
 
603 aa  320  6e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1061  AMP-dependent synthetase and ligase  38.57 
 
 
595 aa  313  3.9999999999999997e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652344  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0860  AMP-dependent synthetase and ligase  39.65 
 
 
541 aa  311  2e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184863  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1097  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 
576 aa  309  9e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0837  AMP-dependent synthetase and ligase  41.06 
 
 
562 aa  293  6e-78  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  36.23 
 
 
552 aa  291  2e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000941409  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1141  AMP-dependent synthetase and ligase  37.55 
 
 
522 aa  290  4e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.41787  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  37.02 
 
 
552 aa  279  8e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4442  AMP-dependent synthetase and ligase  36.66 
 
 
525 aa  278  1e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0647357  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0711  acetyl-CoA synthetase  34.91 
 
 
571 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1245  AMP-dependent synthetase and ligase  35.89 
 
 
548 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.267383  normal  0.0561993 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1788  acetyl-CoA synthetase  34.09 
 
 
568 aa  266  5e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.373968  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2729  acetyl-CoA synthetase  34.23 
 
 
571 aa  266  5e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1823  acetyl-CoA synthetase  34.09 
 
 
568 aa  266  5e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000207861  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 
571 aa  262  1e-68  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  36.02 
 
 
537 aa  262  1e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4493  acetyl-CoA synthetase  34.27 
 
 
572 aa  259  1e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0011  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 
560 aa  258  2e-67  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4801  acetyl-CoA synthetase  34.72 
 
 
572 aa  257  3e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4394  acetyl-CoA synthetase  34.35 
 
 
572 aa  257  4e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4411  acetyl-CoA synthetase  34.35 
 
 
572 aa  257  4e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0464  acetyl-CoA synthetase  34.35 
 
 
572 aa  257  4e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000164986 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4775  acetyl-CoA synthetase  34.35 
 
 
572 aa  257  4e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4797  acetyl-CoA synthetase  34.35 
 
 
572 aa  257  4e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4780  acetyl-CoA synthetase  34.72 
 
 
572 aa  257  5e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4560  acetyl-CoA synthetase  34.72 
 
 
572 aa  256  5e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4915  acetyl-CoA synthetase  34.72 
 
 
572 aa  256  5e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3335  acetyl-CoA synthetase  33.78 
 
 
572 aa  255  2.0000000000000002e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  33.71 
 
 
616 aa  253  5.000000000000001e-66  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  34.33 
 
 
552 aa  251  2e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0992498 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  34.89 
 
 
566 aa  251  3e-65  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2597  acetyl-CoA synthetase  35.34 
 
 
588 aa  250  5e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0867997  hitchhiker  0.000215379 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  31.33 
 
 
528 aa  248  1e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4543  acetyl-CoA synthetase  31.33 
 
 
528 aa  248  2e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4896  acetyl-CoA synthetase  31.33 
 
 
522 aa  248  2e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4763  putative acetyl-CoA synthetase  31.33 
 
 
528 aa  248  2e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31500  putative AMP-binding protein  37.42 
 
 
555 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.555085  hitchhiker  0.0000351198 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4371  AMP-dependent synthetase and ligase  35.44 
 
 
553 aa  247  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2681  putative AMP-binding protein  37.22 
 
 
555 aa  247  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 
555 aa  246  6.999999999999999e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  31.14 
 
 
528 aa  246  8e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  30.95 
 
 
522 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3458  AMP-dependent synthetase and ligase  37.37 
 
 
547 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0975472  normal  0.641138 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0481  putative acetyl-CoA synthetase  30.95 
 
 
528 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00004152 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6131  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 
557 aa  244  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0231902 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1681  AMP-dependent synthetase and ligase  33.71 
 
 
555 aa  243  3.9999999999999997e-63  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.89042  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 
609 aa  243  6e-63  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4780  putative acetyl-CoA synthetase  30.95 
 
 
528 aa  243  6e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  30.75 
 
 
528 aa  243  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0388  acetyl-CoA synthetase  35.52 
 
 
602 aa  242  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3103  AMP-dependent synthetase and ligase  37.25 
 
 
562 aa  242  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0304891 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2174  acetyl-CoA synthetase  33.21 
 
 
588 aa  241  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.181143  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4476  AMP-dependent synthetase and ligase  30.75 
 
 
528 aa  241  2e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  31.41 
 
 
528 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  32.37 
 
 
530 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  32.82 
 
 
530 aa  240  5e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1839  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 
548 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.331932  normal  0.165167 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 
548 aa  239  8e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3600  acetyl-CoA synthetase  33.96 
 
 
584 aa  238  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7028  acetyl-CoA synthetase  35.55 
 
 
585 aa  238  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.277819 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1412  acetyl-CoA synthetase  35.89 
 
 
587 aa  237  4e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2702  AMP-dependent synthetase and ligase  33.12 
 
 
498 aa  236  7e-61  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2708  acetyl-CoA synthetase  34.27 
 
 
576 aa  236  8e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.180648  hitchhiker  0.00000972511 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>