30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0478 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0478  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 78 aa  155  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0705  Cro/CI family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 97 aa  121  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0557  XRE family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 78 aa  121  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.948289 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0669  transcriptional regulator, XRE family  76.92 
 
 		 78 aa  120  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0677  XRE family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 78 aa  120  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0649  XRE family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 78 aa  120  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3396  XRE family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 97 aa  120  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158475 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0427  transciptional regulator  73.08 
 
 		 82 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3656  transcriptional regulator, XRE family protein  69.23 
 
 		 78 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4570  XRE family transcriptional regulator  59.76 
 
 		 82 aa  100  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000015798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0376  XRE family transcriptional regulator  58.54 
 
 		 82 aa  100  7e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000453716 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0433  Cro/CI family transcriptional regulator  67.39 
 
 		 51 aa  62  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.248324  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1067  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 86 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.753603 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1916  hypothetical protein  36.36 
 
 		 93 aa  52.8  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1905  hypothetical protein  39.71 
 
 		 75 aa  50.8  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1094  hypothetical protein  38.24 
 
 		 84 aa  49.3  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4541  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5133  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 111 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.93216  normal  0.775541 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2661  putative transcription regulator protein  38.1 
 
 		 111 aa  45.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.574569 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4574  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 103 aa  44.7  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000193925 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1649  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1915  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 80 aa  42.7  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.799088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1911  putative transcription regulator protein  35.59 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1776  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 79 aa  42.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0912116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5392  helix-turn-helix domain-containing protein  37.29 
 
 		 183 aa  41.6  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.471231  normal  0.0187132 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2426  hypothetical protein  37.93 
 
 		 75 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6167  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.51 
 
 		 89 aa  41.6  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.689241  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5997  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.92 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1442  transcriptional regulator, XRE family  46 
 
 		 103 aa  41.2  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0339  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 115 aa  40.8  0.007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.852602 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>