More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0068 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0068  SMF protein  100 
 
 		 401 aa  773    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  86.42 
 
 		 401 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  84.38 
 
 		 402 aa  592  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  56.14 
 
 		 379 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  56.13 
 
 		 389 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  55.81 
 
 		 336 aa  366  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  55.3 
 
 		 374 aa  360  2e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  56.31 
 
 		 399 aa  356  2.9999999999999997e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  53.3 
 
 		 421 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  55.76 
 
 		 371 aa  356  5e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 386 aa  354  1e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  53.2 
 
 		 386 aa  352  5.9999999999999994e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  56.61 
 
 		 365 aa  352  1e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3862  DNA processing protein DprA, putative  51.71 
 
 		 409 aa  348  1e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  53.05 
 
 		 372 aa  347  2e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  56.15 
 
 		 382 aa  346  3e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  52.96 
 
 		 408 aa  341  1e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  50.75 
 
 		 422 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  55.08 
 
 		 358 aa  335  7e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  52.71 
 
 		 399 aa  334  1e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  55.19 
 
 		 320 aa  330  2e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  54.61 
 
 		 387 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  51.63 
 
 		 422 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  51.37 
 
 		 475 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  51.12 
 
 		 475 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  54.38 
 
 		 379 aa  320  1.9999999999999998e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  51.12 
 
 		 422 aa  318  7e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  48.89 
 
 		 448 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  53.07 
 
 		 434 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  49.25 
 
 		 422 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  52.8 
 
 		 434 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  53 
 
 		 433 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  52.8 
 
 		 396 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  52.8 
 
 		 396 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  52.8 
 
 		 434 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  52.8 
 
 		 434 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  51.6 
 
 		 434 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  50.38 
 
 		 405 aa  304  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  50.13 
 
 		 368 aa  302  7.000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  48.81 
 
 		 375 aa  298  1e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  47.15 
 
 		 388 aa  292  9e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3125  DNA protecting protein DprA  50.12 
 
 		 425 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.142757 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  47.86 
 
 		 384 aa  283  5.000000000000001e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  47.24 
 
 		 379 aa  280  3e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  45.91 
 
 		 364 aa  279  7e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  47.99 
 
 		 365 aa  279  7e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  47.99 
 
 		 365 aa  279  7e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  47.88 
 
 		 377 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  45.19 
 
 		 377 aa  264  2e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  45.78 
 
 		 361 aa  257  3e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  41.93 
 
 		 369 aa  256  4e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  43.87 
 
 		 356 aa  256  5e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  42.71 
 
 		 369 aa  255  9e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  42.23 
 
 		 361 aa  254  2.0000000000000002e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  46.67 
 
 		 308 aa  254  2.0000000000000002e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  46.67 
 
 		 296 aa  253  5.000000000000001e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  53.64 
 
 		 405 aa  253  6e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 379 aa  252  7e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  41.19 
 
 		 383 aa  251  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  44.13 
 
 		 381 aa  250  4e-65  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  42.16 
 
 		 358 aa  249  8e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  40 
 
 		 362 aa  249  8e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  41.24 
 
 		 369 aa  249  9e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  44.13 
 
 		 381 aa  248  1e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  41.07 
 
 		 399 aa  247  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  45.22 
 
 		 368 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  41.64 
 
 		 364 aa  241  1e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  45.22 
 
 		 372 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  39.84 
 
 		 359 aa  240  4e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  43.61 
 
 		 352 aa  239  5.999999999999999e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  42.78 
 
 		 394 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  42.01 
 
 		 366 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  47.1 
 
 		 311 aa  238  1e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  42.41 
 
 		 385 aa  237  2e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  43.68 
 
 		 365 aa  235  9e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  36.83 
 
 		 370 aa  235  9e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  40.53 
 
 		 385 aa  235  1.0000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  40 
 
 		 371 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  41.91 
 
 		 367 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  41.62 
 
 		 359 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  41.3 
 
 		 359 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  40.6 
 
 		 425 aa  232  7.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  40.3 
 
 		 366 aa  232  9e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  43.68 
 
 		 365 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  42.89 
 
 		 365 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  39.57 
 
 		 365 aa  231  1e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  44.56 
 
 		 366 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  39.84 
 
 		 389 aa  230  3e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1380  DNA protecting protein DprA  36.68 
 
 		 349 aa  229  6e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  normal  0.326941 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  42.18 
 
 		 338 aa  229  7e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  42.18 
 
 		 338 aa  229  8e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  42.18 
 
 		 338 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  41.16 
 
 		 340 aa  228  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  40.71 
 
 		 338 aa  228  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0443  DNA protecting protein DprA  38.95 
 
 		 375 aa  227  2e-58  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0740883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  44.83 
 
 		 365 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  36.8 
 
 		 368 aa  226  6e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  42.47 
 
 		 339 aa  225  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  42.3 
 
 		 372 aa  224  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  35.04 
 
 		 362 aa  225  1e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>