36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4570 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4570  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 82 aa  169  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000015798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0376  XRE family transcriptional regulator  86.59 
 
 		 82 aa  150  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000453716 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0478  XRE family transcriptional regulator  59.76 
 
 		 78 aa  100  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0649  XRE family transcriptional regulator  56.63 
 
 		 78 aa  94  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0677  XRE family transcriptional regulator  56.63 
 
 		 78 aa  94  7e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0669  transcriptional regulator, XRE family  56.63 
 
 		 78 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0705  Cro/CI family transcriptional regulator  56.63 
 
 		 97 aa  92  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0557  XRE family transcriptional regulator  56.1 
 
 		 78 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.948289 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3396  XRE family transcriptional regulator  56.63 
 
 		 97 aa  92  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158475 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0427  transciptional regulator  56.41 
 
 		 82 aa  86.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3656  transcriptional regulator, XRE family protein  64.06 
 
 		 78 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2661  putative transcription regulator protein  36.62 
 
 		 111 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.574569 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1916  hypothetical protein  36.25 
 
 		 93 aa  52  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0433  Cro/CI family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 51 aa  50.8  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.248324  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1905  hypothetical protein  36.11 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1094  hypothetical protein  36.92 
 
 		 84 aa  47  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5392  helix-turn-helix domain-containing protein  31.88 
 
 		 183 aa  46.2  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.471231  normal  0.0187132 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0339  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 		 115 aa  45.4  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.852602 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 276 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1911  putative transcription regulator protein  29.87 
 
 		 112 aa  45.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1067  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 86 aa  43.9  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.753603 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2004  hypothetical protein  37.1 
 
 		 127 aa  43.5  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2636  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5997  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.36 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 210 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4541  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0377  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 164 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.817561  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 208 aa  42  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2426  hypothetical protein  37.74 
 
 		 75 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 210 aa  41.6  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 208 aa  41.6  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2290  hypothetical protein  37.74 
 
 		 74 aa  41.6  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30630  transcription regulator protein  29.69 
 
 		 122 aa  41.2  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.635425  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1468  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 125 aa  40.8  0.006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000041852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4574  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000193925 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2265  helix-turn-helix domain-containing protein  33.96 
 
 		 115 aa  40.8  0.007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>