More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2363 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2363  Short-chain dehydrogenase/reductase  100 
 
 
254 aa  499  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  98.43 
 
 
254 aa  493  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.824888  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.3 
 
 
258 aa  287  1e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 
255 aa  247  1e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.39 
 
 
256 aa  241  7e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.22 
 
 
255 aa  239  4e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.34 
 
 
257 aa  236  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0293  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.94 
 
 
257 aa  228  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673149  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
258 aa  228  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143319  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.78 
 
 
257 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
257 aa  219  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
256 aa  214  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0919  putative oxidoreductase  46.69 
 
 
257 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.902502  normal  0.888241 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.48 
 
 
257 aa  210  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.242227  normal  0.57964 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.4 
 
 
251 aa  207  1e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2476  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.45 
 
 
239 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.48 
 
 
257 aa  204  8e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 
254 aa  204  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.75 
 
 
264 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  48.59 
 
 
254 aa  202  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  47.84 
 
 
261 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2695  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  46.18 
 
 
277 aa  196  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
271 aa  195  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1513  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  47.62 
 
 
277 aa  194  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.729699 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.88 
 
 
257 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.563434  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.63 
 
 
255 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.63 
 
 
255 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.63 
 
 
255 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
257 aa  188  5.999999999999999e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  42.21 
 
 
265 aa  184  9e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2037  short chain dehydrogenase  42.58 
 
 
262 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00988022  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
253 aa  177  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 
257 aa  177  1e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.34144  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
257 aa  177  1e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3124  short chain dehydrogenase  41.76 
 
 
262 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.47 
 
 
254 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
249 aa  173  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000368197  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.108685 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.13 
 
 
269 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
260 aa  170  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2397  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  41.41 
 
 
254 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0465114  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
249 aa  168  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.506283  normal  0.100596 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
254 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
272 aa  167  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
269 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 
257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2646  phosphatidylserine decarboxylase  40.71 
 
 
258 aa  162  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.229989  normal  0.216925 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.56 
 
 
251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  41.11 
 
 
255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
251 aa  161  8.000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
251 aa  161  9e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  40.47 
 
 
256 aa  160  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  37.11 
 
 
255 aa  160  2e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.57 
 
 
261 aa  159  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
266 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
257 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
257 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
257 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04045  tropinone reductase  40 
 
 
258 aa  159  4e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
257 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20330  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
281 aa  159  5e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  38.19 
 
 
254 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
255 aa  159  5e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41 
 
 
261 aa  158  7e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2259  short chain dehydrogenase  41.41 
 
 
262 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0792422  normal  0.0451006 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0468  gluconate 5-dehydrogenase  42.57 
 
 
251 aa  157  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
256 aa  157  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.936397  normal  0.224474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
254 aa  157  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.11 
 
 
255 aa  157  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  41.34 
 
 
258 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 
254 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
254 aa  156  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 
259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.84 
 
 
251 aa  155  6e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
251 aa  155  7e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
255 aa  155  7e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
254 aa  155  7e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0672528  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
256 aa  155  7e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
258 aa  155  8e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
255 aa  154  9e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.162923  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
271 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  36.96 
 
 
260 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 
254 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.97 
 
 
255 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3595  tropinone reductase  41.43 
 
 
258 aa  154  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.855153  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  39.76 
 
 
251 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
252 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.434149 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
256 aa  153  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2724  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
275 aa  153  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
269 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1875  tropinone reductase  38.4 
 
 
258 aa  154  2e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1940  tropinone reductase  38.4 
 
 
258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.803191  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>