27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3396 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3396  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 97 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158475 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0705  Cro/CI family transcriptional regulator  96.91 
 
 		 97 aa  190  6e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0557  XRE family transcriptional regulator  96.15 
 
 		 78 aa  155  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.948289 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0669  transcriptional regulator, XRE family  94.87 
 
 		 78 aa  152  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0677  XRE family transcriptional regulator  94.87 
 
 		 78 aa  151  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0649  XRE family transcriptional regulator  94.87 
 
 		 78 aa  151  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0427  transciptional regulator  78.67 
 
 		 82 aa  123  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0478  XRE family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 78 aa  120  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3656  transcriptional regulator, XRE family protein  74.36 
 
 		 78 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4570  XRE family transcriptional regulator  56.63 
 
 		 82 aa  92  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000015798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0376  XRE family transcriptional regulator  53.01 
 
 		 82 aa  89  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000453716 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0433  Cro/CI family transcriptional regulator  70.21 
 
 		 51 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.248324  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1067  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 86 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.753603 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1916  hypothetical protein  38.46 
 
 		 93 aa  50.8  0.000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4541  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 108 aa  47.8  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5133  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 111 aa  45.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.93216  normal  0.775541 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1649  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 80 aa  44.7  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5392  helix-turn-helix domain-containing protein  40.35 
 
 		 183 aa  43.9  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.471231  normal  0.0187132 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2661  putative transcription regulator protein  38.33 
 
 		 111 aa  43.5  0.0009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.574569 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5937  transcriptional regulator, XRE family  31.96 
 
 		 108 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496478  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5997  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.33 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1905  hypothetical protein  39.29 
 
 		 75 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1911  putative transcription regulator protein  35.09 
 
 		 112 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1094  hypothetical protein  31.82 
 
 		 84 aa  42  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 276 aa  41.6  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6167  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.85 
 
 		 89 aa  40.8  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.689241  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1776  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 79 aa  40.8  0.007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0912116  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>