29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5937 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5937  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 108 aa  207  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496478  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0283  XRE family transcriptional regulator  56.41 
 
 		 99 aa  84.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5133  XRE family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 111 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.93216  normal  0.775541 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4541  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 108 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1067  XRE family transcriptional regulator  53.52 
 
 		 86 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.753603 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5997  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.04 
 
 		 104 aa  53.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0168  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 86 aa  49.3  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6167  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.03 
 
 		 89 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.689241  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5392  helix-turn-helix domain-containing protein  46.55 
 
 		 183 aa  48.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.471231  normal  0.0187132 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2661  putative transcription regulator protein  44.83 
 
 		 111 aa  47.8  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.574569 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1094  hypothetical protein  41.38 
 
 		 84 aa  46.2  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1911  putative transcription regulator protein  46.55 
 
 		 112 aa  46.2  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1916  hypothetical protein  28.21 
 
 		 93 aa  46.6  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0140  helix-turn-helix domain protein  48.15 
 
 		 87 aa  45.4  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.7168 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 259 aa  44.3  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30630  transcription regulator protein  39.66 
 
 		 122 aa  44.3  0.0006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.635425  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 276 aa  43.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3396  XRE family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158475 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0291  helix-turn-helix domain protein  38.71 
 
 		 92 aa  43.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0705  Cro/CI family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 642 aa  42.7  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.14 
 
 		 201 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1905  hypothetical protein  30.16 
 
 		 75 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  35.14 
 
 		 209 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 197 aa  41.6  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3477  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 737 aa  40.8  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.552103  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 219 aa  40.8  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 91 aa  40.4  0.008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0427  transciptional regulator  36.36 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>