More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1711 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1711  histidine kinase internal protein  100 
 
 		 347 aa  687    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462992  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1948  histidine kinase internal region  64.97 
 
 		 354 aa  394  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.78828  hitchhiker  0.00774821 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3671  histidine kinase internal region  70.28 
 
 		 352 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1362  histidine kinase internal region  62.85 
 
 		 366 aa  385  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3097  histidine kinase internal region  69.14 
 
 		 372 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5317  histidine kinase internal region  63.69 
 
 		 364 aa  354  2e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.500348  normal  0.455673 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1353  histidine kinase internal region  65.11 
 
 		 384 aa  353  2e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3313  histidine kinase internal region  62.04 
 
 		 355 aa  347  2e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.569837  normal  0.103131 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2665  histidine kinase internal region  61.47 
 
 		 355 aa  345  7e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.662272  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3090  histidine kinase internal region  53.89 
 
 		 349 aa  307  2.0000000000000002e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1112  putative two-component system sensor protein  47.06 
 
 		 318 aa  245  8e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0563295  normal  0.307234 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3680  histidine kinase internal region  37.85 
 
 		 341 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0037  histidine kinase internal region  35.71 
 
 		 340 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0230  two-component system sensor ATPase  46.73 
 
 		 358 aa  172  7.999999999999999e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.779882 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1434  histidine kinase internal region  40.43 
 
 		 369 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.675991  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2672  sensory transduction protein kinase AlgZ  34.36 
 
 		 346 aa  153  4e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000156498 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0489  histidine kinase internal region  32.34 
 
 		 372 aa  152  5.9999999999999996e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0126  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  34 
 
 		 360 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0032  sensory transduction protein kinase AlgZ  43.98 
 
 		 364 aa  151  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0064  histidine kinase internal region  34 
 
 		 360 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3669  sensory transduction protein kinase AlgZ  38.5 
 
 		 343 aa  150  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00147493  normal  0.157843 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0014  signal transduction histidine kinase, LytS  35.84 
 
 		 346 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.292227 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2150  signal transduction histidine kinase, LytS  42.05 
 
 		 367 aa  144  3e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000713054  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3532  histidine kinase internal region  40 
 
 		 338 aa  143  4e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.928574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69480  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  35.64 
 
 		 358 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.168313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04139  two-component system sensor protein  35.76 
 
 		 350 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.821661  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6008  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  36 
 
 		 358 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0278  sensory transduction protein kinase AlgZ  36.49 
 
 		 360 aa  138  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2674  signal transduction histidine kinase, LytS  43.26 
 
 		 374 aa  136  5e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  44.38 
 
 		 576 aa  135  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2442  signal transduction histidine kinase, LytS  37.08 
 
 		 367 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0228  histidine kinase internal region  40 
 
 		 381 aa  130  5.0000000000000004e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0985365  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2973  signal transduction histidine kinase, LytS  40.1 
 
 		 369 aa  129  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  37.7 
 
 		 576 aa  127  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  37.82 
 
 		 362 aa  127  3e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  40.11 
 
 		 465 aa  127  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00985  hypothetical protein  36.74 
 
 		 556 aa  126  5e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1289  histidine kinase  43.86 
 
 		 420 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.847717  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0375  signal transduction histidine kinase, LytS  35.43 
 
 		 346 aa  125  9e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0899  signal transduction histidine kinase, LytS  43.88 
 
 		 572 aa  125  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.144133  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1351  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  40.93 
 
 		 414 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1227  histidine kinase internal region  37.19 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  40.25 
 
 		 568 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1260  two-component system, sensor protein  37.19 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.27 
 
 		 422 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.789837  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0377  Signal transduction histidine kinase (STHK), LytS  34.57 
 
 		 576 aa  123  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4800  signal transduction histidine kinase, LytS  42.6 
 
 		 374 aa  122  7e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.670817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0468  signal transduction histidine kinase, LytS  38.54 
 
