24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3656 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3656  transcriptional regulator, XRE family protein  100 
 
 		 78 aa  161  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0427  transciptional regulator  76.92 
 
 		 82 aa  122  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0669  transcriptional regulator, XRE family  76.92 
 
 		 78 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0557  XRE family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 78 aa  122  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.948289 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0677  XRE family transcriptional regulator  75.64 
 
 		 78 aa  121  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0649  XRE family transcriptional regulator  75.64 
 
 		 78 aa  121  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0705  Cro/CI family transcriptional regulator  75.64 
 
 		 97 aa  120  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3396  XRE family transcriptional regulator  74.36 
 
 		 97 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158475 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0478  XRE family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 78 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4570  XRE family transcriptional regulator  64.06 
 
 		 82 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000015798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0376  XRE family transcriptional regulator  59.38 
 
 		 82 aa  79  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000453716 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0433  Cro/CI family transcriptional regulator  71.11 
 
 		 51 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.248324  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1067  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.753603 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1916  hypothetical protein  39.71 
 
 		 93 aa  47.8  0.00005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6167  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.6 
 
 		 89 aa  43.5  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.689241  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5997  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.84 
 
 		 104 aa  43.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1905  hypothetical protein  39.29 
 
 		 75 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5392  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 183 aa  42.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.471231  normal  0.0187132 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4541  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 108 aa  41.2  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1649  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 80 aa  40.8  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2661  putative transcription regulator protein  35 
 
 		 111 aa  40.8  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.574569 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 276 aa  40.4  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 396 aa  40  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 210 aa  40  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>