74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1297 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1297  putative transmembrane protein  100 
 
 		 71 aa  143  8.000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.715305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1130  fatty acid hydroxylase  88.89 
 
 		 301 aa  104  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.507854 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1221  fatty acid hydroxylase  87.04 
 
 		 301 aa  104  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.387146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2023  sterol desaturase-like protein  79.63 
 
 		 322 aa  96.3  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.188564 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3525  fatty acid hydroxylase  68.42 
 
 		 288 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000324815 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0825  sterol desaturase family protein  64.52 
 
 		 287 aa  88.6  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0776  sterol desaturase family protein  66.67 
 
 		 314 aa  89.4  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3594  sterol desaturase family protein  66.67 
 
 		 288 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3108  fatty acid hydroxylase  63.16 
 
 		 315 aa  88.6  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3717  sterol desaturase family protein  66.67 
 
 		 288 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0717  sterol desaturase family protein  66.67 
 
 		 288 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.390125  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3109  sterol desaturase family protein  64.41 
 
 		 292 aa  88.2  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3149  sterol desaturase family protein  64.91 
 
 		 287 aa  87.8  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0789  sterol desaturase family protein  64.91 
 
 		 287 aa  87.4  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0818  sterol desaturase family protein  64.91 
 
 		 287 aa  87.4  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3807  sterol desaturase family protein  59.68 
 
 		 287 aa  86.7  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06161  C-5 sterol desaturase  62.9 
 
 		 271 aa  86.3  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000349  sterol desaturase family protein  64.91 
 
 		 285 aa  86.3  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2887  sterol desaturase family protein  66.67 
 
 		 304 aa  85.5  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2550  sterol desaturase family protein  66.67 
 
 		 287 aa  85.9  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5951  sterol desaturase-like  62.5 
 
 		 304 aa  83.6  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0697  hypothetical protein  62.5 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.937871 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2649  fatty acid hydroxylase  64.29 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2540  fatty acid hydroxylase  62.5 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2009  sterol desaturase-like  64.29 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2620  sterol desaturase-like protein  64.29 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2667  sterol desaturase-like protein  62.5 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0678  fatty acid hydroxylase  62.5 
 
 		 304 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.409553  normal  0.565503 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3269  fatty acid hydroxylase  64.29 
 
 		 320 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0600  sterol desaturase family protein  60.71 
 
 		 218 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2434  hypothetical protein  60.71 
 
 		 218 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0847  sterol desaturase family protein  60.71 
 
 		 305 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0842  sterol desaturase family protein  60.71 
 
 		 305 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1008  sterol desaturase family protein  60.71 
 
 		 305 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0671  sterol desaturase family protein  58.93 
 
 		 303 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3618  hypothetical protein  48.39 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.246292  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03346  sterol desaturase protein  48.39 
 
 		 270 aa  71.2  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2988  sterol desaturase-like  47.46 
 
 		 339 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42144 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1204  sterol desaturase-like protein  43.1 
 
 		 315 aa  58.5  0.00000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3780  fatty acid hydroxylase  46.43 
 
 		 310 aa  57.8  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3860  hypothetical protein  47.54 
 
 		 314 aa  57.4  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6122  fatty acid hydroxylase  50 
 
 		 290 aa  54.7  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.681475  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2901  fatty acid hydroxylase  47.46 
 
 		 326 aa  54.3  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.800123  normal  0.025383 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5174  fatty acid hydroxylase  57.41 
 
 		 291 aa  53.5  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.775489  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46520  hypothetical protein  49.09 
 
 		 282 aa  53.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0374857  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2332  hypothetical protein  52.63 
 
 		 304 aa  53.1  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.283785 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3822  hypothetical protein  41.07 
 
 		 284 aa  50.4  0.000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0387  hypothetical protein  38.18 
 
 		 297 aa  48.9  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1294  fatty acid hydroxylase  48 
 
 		 298 aa  49.3  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.443981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0321  fatty acid hydroxylase  48.28 
 
 		 289 aa  48.5  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.404063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0281  fatty acid hydroxylase  49.12 
 
 		 314 aa  48.1  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0910  sterol desaturase-like  37.5 
 
 		 302 aa  48.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0537  fatty acid hydroxylase  42 
 
 		 319 aa  47.8  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3145  hypothetical protein  45.61 
 
 		 297 aa  47.4  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.168968  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4274  hypothetical protein  40.35 
 
 		 412 aa  47  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6645  fatty acid hydroxylase  37.04 
 
 		 305 aa  46.2  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00730628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11844  membrane-bound C-5 sterol desaturase erg3 (sterol-c5-desaturase)  48 
 
 		 314 aa  46.2  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2637  fatty acid hydroxylase  37.5 
 
 		 328 aa  46.6  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.676355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3418  sterol desaturase-related protein  45.61 
 
 		 306 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0225552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0371  putative transmembrane fatty acid synthesis protein  35.71 
 
 		 279 aa  45.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.42259  normal  0.675671 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2188  hypothetical protein  37.1 
 
 		 400 aa  44.3  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1232  YhhN family protein  44 
 
 		 626 aa  44.3  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.957464  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2161  hypothetical protein  35.48 
 
 		 400 aa  43.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3695  fatty acid hydroxylase  40.82 
 
 		 298 aa  43.5  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00011612  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5219  hypothetical protein  43.86 
 
 		 431 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.89438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3171  sterol desaturase-related protein  43.86 
 
 		 305 aa  43.5  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.290966  normal  0.0471796 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3693  YhhN family protein  42 
 
 		 597 aa  43.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.392021 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5280  fatty acid hydroxylase  43.86 
 
 		 431 aa  42.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0500  YhhN family protein  42 
 
 		 597 aa  42.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.602107  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0297  sterol desaturase-like protein  40.35 
 
 		 430 aa  42.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5128  sterol desaturase-like protein  42.11 
 
 		 431 aa  42  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3878  putative sterol desaturase  32.73 
 
 		 307 aa  41.6  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5042  fatty acid hydroxylase  42.11 
 
 		 431 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.373199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1221  hypothetical protein  42 
 
 		 275 aa  40.4  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31242  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>