 		 450 aa  122  9e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3044  signal transduction histidine kinase, LytS  35.53 
 
 		 438 aa  122  9.999999999999999e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.55 
 
 		 446 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1319  membrane receptor, histidine kinase  36.02 
 
 		 560 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1401  histidine kinase  44.09 
 
 		 360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004413  autolysin sensor kinase  35.81 
 
 		 556 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0386  hypothetical protein  38.89 
 
 		 359 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  36.67 
 
 		 403 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2277  sensor histidine kinase  39.13 
 
 		 358 aa  119  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2452  signal transduction histidine kinase, LytS  36.76 
 
 		 408 aa  119  9e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00298598  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000975  autolysin sensor kinase  32.54 
 
 		 342 aa  119  9e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.948194  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07025  histidine kinase  32.29 
 
 		 340 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  36.93 
 
 		 491 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4588  signal transduction histidine kinase, LytS  33.89 
 
 		 561 aa  118  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4847  signal transduction histidine kinase, LytS  33.06 
 
 		 382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.716218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0225  hypothetical protein  35.21 
 
 		 558 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6587  signal transduction histidine kinase, LytS  35.79 
 
 		 352 aa  117  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3342  signal transduction histidine kinase, LytS  38.41 
 
 		 556 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.891854 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2386  signal transduction histidine kinase, LytS  35.18 
 
 		 360 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00850  putative regulator of cell autolysis  37.95 
 
 		 428 aa  116  5e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.432322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0196  histidine kinase  43.01 
 
 		 339 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.918677  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0472  histidine kinase  43.01 
 
 		 339 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1103  histidine kinase  43.01 
 
 		 339 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0280712  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1282  signal transduction histidine kinase, LytS  36.59 
 
 		 569 aa  116  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211527 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1766  signal transduction histidine kinase, LytS  34.4 
 
 		 558 aa  116  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.420125  hitchhiker  0.00747728 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3113  sensor histidine kinase  38.17 
 
 		 561 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.212432 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02055  predicted sensory kinase in two-component system with YehT  38.17 
 
 		 561 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1532  signal transduction histidine kinase, LytS  38.17 
 
 		 561 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.363202  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0918  sensor histidine kinase  38.17 
 
 		 561 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.817517 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02013  hypothetical protein  38.17 
 
 		 561 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2414  sensor histidine kinase  38.17 
 
 		 561 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1521  signal transduction histidine kinase, LytS  38.17 
 
 		 561 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2260  sensor histidine kinase  38.17 
 
 		 561 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3160  histidine kinase internal region  39.44 
 
 		 350 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1152  signal transduction histidine kinase, LytS  35.33 
 
 		 394 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  35.51 
 
 		 578 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  35.96 
 
 		 580 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2882  signal transduction histidine kinase, LytS  34.4 
 
 		 558 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0010106  unclonable  0.0000000000662994 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1228  histidine kinase  43.01 
 
 		 449 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.544927  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2453  histidine kinase internal protein  35.84 
 
 		 568 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.278514  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0958  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 563 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01150  putative regulator of cell autolysis  33.81 
 
 		 440 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5735  signal transduction histidine kinase, LytS  37.5 
 
 		 345 aa  114  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0866  sensor histidine kinase  38.17 
 
 		 561 aa  114  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2134  signal transduction histidine kinase LytS  34.63 
 
 		 394 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.775402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  34.52 
 
 		 357 aa  113  5e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3417  signal transduction histidine kinase, LytS  37.23 
 
 		 559 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.23462  normal  0.076956 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3732  putative regulator of cell autolysis-like  33.14 
 
 		 726 aa  113  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.55783  normal  0.877346 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3938  signal transduction histidine kinase, LytS  32.64 
 
 		 572 aa  113  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4137  signal transduction histidine kinase, LytS  33.06 
 
 		 572 aa  113  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0223  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 		 502 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0222  signal transduction histidine kinase, LytS  32.51 
 
 		 561 aa  112  8.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>