28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0376 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0376  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 82 aa  168  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000453716 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4570  XRE family transcriptional regulator  86.59 
 
 		 82 aa  150  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000015798 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0478  XRE family transcriptional regulator  58.54 
 
 		 78 aa  100  8e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0677  XRE family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 78 aa  89.7  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0649  XRE family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 78 aa  89.7  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3396  XRE family transcriptional regulator  53.01 
 
 		 97 aa  89  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158475 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0669  transcriptional regulator, XRE family  51.81 
 
 		 78 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0705  Cro/CI family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 97 aa  87.8  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0557  XRE family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 78 aa  87.4  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.948289 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0427  transciptional regulator  52.56 
 
 		 82 aa  84.3  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3656  transcriptional regulator, XRE family protein  59.38 
 
 		 78 aa  79  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2661  putative transcription regulator protein  35.21 
 
 		 111 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.574569 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1094  hypothetical protein  40 
 
 		 84 aa  52.4  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0433  Cro/CI family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 51 aa  52  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.248324  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1916  hypothetical protein  37.93 
 
 		 93 aa  50.8  0.000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1911  putative transcription regulator protein  30.99 
 
 		 112 aa  48.9  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1067  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.753603 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5392  helix-turn-helix domain-containing protein  31.88 
 
 		 183 aa  48.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.471231  normal  0.0187132 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1905  hypothetical protein  36.21 
 
 		 75 aa  47.4  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4574  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 103 aa  44.7  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000193925 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 276 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4541  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 108 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0339  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.852602 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2426  hypothetical protein  33.33 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2290  hypothetical protein  33.33 
 
 		 74 aa  41.2  0.006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5997  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.09 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30630  transcription regulator protein  28.12 
 
 		 122 aa  40.4  0.007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.635425  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2898  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 83 aa  40  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>