49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2661 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2661  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 111 aa  220  6e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.574569 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5392  helix-turn-helix domain-containing protein  73.08 
 
 		 183 aa  122  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.471231  normal  0.0187132 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1911  putative transcription regulator protein  54.05 
 
 		 112 aa  118  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30630  transcription regulator protein  63.89 
 
 		 122 aa  103  8e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.635425  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0140  helix-turn-helix domain protein  55.07 
 
 		 87 aa  84.3  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.7168 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0830  XRE family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 88 aa  73.9  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.0000289664  hitchhiker  0.0000066158 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1918  transcriptional regulator, XRE family  43.06 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0543598  normal  0.812558 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2282  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 95 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545722  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0510  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 89 aa  59.3  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.152715  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0376  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 82 aa  54.3  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000453716 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4570  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 82 aa  53.9  0.0000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000015798 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1856  hypothetical protein  34.29 
 
 		 141 aa  53.1  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0283  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 99 aa  51.2  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0291  helix-turn-helix domain protein  40.68 
 
 		 92 aa  50.1  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1776  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 79 aa  48.9  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0912116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5937  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 108 aa  47.8  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496478  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5634  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 82 aa  47.4  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.909222  normal  0.150315 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1067  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 86 aa  45.4  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.753603 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0478  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 78 aa  45.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1251  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0705  Cro/CI family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 97 aa  44.3  0.0006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1801  DNA-binding transcriptional regulator HipB  30.77 
 
 		 83 aa  44.3  0.0006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0677  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 78 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0649  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 78 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2711  hypothetical protein  38.98 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.75348 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6581  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0557  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 78 aa  43.9  0.0007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.948289 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1916  hypothetical protein  34.48 
 
 		 93 aa  43.9  0.0007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0669  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 78 aa  43.9  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6254  helix-turn-helix domain-containing protein  38.89 
 
 		 94 aa  43.9  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.853292 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3396  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 97 aa  43.5  0.0009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158475 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6539  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 94 aa  43.9  0.0009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.625099  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1252  putative transcription regulator protein  29.33 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1386  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 101 aa  43.5  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4541  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2898  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 83 aa  42.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 190 aa  41.6  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1476  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 91 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 190 aa  41.6  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0168  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 86 aa  41.2  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0326  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3656  transcriptional regulator, XRE family protein  35 
 
 		 78 aa  40.8  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0622  transcriptional regulator, putative  36.62 
 
 		 303 aa  40  0.01  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.436499  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5133  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 111 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.93216  normal  0.775541 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 110 aa  40  0.01  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  34.33 
 
 		 127 aa  40  0.01  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>